常用物种拉丁文名称

    Homo sapiens  (human,人)
    Mus musculus  (mouse,小鼠)
    Rattus norvegicus  (rat,大鼠)
    Xenopus laevis  (frog,爪蟾) 
    Drosophila melanogaster  (fruit fly,果蝇)
    Caenorhabditis elegans  (nematode,线虫)
    Arabidopsis thaliana  (thale cress,拟南芥) 
    Escherichia coli  (colibacillus,大肠杆菌)
    Saccharomyces cerevisiae  (yeast,酵母)
    Sus scrofa  (pig,猪)
    Bos taurus  (cow,牛)
    Gallus gallus  (chicken,鸡)
    Danio rerio  (zebrafish,斑马鱼)
    Hordeum vulgare  (barley,大麦)
    Oryza sativa  (rice,水稻)
    Triticum aestivum  (wheat,小麦)
    Zea mays  (maize,玉米)
    Oryctolagus cuniculus  (rabbit,家兔)  
    Ciona intestinalis  (sea squirt,海胆)
    Anopheles gambiae  (malaria mosquito,按蚊) 
    Glycine max  (soybean,大豆)
    Lycopersicon esculentum  (tomato,番茄)
    Medicago truncatula  (barrel medic,蒺藜状苜蓿)
    Chlamydomonas reinhardtii  (Chlorophyta,莱因哈德衣藻)
    Takifugu rubripes  (pufferfish,河豚)
    Macaca mulatta  (monkey,恒河猴)
    Mesocricetus auratus  (hamster,仓鼠)
    Ciona intestinalis  (sea squirt,海鞘)
    Sorghum bicolor  (sorghum,高粱)
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可以通过在BLAST查询时指定物种名称来实现在输出结果中添加物种名称。具体方法为,在BLAST查询时使用`-db`参数指定物种名称,例如: ``` blastn -query query.fasta -db nt -outfmt '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' -remote > blast_results.txt ``` 其中`staxids`参数表示输出结果中包含查询序列和匹配序列所对应的物种编号。然后,可以使用NCBI的`E-utilities`工具将物种编号转换为物种名称。示例代码如下: ```python from Bio import Entrez # 设置Entrez邮箱 Entrez.email = "[email protected]" # 将物种编号转换为物种名称 def get_species_name(tax_id): handle = Entrez.efetch(db="taxonomy", id=tax_id, retmode="xml") records = Entrez.read(handle) return records[0]['ScientificName'] # 读取BLAST输出结果文件 with open('blast_results.txt', 'r') as f: for line in f: # 分割行内容 fields = line.strip().split('\t') query_id = fields[0] subject_id = fields[1] species_id = fields[-1] # 将物种编号转换为物种名称 species_name = get_species_name(species_id) # 输出包含物种名称的结果 print(f"{query_id}\t{subject_id}\t{species_name}") ``` 在上面的示例代码中,我们使用了Biopython库中的`Entrez`模块来获取物种名称。在使用该模块前,需要先设置一个有效的Entrez邮箱。然后,我们定义了一个`get_species_name`函数,该函数接受一个物种编号作为参数,并返回该物种对应的物种名称。最后,我们读取BLAST输出结果文件,将每行内容分割成不同的字段,并将物种编号转换为物种名称,最终输出包含物种名称的结果。

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