查看R函数源代码

转载 2013年12月03日 16:02:17
在学习R的过程中,当你能够顺利的使用一些R各个包提供给你的函数以后,是否会让你想看一看具体这个过程是如何实现的呢?
 
    我属于这种抱有浓厚兴趣的人之一,而且我也知道在使用R时间稍微长一点的用户中,想看看函数代码的人,不是少数;甚至有这么一些人,他们非常希望通过这些 成熟package中的函数学习如何编写自己的函数,实现自己的算法,达到自己的目的。同时,阅读这些函数代码确实是学习R最好的材料之一,尤其当国内尚 没有相应书籍资料介绍的时候。手册、帮助文件源文件中的函数代码,组成了最为正确,也最为宝贵的学习资料。手册是自带的,前面也已经提到了一些如何寻找帮 助的方法;下面就描述一下如何获得希望阅读到的代码。
 
    在R中,代码可以分为如下几个级别:
   
    首先,是你输入了函数对象名称,你可以直接看到代码的,如要获得函数对象fivenum的代码,就只需要在Console中键入函数对象名称fivenum就可以得到如下结果:
function (x, na.rm = TRUE)
{
    xna <- is.na(x)
    if (na.rm)
        x <- x[!xna]
    else if (any(xna))
        return(rep.int(NA, 5))
    x <- sort(x)
    n <- length(x)
    if (n == 0)
        rep.int(NA, 5)
    else {
        n4 <- floor((n + 3)/2)/2
        d <- c(1, n4, (n + 1)/2, n + 1 - n4, n)
        0.5 * (x[floor(d)] + x[ceiling(d)])
    }
}
<environment: namespace:stats>
   
    从上面的例子可以看出,这类函数对象的代码是最容易看到的,也是我们学习的最好的材料了,而R中最大多数的函数对象是以这种方式出现的。
 
    其次,我们在输入mean这类函数名次的时候,会出现如下结果:
 
function (x, ...)
UseMethod("mean")
<environment: namespace:base>
   
    这表示函数作者把函数“封”起来了。这个时候我们可以先试一试methods(mean),利用methods函数看看mean这个函数都有哪些类型的,我们得到的结果如下:
 
[1] mean.data.frame mean.Date       mean.default    mean.difftime   mean.POSIXct   mean.POSIXlt
 
    其实对此可以有一个简单的理解,虽然不够精确。因为在R中,mean函数可以求得属于不同类型对象的平均值,而不同类型对象平均值的求法还是有一些小小差 异的,比如说求一个向量的平均值和求一个数据框的平均值就有所差异,就要编写多个mean函数,然后“封”起来,以一个统一的mean出现,方便我们使 用。这正好也反映了R有一种类似泛型编程语言的性质。
 
    既然我们已经知道mean中还有这么多种类,我们可以输入mean.default试一试就可以得到:
 
function (x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)
{
    if (!is.numeric(x) && !is.complex(x) && !is.logical(x)) {
        warning("argument is not numeric or logical: returning NA")
        return(as.numeric(NA))
    }
    if (na.rm)
        x <- x[!is.na(x)]
    trim <- trim[1]
    n <- length(x)
    if (trim > 0 && n > 0) {
        if (is.complex(x))
            stop("trimmed means are not defined for complex data")
        if (trim >= 0.5)
            return(stats::median(x, na.rm = FALSE))
        lo <- floor(n * trim) + 1
        hi <- n + 1 - lo
        x <- sort.int(x, partial = unique(c(lo, hi)))[lo:hi]
        n <- hi - lo + 1
    }
    .Internal(mean(x))
}
<environment: namespace:base>
    同样就可以得到mean.data.frame、mean.Date、mean.difftime、mean.POSIXct、mean.POSIXlt 的具体内容了。值得注意的是,在R中,出现有多个同样近似功能的函数封装为一个函数的时候(这时候在函数中多半会出现类似UseMethod函数使用的情 况),我们不妨先输入mean.default试一试。这种形式的函数在R中一般作为默认的函数表示。
 
    第三,这是一种特殊的情况,有人认为应该和第二种是一类,但是我还是要提出来单独归类。在这种情况也和第二种的原因有些类似,但并不是完全一致。
   
    也许我们大家都很熟悉plot函数了吧,输入函数名plot的时候,我们会得到如下结果:
 
function (x, y, ...)
{
    if (is.null(attr(x, "class")) && is.function(x)) {
        nms <- names(list(...))
        if (missing(y))
            y <- {
                if (!"from" %in% nms)
                  0
                else if (!"to" %in% nms)
                  1
                else if (!"xlim" %in% nms)
                  NULL
            }
        if ("ylab" %in% nms)
            plot.function(x, y, ...)
        else plot.function(x, y, ylab = paste(deparse(substitute(x)),
            "(x)"), ...)
    }
    else UseMethod("plot")
}
<environment: namespace:graphics>
 
   请注意plot函数中也出现了UseMethod这个函数,但是和mean不同的是,前面有相当多的语句用于处理其他一些事情。这个时候,我们也使用methods(plot)来看看,得到如下结果:
 
plot.acf*           plot.data.frame*    plot.Date*          plot.decomposed.ts* plot.default      
plot.dendrogram*    plot.density        plot.ecdf           plot.factor*        plot.formula*     
plot.hclust*        plot.histogram*     plot.HoltWinters*   plot.isoreg*        plot.lm           
plot.medpolish*     plot.mlm            plot.POSIXct*       plot.POSIXlt*       plot.ppr*         
plot.prcomp*        plot.princomp*      plot.profile.nls*   plot.spec          plot.spec.coherency
plot.spec.phase     plot.stepfun        plot.stl*           plot.table*         plot.ts            
plot.tskernel*      plot.TukeyHSD     
 
    不看不知道,一看吓一跳,还以为我们输入plot的输出就是函数本身,结果也许不是如此。可能有人已经理解了,其实最后的UseMethod函数实在默认的调用plot.default函数,赶快再看看plot.default函数吧,发现它再调用plot.xy函数,再看看plot.xy函数,再plot.xy函数中调用了一个.Internal(plot.xy(xy, type, pch, lty, col, bg, cex, lwd, ...))函数,也许这就是真正起作用的函数了吧。思路基本上就是如此了,是否这个时候您可以获得一些阅读查找R函数内容的乐趣。
 
    除了直接输入FUN.default形式外,还可以使用getS3method(FUN,"default")来获得代码。这样就解决了绝大多数函数代码查看的工作了。
 
    在第二种情况种,我们说了一般可以通过FUN.default获得想要的结果。但是只有称为generic的函数才有这种“特权”。而lm等则没有,不过我们也可以尝试使用methods(lm)来看看结果如何,发现:
[1] lm.fit       lm.fit.null  lm.influence lm.wfit      lm.wfit.null
Warning message:
function 'lm' appears not to be generic in: methods(lm)
    出现了警告信息,表示说lm不是泛型函数,但是还是给出了结果lm.fit等,大致上可以看成是和lm相关的系列函数吧。这样子就出现了有趣的局面,比如说既有plot.ts,也有ts.plot。
 
    依照第三种情况,我们发现竟然有的函数用星号标识了的,比如plot.stl*等,当我们输入plot.stl,甚至是plot.stl*的时候都会给出 要么找不到这个对象,要么干脆是代码错误的信息。原来凡是用了*标识的函数,都是隐藏起来的函数,估计是怕被人看见(其实这是玩笑话)!我们要看这些函数 的代码,我们该怎么办呢?其实也很容易,使用功能强大的getAnywhere(FUN),看看这个函数的名称,就可以猜想到它的功能估计是很强大的, Anywhere的内容都可以找到!getAnywhere(plot.stl)的结果如下:
 
A single object matching 'plot.stl' was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value
function (x, labels = colnames(X), set.pars = list(mar = c(0,
    6, 0, 6), oma = c(6, 0, 4, 0), tck = -0.01, mfrow = c(nplot,
    1)), main = NULL, range.bars = TRUE, ..., col.range = "light gray")
{
    sers <- x$time.series
    ncomp <- ncol(sers)
    data <- drop(sers %*% rep(1, ncomp))
    X <- cbind(data, sers)
    colnames(X) <- c("data", colnames(sers))
    nplot <- ncomp + 1
    if (range.bars)
        mx <- min(apply(rx <- apply(X, 2, range), 2, diff))
    if (length(set.pars)) {
        oldpar <- do.call("par", as.list(names(set.pars)))
        on.exit(par(oldpar))
        do.call("par", set.pars)
    }
    for (i in 1:nplot) {
        plot(X[, i], type = if (i < nplot)
            "l"
        else "h", xlab = "", ylab = "", axes = FALSE, ...)
        if (range.bars) {
            dx <- 1/64 * diff(ux <- par("usr")[1:2])
            y <- mean(rx[, i])
            rect(ux[2] - dx, y + mx/2, ux[2] - 0.4 * dx, y -
                mx/2, col = col.range, xpd = TRUE)
        }
        if (i == 1 && !is.null(main))
            title(main, line = 2, outer = par("oma")[3] > 0)
        if (i == nplot)
            abline(h = 0)
        box()
        right <- i%%2 == 0
        axis(2, labels = !right)
        axis(4, labels = right)
        axis(1, labels = i == nplot)
        mtext(labels[i], side = 2, 3)
    }
    mtext("time", side = 1, line = 3)
    invisible()
}
<environment: namespace:stats>
    注意到前面有一段解释型的语言,描述了我们要找的这个函数放在了什么地方等等。其实对任意我们可以在R中使用的函数,都可以先试一试getAnywhere,看看都有些什么内容。算是一个比较“霸道”的函数。
 
    在上面plot.xy函数中,我们还可以看到.Internal这个函数,类似的也许还可以看到.Primitive、.External、.Call等函数这就和R系统内部工作方式和与外部接口的定义有关了,如果对这些函数有兴趣的话,就要学习组成R系统的源代码了。
 
    最后,如果真的想阅读组成R系统本身的源代码,在各个CRAN中均有下载。你可以得到组成R系统所需要的材料。其中很多C语言(还有就是F)的源代码,均 是精心挑选过的算法,哪怕就是想学从头到尾编写具体的算法,也是学习的好材料。同时,你可以看到R系统内部是如何构成的,理解了这些对于高效使用R有至关 重要的作用。这个范畴的材料就要着重看一看R-Lang和R-inits了。
 
    至此,R中阅读代码的内容就依照我的理解介绍了一下。随后将有一些R代码示例的分析注解、语言本身、R应用的和行业使用的材料翻译和具体例子说明。欢迎大家多多和我交流,一起进步。

原文路径:http://wangjinshe33.blog.163.com/blog/static/17558281201371301051757/ 

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