MEME从安装到使用

一、MEME安装
最新版本的MEME依赖perl 5.10.1版本及以上，所以需要安装perl。
1. 下载perl并安装
download URL
安装follow:

tar zxvf perl.tar.gz
cd /path/to/your/perl
./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreads
make  ##take a lot of time
make test 
make install
vi .bash_profile

2.下载并安装MEME
download URL
安装follow：

tar zxf meme.tar.gz
cd meme_4.11.3
./configure --prefix=path/to/your/meme --with-url=http://meme-suite.org --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install

二、MEME的使用
1. 使用jaspar下载的pfm文件
jaspar pfm文件下载处
2. 使用MEME内置jaspar2meme将pfm文件转为MEME可接收的motif文件
*注：安装perl太慢，所以直接使用服务器上的meme_4.9.0版本，2016版本的pfm文件需要，删除第一行及编号行，只保留count matrix部分，且只需要指定输入的文件格式以及文件所在的文件夹即可