项目启动容器不一致造成的编码问题

最近做一个即时通讯的项目。在开发环境中web客户端与安卓客户端交互消息没有问题，可是到了测试环境中安卓客户端发送中文消息给web客户端出现了回执超时的问题。仔细排查后发现服务器端返回的响应有问题，只要是中文的消息，响应中的xml数据不完整。
刚开始把问题定位到了配置文件上，把本地环境的配置文件内容替换到测试环境的配置文件内，结果还是不行。jdk的版本换成一致，还不行！
后来发现开发时用的eclipse，启动项目使用的是tomcat容器。而测试环境，是采用bat命令扫描jars文件夹下的jetty容器启动的。
而网上的资料中说是两个容器的默认编码格式不同会造成中文解析问题。
jetty容器默认的是JVM的编码格式，所以我在bat文件内通过-Dfile.encoding=UTF-8进行设定JVM默认的编码格式，完美解决了问题。

解决问题后，搜索了一些java中文乱码的资料：
从Java 源代码到得到正确的结果，要经过 “Java 源代码-> Java 字节码-> 虚拟机->操作系统->显示设备”的过程。在上述过程中的每一步骤，我们都必须正确地处理中文的编码，才能够使最终显示正确的结果。

“Java 源代码-> Java 字节码”：该阶段就是调用javac 进行编译的阶段，javac默认采用系统字符集，比如我们本地机器就是GBK，如果想用其他的编码，比如UTF-8，可以加上 -encoding UTF-8

“Java 字节码-> 虚拟机->操作系统” ：该阶段首先需要JRE或者JDK支持多语言(下载JRE的时候会让你选择英文版还是多语言版)，然后就是虚拟机启动的时候使用什么字符集，默认也是采用 当前系统的字符集，如需要修改字符集，加上JAVA的启动参数,-Dfile.encoding=GBK

“操作系统->显示设备”：该阶段主要就是需要操作系统支持显示中文就可以，就是安装了中文字体。

我遇到的问题：服务器项目运行时的JVM虚拟机采用的是当前系统的字符集，所以字符集格式不一致。