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幽客独往ID:casularm
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蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测

GPS 2.0

 

蛋白质翻译后修饰棕榈酰化位点预测

CSS-Palm 2.0

 

蛋白质功能结构域绘图软件

DOG 1.0

 

蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测

SUMOsp 2.0

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casularm:用这种方法你以后可以随时在第4个盘中安装Mac OS,如果删掉200m的EFI就没法重装了。
casularm:Mac OS的磁盘工具分区时是不显示200m的EFI分区的,所以不会改动它。你在安装XP的时候会看到第一个分区是200m,那个就是EFI分区。
安装好XP之后最好做一个GHOST,以后直接恢复到第4个盘就可以了。
装好之后1号和2号盘盘符是F和G,你用regedit在注册表里改成D和E就行了。
weiweiacer:1号盘和2号盘只能用FAT格式吗 可以再WIN下重新格成NTFS吗 还有盘符没有什么问题吧 装完之后3号盘是C盘 1号2号是D、E?
weiweiacer:还有你这种方法貌似就没有那200M了啊 不好意思 问题有点多了 我现在也正在研究这个问题 呵呵 我的是467 一直没有太中意的方法 你的方法让我眼前一亮啊~~
weiweiacer:那之后还能不能重新安装XP或者GHOST呢
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新一篇: WinXP启动时蓝屏重启的解决方法 | 旧一篇: 奇异的进化故事:我们祖先曾经"厌氧"

 

发表于 @ 2007年02月24日 21:59:00|评论(loading...)|编辑

新一篇: WinXP启动时蓝屏重启的解决方法 | 旧一篇: 奇异的进化故事:我们祖先曾经"厌氧"

评论

#casularm 发表于2007-02-24 23:46:25  IP: 211.162.6.*
异噬性溶酶体 heterolysosome
又称异体吞噬泡, 它的作用底物是外源性的, 即细胞经吞噬、胞饮作用所摄入的胞外物质。异噬性溶酶体实际上是初级溶酶体同内吞泡融合后形成的。
#casularm 发表于2007-02-24 23:47:12  IP: 211.162.6.*
自噬性溶酶体 autolysosome
一种自体吞噬泡, 作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。这种溶酶体广泛存在于正常的细胞内,在细胞内起“清道夫”作用,作为细胞内细胞器和其它结构自然减员和更新的正常途径。在组织细胞受到各种理化因素伤害时,自噬性溶酶体大量增加,因此对细胞的损伤起一种保护作用。
#casularm 发表于2007-02-24 23:49:16  IP: 211.162.6.*
初级溶酶体 primary lysosome
此类溶酶体是刚刚从反面高尔基体形成的小囊泡, 仅含有水解酶类,但无作用底物,外面只有一层单位膜,其中的酶处于非活性状态。如果从细胞的分泌活动考虑,初级溶酶体是一种刚刚分泌的含有溶酶体酶的分泌小泡。
#casularm 发表于2007-02-24 23:49:50  IP: 211.162.6.*
次级溶酶体 secondary lysosome
此类溶酶体中含有水解酶和相应的底物,是一种将要或正在进行消化作用的溶酶体。根据所消化的物质来源不同, 分为自噬性溶酶体、异噬性溶酶体。
#casularm 发表于2007-02-24 23:52:08  IP: 211.162.6.*
液泡 vacuoles
植物中由膜包裹的结构, 几乎占据了细胞总体积的90%。植物细胞的液泡也含有多种水解酶类, 具有与动物细胞溶酶体酶类似的功能。液泡膜上具有H+-ATPase, 能够将H+运输到液泡中, 同时在液泡膜上还有一些运输蛋白, 帮助液泡行使一些特殊的功能。
#casularm 发表于2007-02-24 23:52:56  IP: 211.162.6.*
圆球体 spherosome
植物细胞中由一层单位膜包裹的含有细微结构的球形颗粒,直径为0.5~1μm,内含酸性水解酶,相当于动物细胞的溶酶体。与动物细胞的溶酶体不同,圆球体能够被脂溶性的染料染色, 因此推测圆球体含有大量的脂类成份。由于含有大量的脂,有理由推测圆球体的功能可能是参与脂的储存。
#casularm 发表于2007-02-24 23:53:45  IP: 211.162.6.*
溶酶体 lysosome
溶酶体是动物细胞中一种膜结合细胞器, 小球状, 外面由一层单位膜包被。溶酶体含有多种水解酶类, 在细胞内起消化和保护作用, 可与吞噬泡或胞饮泡结合, 消化和利用其中的物质。也可以消化自身细胞破损的细胞器或残片,有利于细胞器的重新组装、成分的更新及废物的消除。当细胞被损伤时, 溶酶体可释放出水解酶类, 使细胞自溶。溶酶体来自高尔基复合体, 溶酶体的酶有一个基本的特征, 即它们的寡糖链有磷酸化甘露糖残基, 被TGN的M6P受体识别和结合, 从而被分拣出来。植物细胞中也有与溶酶体功能类似的细胞器,如圆球体、糊粉粒以及中央液泡等。
#casularm 发表于2007-02-25 00:03:25  IP: 211.162.6.*
高尔基复合体 Golgi complex
高尔基复合体又称高尔基器(Golgi apparatus)或高尔基体,是意大利科学家Camillo Golgi在1898年发现的,它是普遍存在于真核细胞中的一种细胞器。

高尔基复合体与细胞的分泌功能有关, 能够收集和排出内质网所合成的物质, 它也是凝集某些酶原颗粒的场所, 参与糖蛋白和粘多糖的合成。高尔基复合体与溶酶体的形成有关, 并参与细胞的胞饮和胞吐过程。

高尔基复合体由平行排列的扁平膜囊、大囊泡和小囊泡等三种膜状结构所组成。它有两个面:形成面和成熟面,来自内质网的蛋白质和脂从形成面逐渐向成熟面转运,所以它具有方向性,是一种极性细胞器。

扁平膜囊(saccules) 是高尔基复合体的主体部分。一般由3~10层扁平膜囊平行排列在一起组成一个扁平膜囊堆(stack of saccules),每层膜囊之间的距离为150~300Å, 每个扁平囊是由两个平行的单位膜构成, 膜厚6~7nm。

在扁平囊的周围有许多小泡(vesicle), 直径400~800Å。这些小囊泡较多地集中在高尔基复合体的形成面。一般认为它是由附近的粗面内质网出芽形成的运输泡.它们不断地与高尔基体的扁平膜囊融合, 使扁平膜囊的膜成分不断得到补充。

液泡(vacuoles) 多见于扁平膜囊扩大之末端, 可与之相连。直径0.1~0.5微米, 泡膜厚约80Å。大泡内部为电子密度不同的物质, 这是与这些物质的成熟阶段有关。液泡又称为分泌泡或浓缩泡(condensing vesicle)。当分泌颗粒排出时, 液泡的膜与细胞膜融合,将分泌物排出,因此,扁平膜囊的膜又不断被减少。
#casularm 发表于2007-02-25 16:00:26  IP: 211.162.6.*
线粒体 mitochondrion pl.mitochondria
线粒体是双层膜结构,内膜向内腔折叠形成嵴,嵴的形成增加了细胞内的膜面积。内膜和嵴上有基粒,基粒线粒体中有合成ATP的结构。线粒体的内膜中蛋白质的含量比外膜多得多,完成有氧呼吸第三阶段过程的所有的酶都分布在内膜上。第二阶段的酶在线粒体基质中。

线粒体是动植物细胞中都具有的细胞器,它与细胞的能量代谢有关。但原核生物(细菌和蓝藻)中没有线粒体。线粒体是有氧呼吸的主要场所,它的主要使命是为各种生命活动提供能量,所以在能量代谢旺盛的细胞中,线粒体的数量就比较多,如心肌细胞与骨骼肌细胞相比较,心肌细胞消耗的能量比骨骼肌细胞多,所以心肌细胞中的线粒体数量比骨骼肌多,而且每个线粒体中峪的数量也比骨骼肌中多。在线粒体中有少量的DNA和RNA,线粒体在细胞中可以进行自我增殖,如细胞从低能量代谢转到高能量代谢时,线粒体的数量就会增加,所以线粒体在遗传上不完全依赖于细胞核,有一定独立性。
#casularm 发表于2007-02-25 16:12:56  IP:
肌动蛋白 actin
肌动蛋白是微丝的结构蛋白, 以两种形式存在, 即单体和多聚体。单体的肌动蛋白是由一条多肽链构成的球形分子, 又称球状肌动蛋白(globular actin, G-actin),外形类似花生果。肌动蛋白的多聚体形成肌动蛋白丝, 称为纤维状肌动蛋白(fibros actin, F-actin)。在电子显微镜下, F-肌动蛋白呈双股螺旋状, 直径为8nm, 螺旋间的距离为37nm。

肌动蛋白是真核细胞中最丰富的蛋白质。在肌细胞中, 肌动蛋白占总蛋白的10%, 即使在非肌细胞中, 肌动蛋白也占细胞总蛋白的1~5%。

肌动蛋白是一种中等大小的蛋白质, 由375个氨基酸残基组成, 并且是由一个大的、高度保守的基因编码。单体肌动蛋白分子的分子量为43kDa, 其上有三个结合位点。一个是ATP结合位点, 另两个都是与肌动蛋白结合的结合蛋白结合位点。
#casularm 发表于2007-02-25 16:13:47  IP:
微丝 microfilament

微丝又称肌动蛋白纤维(actin filament),由肌动蛋白组成的、直径为8nm的纤维。微丝是双股肌动蛋白丝以螺旋的形式组成的纤维, 两股肌动蛋白丝是同方向的。肌动蛋白纤维也是一种极性分子, 具有两个不同的末端,一个是正端,另一个是负端。

微丝首先发现于肌细胞中, 在横纹肌和心肌细胞中肌动蛋白成束排列组成肌原纤维, 具有收缩功能。微丝也广泛存在于非肌细胞中。在细胞周期的不同阶段或细胞流动时, 它们的形态、分布可以发生变化。因此,非肌细胞的微丝同胞质微管一样, 在大多数情况下是一种动态结构, 以不同的结构形式来适应细胞活动的需要。
#casularm 发表于2007-02-25 19:43:04  IP:
中心粒 centrioles

中心体的主要结构, 成对存在, 即一个中心体含有一对中心粒,且互相垂直形成"L"形排列。中心粒直径为0.2μm. 长为0.4μm,是中空的短圆柱状结构。圆柱的壁由9组间距均匀的三联管组成, 三联管是由3个微管组成, 每个微管包埋在致密的基质中。组成三联管的3个微管分别称A、B、C纤维, A管伸出两个短臂, 一个伸向中心粒的中央, 另一个反方向连到下一个三联管的C纤维, 9组三联管串联在一起, 形成一个由短臂连起来的齿轮状环形结构。
#casularm 发表于2007-02-25 19:43:43  IP:
中心体 centrosome

中心体是动物细胞中决定微管形成的一种细胞器, 包括中心粒和中心粒周质基质(pericentriolar matrix)。在细胞间期, 位于细胞核的附近, 在有丝分裂期, 位于纺锤体的两极。
#casularm 发表于2007-02-25 19:44:12  IP:
微管 microtubule

微管是直径为24-26nm的中空圆柱体。外径平均为24nm, 内径为15nm。微管壁大约厚5nm,微管通常是直的, 但有时也呈弧形。细胞内微管呈网状和束状分布, 并能与其他蛋白共同组装成纺锤体、基粒、中心粒、纤毛、鞭毛、轴突、神经管等结构。微管是由微管蛋白异源二聚体为基本构件, 螺旋盘绕形成微管的壁。在每根微管中微管蛋白二聚体头尾相接, 形成细长的原纤维(protofilament), 13条这样的原纤维纵向排列组成微管的壁。
#casularm 发表于2007-02-25 19:44:41  IP:
细胞骨架 cytoskeleton

细胞骨架是细胞内以蛋白质纤维为主要成分的网络结构,由主要的三类蛋白纤维(filamemt)构成,包括微管、肌动蛋白纤维和中间纤维。各种纤丝都是由上千个亚基组装成不分支的线性结构,有时交叉贯穿在整个细胞之中。微管主要分布在核周围, 并呈放射状向胞质四周扩散。肌动蛋白纤维主要分布在细胞质膜的内侧。而中间纤维则分布在整个细胞中。虽然各种蛋白纤维在细胞内具有相应的位置,但不是绝对的。细胞骨架对于维持细胞的形态结构及内部结构的有序性,以及在细胞运动、物质运输、能量转换、信息传递和细胞分化等一系列方面起重要作用。
#casularm 发表于2007-02-25 19:46:55  IP:
微管蛋白 tubulin

组成微管的蛋白质称为微管蛋白。微管蛋白是球形分子, 有两种类型:α微管蛋白(α-tubulin)和β微管蛋白(β-tubulin), 这两种微管蛋白具有相似的三维结构, 能够紧密地结合成二聚体, 作为微管组装的亚基。α亚基由450个氨基酸组成, β亚基是由455个氨基酸组成, 它们的分子量约55kDa。这两种亚基有35~40%的氨基酸序列同源, 表明编码它们的基因可能是由同一原始祖先演变而来。另外, 这两种微管蛋白与细菌中一种叫作FysZ的GTPase(分子量为40kDa)同源, 这种酶具有和微管蛋白相似的功能, 能够聚合并且参与细胞分裂。α和β微管蛋白的亚基都是直径为4nm的球形分子,它们组成的异源二聚体的长度为8nm。α和β微管蛋白各有一个GTP结合位点, 位于α亚基上的GTP结合位点, 是不可逆的结合位点,结合上去的GTP不能被水解,也不能被GDP替换。位于β亚基上的GTP结合位点结合GTP后能够被水解成GDP,所以这个位点又称为可交换的位点(exchangeable site,E位点)。还有一种微管蛋白,即γ微管蛋白,不是微管的组成成分, 但是参与微管的组装。
#casularm 发表于2007-02-25 21:53:20  IP: 211.162.6.*
染色体 chromosome
染色体是细胞在有丝分裂和减数分裂过程中由染色质聚缩而成的棒状结构。染色体和染色质在化学本质上没有差异, 只是在构型上不同, 是遗传物质在细胞周期不同阶段的不同表现形式。
#casularm 发表于2007-02-25 21:59:56  IP: 211.162.6.*
染色质 chromatin
染色质最早是1879年Flemming提出的用以描述核中染色后强烈着色的物质。现在认为染色质是细胞间期细胞核内能被碱性染料染色的物质。主要是由DNA和蛋白质组成的复合物。
#casularm 发表于2007-02-25 22:14:54  IP:
程序性细胞死亡 programmed cell death,PCD

又称为细胞凋亡(apoptosis)。程序性细胞死亡是指为维持内环境稳定,由基因控制的细胞自主的有序性的死亡,它涉及一系列基因的激活、表达以及调控等的作用,因而是具有生理性和选择性的。apoptosis的概念来自于希腊语,原意是指树叶或花的自然凋落,而细胞发生程序性死亡时,就像树叶或花的自然凋落一样,凋亡的细胞散在于正常组织细胞中,无炎症反应,不遗留瘢痕。死亡的细胞碎片很快被巨噬细胞或邻近细胞清除,不影响其他细胞的正常功能。
#casularm 发表于2007-02-25 22:21:46  IP:
细胞死亡 cell death

细胞死亡的一般定义是细胞生命现象不可逆的停止。细胞死亡有两种形式:一种为坏死性死亡(necrosis),是由外部的化学、物理或生物因素的侵袭而造成的细胞崩溃裂解;另一种为程序性死亡,是细胞在一定的生理或病理条件下按照自身的程序结束其生存。多细胞生物随时都在进行着有规律的程序化细胞死亡,如人类的淋巴细胞系统、神经系统等。
#casularm 发表于2007-02-25 22:22:23  IP:
细胞坏死 necrosis

细胞坏死是因病理而产生的被动死亡,如物理性或化学性的损害因子及缺氧与营养不良等均导致细胞坏死。坏死细胞的膜通透性增高,致使细胞肿胀,细胞器变形或肿大,早期核无明显形态学变化,最后细胞破裂。另外坏死的细胞裂解要释放出内含物,并常引起炎症反应;在愈合过程中常伴随组织器官的纤维化,形成瘢痕。
#casularm 发表于2007-02-25 22:24:12  IP:
自由基 free radical

自由基是指那些在原子核外层轨道上具有不成对电子的分子或原子基团。所谓未成对电子,就是指那些在原子或分子轨道中未与其它电子配对而独占一个轨道的电子。如AB两个原子各提供一个电子通过共价键形成一个分子A∶B, 这两个电子是配对的。如果在化学反应中发生了均裂, A和B各带走一个电子,它们就是未成对电子。

A∶B → A· + ·B

A·和·B就称为自由基。

自由基的种类很多,活性最强的是氧中心自由基,简称氧自由基,包括·02(超氧自由基)、·OH(羟自由基)和H202。
#casularm 发表于2007-02-25 22:25:48  IP:
凋亡小体 apoptotic body

编程性死亡细胞的核DNA在核小体连接处断裂成核小体片段,并向核膜下或中央异染色质区聚集形成浓缩的染色质块。随着染色质不断聚集,核纤层断裂消失,核膜在核孔处断裂,形成核碎片。同时在编程性死亡过程中,由于不断脱水,细胞质不断浓缩,细胞体积减小。调亡细胞经核碎裂形成的染色质块(核碎片),然后整个细胞通过发芽(by budding)、起泡(byzelosls)等方式形成一个球形的突起,并在其根部绞窄而脱落形成一些大小不等,内含胞质、细胞器及核碎片的小体称为凋亡小体。
#casularm 发表于2007-02-25 22:28:57  IP: 211.162.6.*
Hayflick界限 Hayflick life span
1961年,Leonard Hayflick利用来自胚胎和成体的成纤维细胞进行体外培养,发现:胚胎的成纤维细胞分裂传代50次后开始衰退和死亡,相反,来自成年组织的成纤维细胞只能培养15~30代就开始死亡。Hayflick等还发现,动物体细胞在体外可传代的次数,与物种的寿命有关;细胞的分裂能力与个体的年龄有关,由于上述规律是Hayflick研究和发现的,故称为Hayflick界限。
#casularm 发表于2007-02-25 22:49:45  IP:
存活因子 survival factors
抑制细胞程序性死亡的因子称为存活因子,这种因子对死亡起负控制作用,如秀丽隐杆线虫中的Ced-9蛋白能够抑制Ced-3蛋白的诱导细胞程序性死亡,因此是一种存活因子。
#casularm 发表于2007-02-25 23:21:45  IP: 211.162.6.*
接触抑制 contact inhibition
细胞在生长过程中达到相互接触时停止分裂的现象。由于培养基中的生长因子耗尽时也会产生生长抑制,所以将正常细胞因相互接触而抑制分裂的现象改称为密度依赖性的生长抑制(density-dependent inhibition of growth)。在相同条件下培养的恶性细胞(malignant cells)对密度依赖性生长抑制失去敏感性,因而不会在形成单层时停止生长,而是相互堆积形成多层生长的聚集体,这种现象也说明恶性细胞的生长和分裂已经失去了控制,调节细胞正常生长和分裂的信号对于恶性细胞不再起作用。
#casularm 发表于2007-02-25 23:25:02  IP: 211.162.6.*
良性肿瘤 benign tumor
转化的肿瘤细胞,但不会侵染和远距离转移。良性肿瘤的增殖也不受正常调控作用的控制,不过有些良性肿瘤很快转变成恶性肿瘤,有些则相当慢。
#casularm 发表于2007-02-26 01:14:59  IP: 211.162.6.*
粗面内质网(rough endoplasmic reticulum, RER)
多呈大的扁平膜囊状, 在电镜下观察排列极为整齐。它是核糖体和内质网共同构成的复合机能结构, 普遍存在于分泌蛋白质的细胞中, 越是分泌旺盛的细胞(如浆细胞)越多, 未分化和肿瘤细胞中较少。其主要功能是合成分泌性的蛋白质、多种膜蛋白和酶蛋白。粗面内质网与细胞核的外层膜相连通。
#casularm 发表于2007-02-26 01:15:31  IP: 211.162.6.*
光面内质网(smooth endoplasmic reticulum, SER)
核糖体附着的内质网称为光面内质网, 通常为小的膜管和小的膜囊状, 而非扁平膜囊状,广泛存在于各种类型的细胞中,包括合成胆固醇的内分泌腺细胞、肌细胞、肾细胞等。光面内质网是脂类合成的重要场所,它往往作为出芽的位点, 将内质网上合成的蛋白质或脂类转运到高尔基体
#casularm 发表于2007-02-26 22:20:58  IP:
PKC系统(protein kinase C system,PKC system)

由于该系统中的第二信使是磷脂肌醇,故此这一系统又称为磷脂肌醇信号途径(phosphatidylinositol signal pathway)。

在这一信号转导途径中,膜受体与其相应的第一信使分子结合后,激活膜上的Gq蛋白(一种G蛋白),然后由Gq蛋白激活磷酸脂酶Cβ (phospholipase Cβ, PLC), 将膜上的脂酰肌醇4,5-二磷酸(phosphatidylinositol biphosphate, PIP2)分解为两个细胞内的第二信使:二酰甘油( diacylglycerol, DAG)和1,4,5-三磷酸肌醇(IP3)。IP3动员细胞内钙库释放Ca2+到细胞质中与钙调蛋白结合,随后参与一系列的反应;而DAG在Ca2+的协同下激活蛋白激酶C(protein kinase C,PKC),然后通过蛋白激酶C引起级联反应,进行细胞的应答, 故此将该系统称为PKC系统,或称为IP3、DAG、Ca2+信号通路。
#casularm 发表于2007-02-26 22:25:05  IP:
蛋白激酶A (protein kinase A,PKA)

又称依赖于cAMP的蛋白激酶A (cyclic-AMP dependent protein kinase A),是一种结构最简单、生化特性最清楚的蛋白激酶。

PKA全酶分子是由四个亚基组成的四聚体, 其中两个是调节亚基(regulatory subunit, 简称R 亚基),另两个是催化亚基(catalytic subunit, 简称 C 亚基)。R亚基的相对分子质量为49~55kDa, C亚基的相对分子质量为40kDa,总相对分子质量约为180kDa;全酶没有活性。在大多数哺乳类细胞中, 至少有两类蛋白激酶A, 一类存在于胞质溶胶, 另一类结合在质膜、核膜和微管上。

激酶是激发底物磷酸化的酶,所以蛋白激酶A的功能是将ATP上的磷酸基团转移到特定蛋白质的丝氨酸或苏氨酸残基上进行磷酸化, 被蛋白激酶磷酸化了的蛋白质可以调节靶蛋白的活性。真核细胞内几乎所有的cAMP的作用都是通过活化PKA,从而使其底物蛋白发生磷酸化而实现的。
#casularm 发表于2007-02-26 22:27:06  IP:
内质网(endoplasmic reticulum,ER)
真核细胞内具有界膜的细胞器。与高尔基体、溶酶体、过氧化物酶体及细胞核膜等一起,统称为内膜系统。内质网由单位膜围成的形状大小不同的小管、小囊或扁囊构成。是一个连续的网状膜系统,其内腔通连,内质网膜和核外膜相连,内质网腔与核膜间腔也通连。内质网的形态变化很大,随细胞种类、生理条件而异。如鼠肝细胞和一些分泌细胞的内质网有很多平行排列的扁囊;精巢间质细胞内质网为大量小管分支形成网状。在胚胎或未分化的细胞,内质网不发达,较小,随着细胞分化过程之进展,内质网大小和形态复杂性也增加。内质网有粗糙型内质网(rough endoplasmic reticu-lum,rER)和光滑型内质网(sER)两种类型;粗糙型内质网膜外表面附有核糖体颗粒,普遍存在于分泌细胞中,主要合成膜蛋白和很多运输到细胞外面的分泌性蛋白质,如血浆蛋白(包括抗体)、酶原和肽类激素等。光滑型内质网的主要特征是内质网膜上无核糖体颗粒,表面光滑,常由小管、小囊组成网状,多见于精巢间质细胞和肌细胞等。内质网构成细胞质量的15~20%。以大鼠肝为例,内质网膜中蛋白质含量约60~70%,磷脂含量约为30~40%。内质网上有很多酶系,其中葡萄糖-6-磷酸酶通常被认为是内质网的标志酶。其他重要酶系有细胞色素P450和细胞色素b5等。内质网有多种功能:粗糙型内质网主要与蛋白质合成和初步修饰、加工(如蛋白质糖基化等)和转运及与膜之生成有关;光滑型内质网主要与糖原分解、脂类(包括磷脂和类固醇等)合成、细胞解毒作用及参与横纹肌收缩活动等有关。
#casularm 发表于2007-02-27 00:53:59  IP: 211.162.10.*
中心体(centrosome)

中心体是动物细胞中决定微管形成的一种细胞器, 包括中心粒和中心粒周质基质(pericentriolar matrix)。在细胞间期, 位于细胞核的附近, 在有丝分裂期, 位于纺锤体的两极。
#casularm 发表于2007-02-27 00:54:35  IP: 211.162.10.*
中心粒(centrioles)
中心体的主要结构, 成对存在, 即一个中心体含有一对中心粒,且互相垂直形成"L"形排列。中心粒直径为0.2μm. 长为0.4μm,是中空的短圆柱状结构。圆柱的壁由9组间距均匀的三联管组成, 三联管是由3个微管组成, 每个微管包埋在致密的基质中。组成三联管的3个微管分别称A、B、C纤维, A管伸出两个短臂, 一个伸向中心粒的中央, 另一个反方向连到下一个三联管的C纤维, 9组三联管串联在一起, 形成一个由短臂连起来的齿轮状环形结构。
#casularm 发表于2007-02-27 00:55:28  IP: 211.162.10.*
基体(basal body)
基体是纤毛和鞭毛的微管组织中心,不过基体只含有一个中心粒而不是一对中心粒。基体又称动质体(kinetosome),负责鞭毛和纤毛的合成。
#casularm 发表于2007-02-27 00:56:47  IP: 211.162.10.*
微管组织中心(microtubule organizing centers, MTOC)

存在于细胞质中决定微管在生理状态或实验处理解聚后重新组装的结构叫微管组织中心。在多数情况下MTOC有一对中心粒和一个中心体, 但是某些表皮细胞和新受精的卵细胞,有很多MTOCs,它们看起来并不像中心体。
MTOC的主要作用是帮助大多数细胞质微管组装过程中的成核反应,微管从MTOC开始生长,这是细胞质微管组装的一个独特的性质,即细胞质微管的组装受统一的功能位点控制。
MTOCs不仅为微管提供了生长的起点,而且还决定了微管的方向性。靠近MTOCs的一端由于生长慢而称之为负端(minus end), 远离MTOCs一端的微管生长速度快, 被称为正端(plus end), 所以(+)端指向细胞质基质,常常靠近细胞质膜。在有丝分裂的极性细胞中,纺锤体微管的(-)端指向一极,而(+)端指向中心,通常是纺锤体的(+)端同染色体接触。
#casularm 发表于2007-03-01 23:11:11  IP: 211.162.10.*
蛋白酶体(proteasomes)

蛋白酶体既存在于细胞核中,又存在于胞质溶胶中, 是溶酶体外的蛋白水解体系, 由10~20个不同的亚基组成中空的圆桶形的结构,显示多种肽酶的活性,能够从碱性、酸性和中性氨基酸的羧基侧水解多种与遍在蛋白连接的蛋白质底物。蛋白酶体对蛋白质的降解是与环境隔离的。主要降解两种类型的蛋白质:一类是错误折叠的蛋白质,另一类就是需要进行数量调控的蛋白质。

蛋白酶体对蛋白质的降解通过泛素(ubiquitin)介导,所以又称为泛素降解途径。泛素是由76个氨基酸残基组成的小肽,它的作用主要是识别要被降解的蛋白质,然后将这种蛋白质送入蛋白酶体的圆桶中进行降解。蛋白酶体对蛋白质的降解作用分为两个过程:一是对被降解的蛋白质进行标记,由泛素完成;二是蛋白酶解作用,由蛋白酶体催化。

蛋白酶体存在于所有真核细胞中,其活性受γ干扰素的调节。
#casularm 发表于2007-03-01 23:15:49  IP: 211.162.10.*
N-端规则(N-end rule)

每一种蛋白质都有寿命特征, 称为半衰期(half-life)。蛋白质的半衰期与多肽链N-端特异的氨基酸有关,它们对蛋白质的寿命有控制作用。如末端是精氨酸或赖氨酸的多肽,寿命就很短,而末端是缬氨酸或甲硫氨酸的多肽,寿命就很长。蛋白质N-末端与半衰期的关系,称为N端规则。
#casularm 发表于2007-03-01 23:16:39  IP: 211.162.10.*
核酶(ribozyme)

核酶一词用于描述具有催化活性的RNA, 即化学本质是核糖核酸(RNA), 却具有酶的催化功能。核酶的作用底物可以是不同的分子, 有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位。核酶的功能很多,有的能够切割RNA, 有的能够切割DNA, 有些还具有RNA 连接酶、磷酸酶等活性。与蛋白质酶相比,核酶的催化效率较低,是一种较为原始的催化酶。
#casularm 发表于2007-04-17 11:52:10  IP: 211.162.6.*
DNA甲基化(DNA methylation)
在甲基转移酶的催化下,DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基,形成5�甲基胞嘧啶,这常见于基因的5'-CG-3'序列。大多数脊椎动物基因组DNA都有少量的甲基化胞嘧啶,主要集中在基因5'端的非编码区,并成簇存在。甲基化位点可随DNA的复制而遗传,因为DNA复制后,甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。
#casularm 发表于2007-04-17 11:59:23  IP: 211.162.6.*
蛋白质组(Proteome)
蛋白质组的概念最先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组(genOME),或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(PROTein). 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变. 在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,并且,同一蛋白可能以许多形式进行翻译后的修饰. 故一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目. 
蛋白质组学(Proteomics)处于早期“发育”状态,这个领域的专家否认它是单纯的方法学[4],就像基因组学一样,不是一个封闭的、概念化的稳定的知识体系,而是一个领域. 蛋白质组学集中于动态描述基因调节,对基因表达的蛋白质水平进行定量的测定,鉴定疾病、药物对生命过程的影响,以及解释基因表达调控的机制. 作为一门科学,蛋白质组研究并非从零开始,它是已有20年历史的蛋白质(多肽)谱和基因产物图谱技术的一种延伸. 多肽图谱依靠双向电泳(Two-dimensional gel electrophoresis, 2-DE)和进一步的图象分析;而基因产物图谱依靠多种分离后的分析,如质谱技术、氨基酸组分分析等.

#casularm 发表于2007-04-17 12:10:27  IP: 211.162.6.*
组蛋白(histone)
组蛋白是真核生物染色体的基本结构蛋白, 是一类小分子碱性蛋白质, 有五种类型:H1 、H2A 、H2B 、H3 、H4,它们富含带正电荷的碱性氨基酸, 能够同DNA中带负电荷的磷酸基团相互作用。

组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中, 四种组蛋白(H2A、H2A、H3、H4)氨基酸序列都非常相似, 如海胆组织H3的氨基酸序列与来自小牛胸腺的H3的氨基酸序列间只有一个氨基酸的差异, 小牛胸腺的H3的氨基酸序列与豌豆的H3也只有4个氨基酸不同。不同生物的H1序列变化较大, 在某些组织中,H1被特殊的组蛋白所取代。如成熟的鱼类和鸟类的红细胞中H1 则被H5 所取代, 精细胞中则由精蛋白代替组蛋白。染色质中的组蛋白与DNA的含量之比为1:1。
#casularm 发表于2007-04-17 12:11:07  IP: 211.162.6.*
非组蛋白(nonhistone proteins)

非组蛋白是指细胞核中组蛋白以外的酸性蛋白质。非组蛋白不仅包括以DNA作为底物的酶,也包括作用于组蛋白的一些酶, 如组蛋白甲基化酶。此外还包括DNA结合蛋白、组蛋白结合蛋白和调节蛋白。由于非组蛋白常常与DNA或组蛋白结合, 所以在染色质或染色体中也有非组蛋白的存在, 如染色体骨架蛋白。
#casularm 发表于2007-04-17 12:13:33  IP: 211.162.6.*
转移酶(transferase)
转移酶催化官能团从一个底物转移给另一个底物。它们的底物必须有两个,一个是供体,一个是受体。转移的官能团可以是一个很小的基团,如氨基,也可以是大的基团,如一个糖基甚至一条多糖链。例如转氨酶、糖基转移酶。
#casularm 发表于2007-04-17 12:14:13  IP: 211.162.6.*
氧化还原酶(oxidoreductase)
氧化还原酶催化底物的氧化或还原,反应时需要电子供体或受体。生物体内众多的氧化还原酶在反应时需要辅酶NAD (nicotinamide adenine dinucleotide)或NDAP (nicotinamide adenine dinucleotide phosphate)以及FAD(flavin adenine dinucleotide)或FMN (flavin mononucleotide)。当然也有的酶不需要辅酶或辅基,直接以氧作为电子的传递体,如葡萄糖氧化酶。
#casularm 发表于2007-04-17 12:14:46  IP: 211.162.6.*
水解酶(hydrolase)
水解酶催化底物的水解,需要水分子参与。水解酶分子结构相对比较简单,来源广泛,在生物催化的手性合成反应中应用很多,如脂肪酶、酯酶、蛋白酶等。
  常用的商品酯酶和脂肪酶制剂有:
PLE(Pig Liver Esterase) — 猪肝酯酶 (Sigma)
PPL(Porcine Pancrea Lipase) — 猪胰脂肪酶(Sigma)
CCL(Candida cylindracae) — 假丝酵母脂肪酶(Slgma)
牛α—胰凝乳蛋白酶(Parcrao)
p — 脂肪酶 — 得自假单胞菌属(Amano)
脂肪酶PS(Amano)
脂肪酶A(Amano)
AF—Z
Lipase MY (Meito Sangyo)
Lipase OF (Meito Sangyo)
AnL—黑曲霉 Aspergilus niger
PrL— 青霉Penicillinum reguerferti
CLL—假丝酵母Candida lypolytica
CSL—假丝酵母Candidasp 382
#casularm 发表于2007-04-17 12:15:30  IP: 211.162.6.*
裂合酶(1yase)
裂合酶催化底物分子裂解成两个部分,使其中一个部分含有不饱和键,这与水解酶不同。与其他酶催化反应相似,这类酶催化的反应也具有可逆性。裂解的键可以是碳碳、碳氧或碳氮键等,例如醛缩酶。
#casularm 发表于2007-04-17 12:17:47  IP: 211.162.6.*
异构酶(isomerase)
异构酶催化底物分子内重排反应,特别是构型的改变。例如葡萄糖异构酶。
#casularm 发表于2007-04-17 12:18:10  IP: 211.162.6.*
连接酶(ligase)
连接酶又称合成酶(synthetase)催化两个底物连接成一个分子,在反应时由ATP或其他高能化合物供给反应所需的能量,例如脂酰CoA合成酶。
#casularm 发表于2007-04-18 21:21:43  IP: 211.162.6.*
异染色质(heterochromatin)
在有丝分裂完成之后, 大多数高度压缩的染色体要转变成间期的松散状态。但是,大约有百分之十的染色质在整个间期仍然保持压缩状态,将这种染色质称为异染色质。异染色质在分裂期和间期的着色力相同。当用[3H]标记的尿嘧啶作为细胞合成RNA的前体,然后进行细胞固定、切片和放射自显影分析, 发现异染色质不能被标记, 表明它们可能没有转录活性。不过, 有证据表明某些基因位于异染色质区。另外,也并非所有无活性的基因和不转录的DNA区, 都是异染色质区。
#casularm 发表于2007-04-18 21:22:33  IP: 211.162.6.*
常染色质(euchromatin)
在有丝分裂完成之后, 能够转变成间期松散状态的染色体部分。常染色质在分裂期染色深, 但在间期染色浅。一般而言, 常染色质是具有转录活性区, 是基因区。
#casularm 发表于2007-04-18 21:23:11  IP: 211.162.6.*
结构性异染色质(constitutive heterochromatin)
在整个细胞周期内都处于凝集状态的染色质,即永久性的呈现异固缩的染色质被称为结构性异染色质。结构性异染色质含有高度重复的随体DNA,分布于大多数染色体的着丝粒区、端粒和次缢痕处,呈现C带染色。结构性异染色质的DNA主要是高度重复顺序,含有的基因相当少。事实上,当一个有活性的基因通过转座或转位, 移动到结构性异染色质区, 通常要失去活性, 这种现象称为位置效应(position effect), 因此认为结构性异染色质区含有抑制邻近基因表达的成份。
#casularm 发表于2007-04-18 21:23:54  IP: 211.162.6.*
兼性异染色质(facultative heterochromatin)
指在一定的细胞类型或一定的发育阶段呈现凝集状态的异染色质。在一定时期的特种细胞的细胞核内, 原来的常染色质可转变成兼性异染色质。如雄性个体的细胞含有一个瘦小的Y染色体和一个大的X染色体, 由于X和Y染色体上很少有共同的基因, 对于雄性来说, X染色体上的基因就只有一个拷贝。虽然雌性细胞有两条X染色体, 也只有一条具有转录活性, 另外一条X染色体像异染色质一样保持凝缩状态, 称为巴氏小体(Barr bady)。巴氏小体的形成保证了雄性和雌性都只有一条具有活性的X染色体, 合成等量的X-连锁基因编码的产物。
#casularm 发表于2007-06-30 23:06:30  IP: 220.248.229.*
蛋白相邻类的聚簇 Cluster of Orthologous Groups of proteins(COG)
构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可能会进化出新的与原来有关的功能。请参考文献获得更多的信息。
COG是如何建立的?
COG是通过把所有完整测序的基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。在考虑来自一个给定基因组的蛋白时,这种比较将给出每个其他基因组的一个最相似的蛋白(因此需要用完整的基因组来定义COG。注1)这些基因的每一个都轮番的被考虑。如果在这些蛋白(或子集)之间一个相互的最佳匹配关系被发现,那么那些相互的最佳匹配将形成一个COG(注2)。这样,一个COG中的成员将与这个COG中的其他成员比起被比较的基因组中的其他蛋白更相像,尽管如果绝对相似性比较的。最佳匹配原则的使用,没有了人为选择的统计切除的限制,这就兼顾了进化慢和进化快的蛋白。然而,还有一个加的限制就是一个COG必须包含来自于3个种系发生上远的基因组的一个蛋白。
注1:仅仅应用在形成COG时,不包含新蛋白的信息。
注2:为了简化,许多步骤都省略的,请参考文献。

使用COG可以得到什么样的信息?
简单的说,有三方面的信息:
1,蛋白的注解。COG的一个蛋白成员的已知功能(以及二维或三维结构)可以直接应用到COG的其他成员上去。然而,这里也要警告,因为有些COG含有paralogs,它们的功能并非对应与那些已知蛋白。
2,种系发生图谱。这给出在一个特定的COG中一个给定物种是否存在某些蛋白。系统使用,这些图谱可以用来确定在一个物种中是否一个特定的代谢途径。
3,多重对齐。每一个COG页面包括了一个链接到COG成员的一个多重对齐,那可以被用来确定保守序列残基和分析成员蛋白的进化关系
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