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原创 基因数据处理70之Picard安装没成功

1.下载:https://github.com/broadinstitute/picard.git2.安装:hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdkBuildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/build.xmlclone-htsjdk: [exec] Cloning into 'hts

2016-06-07 20:37:26 4138

原创 基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行(1千万条100bp的reads)

1.art生成模拟序列: art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs202.上传到hdfs,制定partition数spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --ma

2016-06-03 16:29:02 1304

原创 基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果: 问题: 匹配50条的时候,bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条,其中25和50条重读的很多,匹配位置不同。不知道为啥?记录:D:\1win7\java\jdk\bin\java -Didea.launcher.port=7538 "-Didea.launcher.bin.path=D:\1win7\ide

2016-06-03 14:21:19 877

原创 基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

直接看结果:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln ##ART_Illumina read_length 100@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nh

2016-06-03 13:58:48 5978

原创 基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

1.先使用art生成数据: 请看前一篇2.上传fastq到hdfs:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scal

2016-06-03 12:52:10 1380

原创 基因数据处理48之ART使用实例

相关参数请见上一篇1.使用实例1: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ====================ART===================

2016-06-03 10:19:23 4123

原创 基因数据处理47之ART基因序列数据生成器(仿真)

1.概念: ART基因序列数据生成器 详细请见论文:【1】 和官网【2】2.下载: ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgzhttp://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz3.配置

2016-06-02 23:12:15 2558

原创 基因数据处理46之cloud-scale-bwamem安装(compile.pl安装没问题)

版本:https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem/releases/tag/v0.2.11.需要设置spark路径: <!--<systemPath>/cluster/spark/spark-1.3.1-bin-hadoop2.4/lib/spark-assembly-1.3.1-hadoop2.4.0.jar</syste

2016-06-02 19:00:42 961

原创 基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装(compile.pl安装有问题)

先把jar包导到制定文件夹:hadoop@Master:~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem/src/main/alphadata$ sudo mkdir -p /curr/pengwei/github/cloud-scale-bwamem/target/[sudo] password for hadoop: hadoop@Master:~/xubo/tools/clo

2016-06-02 10:19:10 912

原创 基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法,加速对全基因组匹配的处理 1.下载:git clone https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git2.编译:mvn clean package3.编译成功:[INFO] -----------------------------------------

2016-06-02 09:37:57 1161

CarbonData学习资料

Apache CarbonData学习文档汇总,包含视频/文档/文件等。

2018-11-22

opencv 3.4.1 jar

opencv-341.jar. for invoking opencv,you can add the code to your project

2018-05-16

高级Shell脚本编程

高级Shell脚本编程,高级Shell脚本编程

2016-03-15

2015年中国软件开发者白皮书

2015年中国软件开发者白皮书

2016-01-12

neo4j-javadocs-2.3.1-javadoc.jar

neo4j-javadocs-2.3.1-javadoc.jar neo4j 2.3.1 API

2015-11-26

neo4j-enterprise-2.3.1-unix.tar.gz

neo4j-enterprise-2.3.1-unix.tar.gz,官网下载

2015-11-25

neo4j-enterprise-2.3.0-M03-unix.tar.gz

neo4j-enterprise-2.3.0-M03-unix.tar.gz,官网下载

2015-11-25

资金流入流出预测大赛冠军答辩PPT

资金流入流出预测大赛冠军答辩PPT,资金流入 流出预测 冠军答辩PPT 阿里云 天池

2015-09-09

redis-3.0.4安装包

redis-3.0.4.tar.gz,redis-3.0.4安装包,官网下载

2015-09-09

JDK.API.7_English.chm

JDK.API.7_English.chm Java™ Platform, Standard Edition 7 API Specification This document is the API specification for the Java™ Platform, Standard Edition.

2015-08-24

Java 2 SE 6 Documentation.chm

Java 2 SE 6 Documentation.chm JavaTM SE 6 Platform at a Glance This document covers the JavaTM Platform, Standard Edition 6 JDK. Its product version number is 6 and developer version number is 1.6.0, as described in Platform Name and Version Numbers. For information on a feature of the JDK, click on a component in the diagram below.

2015-08-24

JavaSE中文API.chm

JavaSE中文API.chm JavaTM 2 Platform Standard Edition 5.0 API 规范 本文档是 Java 2 Platform Standard Edition 5.0 的 API 规范。

2015-08-24

jdk api 1.7英文版-带索引

java, jdk api 1.7英文版-带索引,English,Index,Java™ Platform, Standard Edition 7 API Specification

2015-08-24

微软、谷歌、百度、腾讯等各大公司笔试面试题整理全版.rar

微软、谷歌、百度、腾讯等各大公司笔试面试题整理全版.rar

2015-08-20

10部算法经典著作的合集

10部算法经典著作的合集

2015-08-20

百度人搜,阿里巴巴,腾讯华为小米搜狗笔试面试八十题.pdf

百度人搜,阿里巴巴,腾讯华为小米搜狗笔试面试八十题.pdf

2015-08-20

色彩空间转换matlab

色彩空间转换matlab RGB HSV YIQ NTSC

2014-04-14

isrgb.m,matlab

isrgb.m matlab rgb function y = isrgb(x) %ISRGB Return true for RGB image. % FLAG = ISRGB(A) returns 1 if A is an RGB truecolor image and % 0 otherwise. % % ISRGB uses these criteria to determine if A is an RGB image: % % - If A is of class double, all values must be in the range % [0,1], and A must be M-by-N-by-3. % % - If A is of class uint8 or uint16, A must be M-by-N-by-3. % % Note that a four-dimensional array that contains multiple RGB % images returns 0, not 1. % % Class Support % ------------- % A can be of class uint8, uint16, or double. If A is of % class logical it is considered not to be RGB. % % See also ISBW, ISGRAY, ISIND. % Copyright 1993-2003 The MathWorks, Inc. % $Revision: 1.15.4.2 $ $Date: 2003/08/23 05:52:55 $ wid = sprintf('Images:%s:obsoleteFunction',mfilename); str1= sprintf('%s is obsolete and may be removed in the future.',mfilename); str2 = 'See product release notes for more information.'; warning(wid,'%s\n%s',str1,str2); y = size(x,3)==3; if y if isa(x, 'logical') y = false; elseif isa(x, 'double') % At first just test a small chunk to get a possible quick negative m = size(x,1); n = size(x,2); chunk = x(1:min(m,10),1:min(n,10),:); y = (min(chunk(:))>=0 && max(chunk(:))=0 && max(x(:))<=1); end end end

2014-03-27

C语言头函数包include

C语言头函数包include stdio.h stdlib.h等

2013-10-18

计算方法实验Gauss_Seidel法和Runge_Kutta法

计算方法实验说明文档 PB10210016 徐波 实验要求: 第二版208页程序15 第二版208页程序20,将二阶改为四阶,求第二个 实验环境: 操作系统:Windows8 64位  编译软件:Code::Blocks 版本:10.05 位数:32位 实验提交时间:  考前 实验说明: Gauss_Seidel: 左侧为数据文档,为了方便多次测试,可将txt文档中数据复制到exe中运行,输入规范请见上图 上图为正确输出之一 Runge_Kutta 左侧为数据文档,为了方便多次测试,可将txt文档中数据复制到exe中运行,输入规范请见上图 上图为正确输出之一 附件: 程序15:Gauss_Seidel代码、可运行exe程序、输入数据文件和运行截图 程序20:Runge_Kutta代码、可运行exe程序、输入数据文件和运行截图 实验心得:   通过这次实验,对Gauss_Seidel法和Runge_Kutta法了解更深,并且有了实际运行经验,而且通过编程,对方法每一步的运算数据的输入输出了解更深,总的来说收获很大,我们应该多写些类似的程序,希望能将其放在网页上,输入数据就能运行出结果。 PB10210016 徐波 2013.5.28 代码请联系QQ:601450868  

2013-10-17

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