Java进程与父子进程的标准输出流关联导致线程卡死的故障

故障现象

    Java调度系统创建PHP数据脚本后，并且获取其标准输出流，然后循环读取其标准输出流内容。此时PHP数据脚本执行时间过长，Java调度系统Process.destory()杀掉进程后，ps也无法找到对应PHP数据脚本，但Java的线程却无法退出，依然卡死在读取标准输出流。曾经怀疑是kill无法清理干净进程，于是变为强制执行kill -9杀掉超时的PHP数据脚本，但情况依旧，Java线程依然卡死。

    Java创建PHP数据脚本的代码大致如下：

childProcess = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
    stream = childProcess.getInputStream();
    while ((size = stream.read(bytes)) != -1) {
    //处理输出流数据
    }

    //子进程退出
    //...

故障分析

    首先利用jstack找出对应线程堆栈，堆栈如下所示：

"TaskThread-CRON556" prio=10 tid=0x00007f4e38005800 nid=0x3563 runnable [0x00007f4f4167c000]
   java.lang.Thread.State: RUNNABLE
        at java.io.FileInputStream.readBytes(Native Method)
        at java.io.FileInputStream.read(FileInputStream.java:272)
        ......

    可以发现线程卡死在java.io.FileInputStream.readBytes(Native Method)这个native方法中，查找对应的native代码，发现最终是linux的系统调用read方法。于是通过jstack上该线程对应的nid，0x3563转换10进制为13667 ，使用命令