perl 常用模块使用例子

原创 2007年09月27日 09:35:00
perl 常用模块使用例子------欢迎大家补充。
 
一些常用模块的简单描述
http://www.perldoc.com/perl5.6/pod/perlmodlib.html

在perl 中使用模块:
模块的下载地址:http://www.cpan.org/modules/01modules.index.html
安装模块:
1. perl Makefile.PL
2. make
3. make test
4. make install
也可以用如下命令安装模块(已知的适用的系统redhat 9.0,其他的我不知道,请大家试试看:).
perl -MCPAN -e shell>

接着输入:install MODEL_NAME

查看模块的帮助:
perldoc MODEL_NAME
例如:
perldoc Net::FTP


已有模块:(以下的内容转自CU,谢谢CU的朋友)
说明:
以下例子代码的测试是在FreeBSD & Solaris下进行的,Perl版本为5.005_03。

(1) Net::FTP
(2) Net::Telnet
(3) LWP::Simple, get()
(4) Expect
(5) XML::Simple, XMLin()
(6) Data::Dumper, Dumper()
(7) IO::Socket
(8) Date::Manip, DateCalc(), UnixDate()
(9) Date::Manip, Date_Cmp()
(10) File::Find, find()
(11) ExtUtils::Installed, new(), modules(), version()
(12) DBI, connect(), prepare(), execute(), fetchrow_array()
(13) Getopt::Std
(14) Proc::ProcessTable
(15) Shell
(16) Time::HiRes, sleep(), time()
(17) HTML::LinkExtor, links(), parse_file()
(18) Net::Telnet, open(), print(), getline()
(19) Compress::Zlib, gzopen(), gzreadline(), gzclose()
(20) Net::POP3, login(), list(), get()
(21) Term::ANSIColor
(22) Date::Calc Calendar(), Today()
(23) Term::Cap, Tgetend(), Tgoto, Tputs()
(24) HTTPD::Log::Filter
(25) Net::LDAP
(26) Net::SMTP mail(), to(), data(), datasend(), auth()
(27) MIME::Base64, encode_base64(), decode_base64()
(28) Net::IMAP::Simple, login(), mailboxes(), select(), get()...
(29) Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO
(30) Spreadsheet::ParseExcel
(31) Text::CSV_XS, parse(), fields(), error_input()
(32) Benchmark

说明:
以下例子代码的测试是在RH Linux7.2下进行的,Perl版本为5.6.0。

(33) HTTP:: Daemon, accept(), get_request()...
(34) Array::Compare, compare(), full_compare()...
(35) Algorithm::Diff, diff()
(36) List::Util, max(), min(), sum(), maxstr(), minstr()...
(37) HTML::Parser
(38) Mail::Sender
(39) Time::HiRes, gettimeofday(), usleep()


这里接着上面的序号:
(40) Image::Magick

以下模块在RedHat 9.0 ,perl version v5.8.0 built 通过。
(41) Data::SearchReplace

devel 03-12-05 21:53

(1)Net::FTP


#!/usr/bin/perl -w
# file: ftp_recent.pl
# Figure 6.1: Downloading a single file with Net::FTP

use Net::FTP;

use constant HOST => 'ftp.perl.org';
use constant DIR => '/pub/CPAN';
use constant FILE => 'RECENT';

my $ftp = Net::FTP->new(HOST) or die "Couldn't connect: $@/n";
$ftp->login('anonymous') or die $ftp->message;
$ftp->cwd(DIR) or die $ftp->message;
$ftp->get(FILE) or die $ftp->message;
$ftp->quit;

warn "File retrieved successfully./n";

devel 03-12-05 21:59

(2)Net::Telnet

#!/usr/bin/perl -w
#file:remoteps.pl
use strict;
use Net::Telnet;
use constant HOST => 'phage.cshl.org';
use constant USER => 'lstein';
use constant PASS => 'xyzzy';

my $telnet=Net::Telnet->new(HOST);
$telnet->login(USER,PASS);
my @lines=$telnet->cmd('ps -ef');
print @lines;

devel 03-12-06 23:22

(3)LWP::Simple, get()
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use LWP::Simple qw(get);

my $url = shift || "http://www.chinaunix.net";
my $content = get($url);

print $content;

exit 0;
最简单方便的get网页的方法。

devel 03-12-06 23:25

(4) Expect

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Expect;

my $timeout 2;
my $delay 1;
my $cmd    "ssh";
my @params qw/202.108.xx.xx -lusername -p22/;
my $pass "passwd";

my $exp Expect->spawn($cmd, @params) or die "Can't spawn $cmd/n";
$exp->expect($timeout, -re=>'[Pp]assword:');
$exp->send_slow($delay"$pass/r/n");

$exp->interact();
$exp->hard_close();

exit 
0


devel 03-12-06 23:26

(5) XML::Simple, XMLin()

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 
XML::Simple;
my $text = <<xml;
< ?
xml version="1.0"? >
<
web-app>
  <
servlet>
    <
servlet-name>php</servlet-name>
    <
servlet-class>net.php.servlet</servlet-class>
  </
servlet>
  <
servlet-mapping>
    <
servlet-name>php</servlet-name>
    <
url-pattern>*.php</url-pattern>
  </
servlet-mapping>
</
web-app>
xml
my $x 
XMLin($text);
foreach 
my $tag(keys %$x)
{      
   
my %= %{$$x{$tag}};
   foreach(
keys %h)
   {      
      print 
"$tag => ";
      print 
"$_ => $h{$_}/n";
   }
}
exit 
0


devel 03-12-06 23:33

(6) Data::Dumper, Dumper()

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 
Data::Dumper;

print 
Dumper(@INC);
print 
Dumper(%ENV);
exit 
0


devel 03-12-06 23:33

(7) IO::Socket

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 
IO::Socket;

my $host "www.chinaunix.net";
my $port "80";
my $http_head "GET / HTTP/1.0/nHost: $host:$port/n/n";
my $sock IO::Socket::INET->new("$host:$port")
or die 
"Socket() error, Reason : $! /n";

print 
$sock $http_head;
print <
$sock>;

exit 
0


devel 03-12-06 23:34

(8) Date::Manip, DateCalc(), UnixDate()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Date::Manip;

my $date=&DateCalc("today","-1 days"0);#yesterday
my $date=&UnixDate($date"%Y-%m-%d %T");

print 
"$date/n";
exit 
0


devel 03-12-06 23:34

(9) Date::Manip, Date_Cmp()
#用于时间日期的比较

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Date::Manip;
my $date1 "Fri Jun  6 18:31:42 GMT 2003";
my $date2 "2003/05/06";
my $flag=&Date_Cmp($date1,$date2);

if(
$flag<0)
{
   print 
"date1 is earlier!/n";
}
elsif($flag==0)
{
   print 
"the two dates are identical!/n";
}
else
{
   print 
"date2 is earlier!/n";
}
exit 
0


devel 03-12-06 23:35

(10) File::Find, find()

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 
File::Find;

my $file "access.log";
my $path "/";

find(&process$path);

sub process{ print $File::Find::dir"$_/n" if(/$file/); }

exit 
0;

#用于在unix文件树结构中查找对象。 


devel 03-12-06 23:35

(11) ExtUtils::Installed, new(), modules(), version()

查看已经安装的模块的相应信息。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
ExtUtils::Installed;

my $instExtUtils::Installed->new();
my @modules $inst->modules();

foreach(@
modules)
{
        
my $ver $inst->version($_) || "???";
        
printf("%-12s --  %s/n"$_$ver);   
}
exit 
0


devel 03-12-06 23:35

(12) DBI, connect(), prepare(), execute(), fetchrow_array()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
DBI;

my $dbh DBI->connect("dbi:mysql:dbname"'user','passwd''')
or die 
"can't connect!/n";
my $sql qq/show variables/;
my $sth $dbh->prepare($sql);
$sth->execute();

while(
my @array=$sth->fetchrow_array())
{
   
printf("%-35s"$_) foreach(@array);
   print 
"/n";
}
$dbh -> disconnect();
exit 
0


devel 03-12-06 23:36

(13) Getopt::Std

命令行参数解析。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Getopt::Std;

my %opts;
getopts("c:hv", %opts);

foreach(
keys %opts)
{
   /
c/ && print "welcome to "$opts{$_} || "ChinaUnix""!/n";
   /
h/ && print "Usage : $0 -[hv] -[c msg] /n";
   /
v/ && print "This is demo, version 0.001.001 built for $^O/n";
}
exit 
0


devel 03-12-06 23:36

(14) Proc::ProcessTable
#直接访问Unix进程表,类似ps command。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Proc::ProcessTable;

my $pt = new Proc::ProcessTable;

foreach(
reverse sort @{$pt->table})
{
   print 
$_->pid" => ";
   print 
$_->cmndline"/n";
}
exit 
0
 
devel 03-12-06 23:37

(15) Shell

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Shell;

print 
"now is : "date();
print 
"current time is : "date("+%T");

my @dirs ls("-laF");
foreach(@
dirs)
{
   print if(//$/);
#print directory
}
exit 
0

Shell命令直接做为函数,在Perl中调用。

devel 03-12-06 23:37

Another use of Time::HiRes Module.

(16) Time::HiRes, sleep(), time()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Time::HiRes qw(sleep time);

$| = 
1;
my $before time;
for 
my $i (1..100)
{
   print 
"$i/n";
   
sleep(0.01);   
}
printf("time used : %.5f seconds/n"time $before);
exit 
0



use Time::HiRes后,此模块提供sleep(), alarm(), time()的增强版以
取代perl内置的相应函数。
其中sleep()和alarm()的参数可以是小数。比如sleep(0.1)表示休眠0.1秒,
time()可以返回浮点数。

devel 03-12-06 23:38

(17) HTML::LinkExtor, links(), parse_file()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
HTML::LinkExtor;

my $p = new HTML::LinkExtor;
$p->parse_file(*DATA);

foreach 
my $links ($p->links())
{
   
map {print "$_ "} @{$links};
   print 
"/n";
}
exit 
0




__DATA__
代码:

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.1 Strict//EN"
  "http://www.w3.org/TR/xhtml11/DTD/xhtml11.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en-US">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html"/>
<title>CPAN</title>
<!-- Copyright Jarkko Hietaniemi <jhi@iki.fi> 1998-2002
    All Rights Reserved.
    The CPAN Logo provided by J.C. Thorpe.
    You may distribute this document either under the Artistic License
    (comes with Perl) or the GNU Public License, whichever suits you.

    You are not allowed to remove or alter these comments. -->
<!-- $Id: cpan-index.html,v 1.7 2003/02/17 10:23:46 jhi Exp $ -->
<link rev="made" href="mailto:cpan@perl.org"></link>
<style type="text/css">
<!--

body{
  color:black;
  background:white;
  margin-left:2%;
  margin-right:2%;
}

h1{
  text-align:center;
}

img    {
  vertical-align:        50%;
  border:      0;
}

.left{
  text-align:left;
  float:none;
}

.center{
  text-align:center;
  float:none;
}

.right{
  text-align:right;
  float:none;
}

-->
</style>
</head>
<body>

<table width="100%">
<tr>
  <td rowspan="2">
  <div class="left">
    <img src="misc/jpg/cpan.jpg"
        alt="[CPAN Logo]" height="121" width="250"/>
  </div>
  </td>
  <td>
  <div class="right">
    <h1><a id="top">Comprehensive Perl Archive Network</a></h1>
  </div>
  </td>
</tr>
<tr>
  <td>
    <div class="center">
    2003-06-10 online since 1995-10-26<br/>1662 MB 246 mirrors<br/>2903 authors 4767 modules
    </div>
  </td>
</tr>
<tr>
  <td colspan="2">
  <p class="left">
Welcome to CPAN! Here you will find All Things Perl.
  </p>
  </td>
  <td>
  </td>
</tr>
</table>

<hr/>

<table width="100%">

<tr>

<td>

<h1>Browsing</h1>
<ul>
  <li><a href="modules/index.html">Perl modules</a></li>
  <li><a href="scripts/index.html">Perl scripts</a></li>
  <li><a href="ports/index.html">Perl binary distributions ("ports")</a></li>
  <li><a href="src/README.html">Perl source code</a></li>
  <li><a href="RECENT.html">Perl recent arrivals</a></li>
  <li><a href="http://search.cpan.org/recent">recent</a> Perl modules</li>
  <li><a href="SITES.html">CPAN sites</a> list</li>
  <li><a href="http://mirrors.cpan.org/">CPAN sites</a> map</li>
</ul>

</td>

<td>

<h1>Searching</h1>

<ul>
<li><a href="http://kobesearch.cpan.org/">Perl core and CPAN modules documentation </a> (Randy Kobes)</li>
<li><a href="http://www.perldoc.com/">Perl core documentation</a> (Carlos Ramirez)</li>
<li><a href="http://search.cpan.org/">CPAN modules, distributions, and authors</a> (search.cpan.org)</li>
<li><a href="http://wait.cpan.org/">CPAN modules documentation</a> (Ulrich Pfeifer)</li>
</ul>

<h1>FAQ etc</h1>

<ul>
<li><a href="misc/cpan-faq.html">CPAN Frequently Asked Questions</a></li>
<li><a href="http://lists.cpan.org/">Perl Mailing Lists</a></li>
<li><a href="http://bookmarks.cpan.org/">Perl Bookmarks</a></li>
</ul>

<p><small>
Yours Eclectically, The Self-Appointed Master Librarian (OOK!) of the CPAN<br/>
<i>Jarkko Hietaniemi</i>
<a href="mailto:cpan@perl.org">cpan@perl.org</a>
<a href="disclaimer.html">[Disclaimer]</a>
</small>
</p>

</td>

</tr>

</table>

<hr/>

<table width="100%">
<tr>

<td>
<div class="left">
<a href="http://validator.w3.org/check?uri=http%3A%2F%2Fwww.cpan.org%2Findex.html">
<img src="misc/gif/valid-xhtml10.gif" alt="Valid XHTML 1.0!" height="31" width="88"/></a>
<a href="http://jigsaw.w3.org/css-validator/validator?uri=http%3A%2F%2Fwww.cpan.org%2Findex.html">
<img src="misc/gif/vcss.gif" alt="[Valid CSS]" height="31" width="88"/></a>
</div>
</td>
<td>
<div class="right">

<table width="100%">

<tr>
<td class="right">
<small>
CPAN master site hosted by
</small>
</td>
</tr>
<tr>
<td class="right">
<a href="http://www.csc.fi/suomi/funet/verkko.html.en/"><img src="misc/gif/funet.gif" alt="FUNET" height="25" width="88"/></a>
</td>
</tr>
</table>

</div>
</td>

</tr>
</table>

</body>
</html>


devel 03-12-06 23:38

18) Net::Telnet, open(), print(), getline()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Net::Telnet;

my $p Net::Telnet->new();
my $h shift || "www.chinaunix.net";

$p->open(Host => $hPort => 80);
$p->print("GET //n");
while(
my $line $p->getline())
{
   print 
$line;
}
exit 
0


devel 03-12-06 23:39

(19) Compress::Zlib, gzopen(), gzreadline(), gzclose()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Compress::Zlib;

my $gz gzopen("a.gz""rb");

while( 
$gz->gzreadline(my $line) > )
{
   
chomp $line;
   print 
"$line/n";
}

$gz->gzclose();
exit 
0;

#直接使用shell的zmore, zless, zcat打开文件也不错,但是如果gz文件很大,还是应该选择zlib。 


devel 03-12-06 23:39

(20) Net::POP3, login(), list(), get()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Net::POP3;
use 
Data::Dumper;

my $user "user";
my $pass shift or die "Usage : $0 passwd/n";
my $host "pop3.web.com";#pop3 address

my $p Net::POP3->new($host) or die "Can't connect $host!/n";
$p->login($user$pass) or die "user or passwd error!/n";
my $title $p->list or die "No mail for $user/n";

foreach 
my $h(keys %$title)
{
   
my $msg $p->get($h);
   print @
$msg;   
}
$p->quit;
exit 
0

telnet pop3.web.com 110 也可以直接连到pop3 server上,然后通过
pop3命令与邮件服务器交互,
简单的命令有:
USER name
PASS string

STAT
LIST [n]
RETR msg
DELE msg
NOOP
RSET
QUIT
有兴趣的朋友可以试一试。
这样,也就可以利用Net::Telnet来做一个收信件的简单程序。

devel 03-12-06 23:40

(21) Term::ANSIColor 例子一

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Term::ANSIColor qw(:constants);

$Term::ANSIColor::AUTORESET 1;

$| = 
1;
my $str "Welcome to chinaunix ^_^!/n";

for 
my $i(0..length($str)-1)
{
   print 
BOLD RED substr($str$i1);
   
select(undefundefundef0.3);
}
exit 
0

查看ANSIColor.pm可以得知作者是利用ANSI转义序列,改变终端字符颜色的。
print "/e[34m/n";
即是改变前景色为blue;

shell命令为echo -e "/033[31m";#改变前景色为红色。
(freeBSD,Solaris下此命令测试OK)

devel 03-12-06 23:41

(21) Term::ANSIColor 例子二

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Term::ANSIColor qw(:constants);

$Term::ANSIColor::AUTORESET 1;

$| = 
1;

print 
"/e[20;40H";
my $str "Welcome to chinaunix ^_^!/n";

print 
BOLD BLINK $str;
exit 
0



转义序列echo -e "/033[20;40H";可以改变光标位置。
perl中就可以:print "/e[20;40H";

devel 03-12-06 23:42

(22) Date::Calc Calendar(), Today()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Date::Calc qw(Calendar Today);

my $year "2003";
my $month "6";
my $day;


my $cal Calendar($year$month);
(
undefundef$day) = Today();

$cal =~ s/$day/e[5me[31m$daye[0m/;

print 
$cal;
exit 
0



本例子打印出一个2003年6月份的日历,当天日期用红色的闪烁数字表示。

Date::Calc提供了时间日期计算的另一种方式(一种是Date::Manip),
大量简单方便的方法(函数)供使用者调用。

在例子中的年和月我是自己指定的,也可以
($year, $month, $day) = Today();

颜色和闪烁是用ANSI escape sequences。
详细说明尽在ANSIColor.pm source和perldoc Term::ANSIColor里。
(perldoc Term::ANSIColor其实也在ANSIColor.pm source里) :)

devel 03-12-06 23:42

(23) Term::Cap, Tgetend(), Tgoto, Tputs()

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
Term::Cap;

$| = 
1;
my $i 1;
my $flag 0;

my $tcap Term::Cap->Tgetent({TERM => undefOSPEED => 1});
$tcap->Tputs('cl'1, *STDOUT);#clear screen

while($i)
{
   if(
$i 50 || $flag == 1)
   {
      
$i --;
      
$flag 1;
      
$flag if($i == 1);
   }
   else
   {
      
$i ++;   
      
$flag 0;
   }

   
$tcap->Tgoto('cm'$i15, *STDOUT);#move cursor
   
print " welcome to chinaunix! ";
   
select(undefundefundef0.02);
}
exit 
0

Term::Cap 终端控制模块。
代码效果:一个左右移动的字串 "welcome to chinaunix! " :)

devel 03-12-06 23:43

(24) HTTPD::Log::Filter

#!/usr/bin/perl
use strict;
use 
HTTPD::Log::Filter;

my $filter HTTPD::Log::Filter->new(format => "CLF",
                           
capture => ['request''host']);

foreach(`
cat access_log`)
{
   
chomp;
   
unless$filter->filter($_) )
   {
      print 
"[$_]/n";
      
next;
   }
   print 
$filter->request"/n";
}
exit 
0

如果我们工作中经常需要分析Apache日志,这个模块可以提供一些方便。
创建对象实例以后,用filter方法来过滤,没有正确匹配的行将返回false,
然后用相应的方法print出我们需要的数据。(host,request,date...等等方法,
由capture选项以参数引入)
可以用re方法打印出作者所使用的匹配模式:


use HTTPD::Log::Filter;
print HTTPD::Log::Filter->new(format=>"CLF",capture=>['request'])->re;



详见perldoc HTTPD::Log::Filter. enjoy it

devel 03-12-06 23:54

提供者:Apile


(25) Net::LDAP

#!/usr/bin/perl
use Net::LDAP;

## get a object of ldap
$ldap Net::LDAP->new("1.1.1.1"port =>"389"version => 3) or die "$@";
# object of Net::LDAP::Message
$mesg $ldap->bind($_cer_idpassword => $_cer_pw); # 查詢用的ID/PASSWD
if($mesg->is_error) {die $mesg->error;}
$mesg $ldap->search(
         
base => "o=abc,c=tt"# 起始點
         
scope => "sub"# 範圍
         
filter => "(uid=apile)"# 條件
         
attrs => ["cn"], # 要取得的attribute
         
typesonly => 0   );

my $max_len $mesg->count## get number of entry

#--取得中文姓名,可能不只一筆
for($i=0;$i<$max_len;$i++){
   
$entry $mesg->entry($i);
   
$cname $entry->get_value("cn"); # get chinese name
}

#--作密碼認證
$mesg $ldap->bind($entry->dnpassword => "abc"version => 3)
||die 
"can't connect to ldap";
if(
$mesg->code) { print "verification is failed"}
else{ print 
"success"


LDAP version 3..可以用於查詢基本資料、驗證密碼之用..

devel 03-12-06 23:55

(26) Net::SMTP mail(), to(), data(), datasend(), auth()

#!/usr/bin/perl

use strict;
use 
Net::SMTP;

my $smtp Net::SMTP->new('smtp.sohu.com'Timeout => 10Debug => 0)
   or die 
"new error/n";
#$smtp->auth("user", "passwd") or die "auth error/n";
$smtp->mail('some');
$smtp->to('some@some.com');
$smtp->data("chinaunix,哈楼你好啊!/n[b]:[/b])");
$smtp->quit;

exit 
0

有的SMPT Server需要Authentication,那么就使用auth()方法进行验证。
Debug模式打开,可以看到详细的SMTP命令代码。也有助于我们排错。

devel 03-12-06 23:55

(27) MIME::Base64, encode_base64(), decode_base64()

#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use 
MIME::Base64;

foreach(<
DATA>)
{
   print 
decode_base64($_);
}
exit 
0

__DATA__
xOO6w6Osu7bTrcC0tb1jaGluYXVuaXguY29tIFtwZXJsXbDmIQo=
1eLKx2Jhc2U2NLHgwuu1xMD919OjrNPJTUlNRTo6QmFzZTY0xKO/6cC0veLC66GjCg==
cGVybGRvYyBNSU1FOjpCYXNlNjQgZm9yIGRldGFpbHMsIGVuam95IGl0IDopCg==


用来处理MIME/BASE64编码。

devel 03-12-06 23:56

(28) Net::IMAP::Simple, login(), mailboxes(), select(), get()...

#!/usr/bin/perl

use strict;
use 
Net::IMAP::Simple;

my $server = new Net::IMAP::Simple'imap.0451.com' );
$server->login'user_name''passwd');

#show the mailboxs
#map {print "$_/n";} $server->mailboxes();

#show mail's content
my $n $server->select'inbox' ) or die "no this folder/n";
foreach 
my $msg 1..$n )
{
    
my $lines $server->get$msg );
    print @
$lines;
   print 
"_________________ Press enter key to view another! ...... __________________/n";
   
read STDINmy $key1;
}

exit 
0



在取得中文的Folder时,会出现乱码的情况,
这个问题现在没有解决。英文的Folder则没问题。


IMAP协议,默认端口为143,可以用telnet登录。

telnet imap.xxx.com 143
2 login user pass
2 list "" *
2 select inbox
......


(29) Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO

bioperl(http://bioperl.org/)模块使用--生物信息学中用的模块
功能:根据核酸的gi号自动从GenBank中提取FASTA格式的序列,可以多序列提取。

#!/usr/bin/perl -w

use Bio::DB::GenBank;
use 
Bio::SeqIO;
my $gb = new Bio::DB::GenBank;

my $seqout = new Bio::SeqIO(-fh => *STDOUT, -format => 'fasta');


# if you want to get a bunch of sequences use the batch method
my $seqio $gb->get_Stream_by_id([ qw(27501445 2981014)]);

while( 
defined ($seq $seqio->next_seq )) {
        
$seqout->write_seq($seq);



devel 03-12-06 23:57

提供者:flora

(30) Spreadsheet::ParseExcel
perl解析Excel文件的例子。

#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use 
Spreadsheet::ParseExcel;
use 
Spreadsheet::ParseExcel::FmtUnicode#gb support

my $oExcel = new Spreadsheet::ParseExcel;

die 
"You must provide a filename to $0 to be parsed as an Excel file" unless @ARGV;
my $code $ARGV[1] || "CP936"#gb support
my $oFmtJ Spreadsheet::ParseExcel::FmtUnicode->new(Unicode_Map => $code); #gb support
my $oBook $oExcel->Parse($ARGV[0], $oFmtJ);
my($iR$iC$oWkS$oWkC);
print 
"FILE  :"$oBook->{File} , "/n";
print 
"COUNT :"$oBook->{SheetCount} , "/n";

print 
"AUTHOR:"$oBook->{Author} , "/n"
if defined $oBook->{Author};

for(
my $iSheet=0$iSheet $oBook->{SheetCount} ; $iSheet++)
{
$oWkS $oBook->{Worksheet}[$iSheet];
print 
"--------- SHEET:"$oWkS->{Name}, "/n";
for(
my $iR $oWkS->{MinRow} ;
     
defined $oWkS->{MaxRow} && $iR <= $oWkS->{MaxRow} ;
     
$iR++)
{
  for(
my $iC $oWkS->{MinCol} ;
      
defined $oWkS->{MaxCol} && $iC <= $oWkS->{MaxCol} ;
      
$iC++)
  {
   
$oWkC $oWkS->{Cells}[$iR][$iC];
   print 
"( $iR , $iC ) =>"$oWkC->Value"/n" if($oWkC);
  }
}



devel 03-12-06 23:58

(31) Text::CSV_XS, parse(), fields(), error_input()

如果field里面也包含分隔符(比如"tom,jack,jeff","rose mike",O'neil,"kurt,korn"),那么我们解析起来确实有点麻烦,
Text::CSV_XS挺方便。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use 
Text::CSV_XS;

my @columns;
my $csv Text::CSV_XS->new({
                     
'binary' => 1,
                     
'quote_char'  => '"',
                         
'sep_char'    => ','      
                     
}); 

foreach 
my $line(<DATA>)
{
   
chomp $line;
   if(
$csv->parse($line))
   {
      @
columns $csv->fields();
   }
   else
   {
      print 
"[error line : "$csv->error_input"]/n";
   }

   
map {printf("%-14s/t"$_)} @columns;
   print 
"/n";
}
exit 
0


__DATA__
id,compact_sn,name,type,count,price
37,"ITO-2003-011","台式机,compaq","128M","290","1,2900"
35,I-BJ-2003-010,"显示器,硬盘,内存",'三星',480,"1,4800"
55,"C2003-104",笔记本,"Dell,Latitude,X200",13900,"1,13900"

devel 03-12-07 00:00

提供者:Apile

(32) Benchmark

#!/usr/bin/perl

use Benchmark;

timethese(100,
   {
      
'local'=>q
            
{
               for(
1..10000)
               {
                  
local $a=$_;
                  
$a *= 2;
               }
            },

      
'my'=>q
         
{
            for(
1..10000)
            {
               
my $a=$_;
               
$a *= 2;
            }
         }
   }); 

可以拿?硭隳硞algorithm耗費多少時間..
timethese(做幾次iteration,{
'Algorithm名稱'=>q{ 要計算時間的algorithm },
'Algorithm名稱'=>q{ 要計算時間的algorithm }
});

devel 03-12-07 00:01

(33) HTTP::Daemon, accept(), get_request(), send_file_response()

一个简单的,只能处理单一请求的Web服务器模型。
send_file_response()方法能把Client请求的文件传送过去。

#!/usr/bin/perl

use HTTP:: Daemon;

$| = 
1;
my $wwwroot "/home/doc/";
my $d HTTP:: Daemon->new || die;
print 
"Perl Web-Server is running at: "$d->url" .../n";

while (
my $c $d->accept)
{   
   print 
$c "Welcome to Perl Web-Server<br>";

    if(
my $r $c->get_request)
   {      
      print 
"Received : "$r->url->path"/n";
      
$c->send_file_response($wwwroot.$r->url->path);
    }

    
$c->close;



devel 03-12-07 20:54

(34) Array::Compare, compare(), full_compare()

用于数组比较。
本例实现类似shell command - diff的功能。
如果我们要比较的不是文件,而是比如系统信息,远程文件列表,数据库内容变化等,这个模块会给我们提供方便灵活的操作。

#!/usr/bin/perl

use Array::Compare;

$comp = Array::Compare->new(WhiteSpace => 1);
$cmd "top -n1 | head -4";
@
a1 = `$cmd`;
@
a2 = `$cmd`;

@
result $comp->full_compare(@a1, @a2);

foreach(@
result)
{
   print 
$_ 1"th line:/n";
   print 
"> $a1[$_]> $a2[$_]";
   print 
"-----/n";
}
exit 
0


devel 03-12-07 20:54

(35) Algorithm::Diff, diff()

用于文件比较。
实现类似unix command diff的功能。

#!/usr/bin/perl

use Algorithm::Diff qw(diff);

die(
"Usage: $0 file1 file2/n") if @ARGV != 2;

my ($file1$file2) = @ARGV;
-
T $file1 or die("$file1: binary/n");
-
T $file2 or die("$file2: binary/n");

@
f1 = `cat $file1 `;
@
f2 = `cat $file2 `;

$diffs diff(@f1, @f2);

foreach 
$chunk (@$diffs)
{
   foreach 
$line (@$chunk)
   {
      
my ($sign$lineno$text) = @$line;
       
printf "$sign%d %s"$lineno+1$text;
   }

   print 
"--------/n";



devel 03-12-07 20:55

(36) List::Util, max(), min(), sum(), maxstr(), minstr()...

列表实用工具集。

#!/usr/bin/perl

use List::Util qw/max min sum maxstr minstr shuffle/;

@
= ('hello''ok''china''unix');

print 
max 1..10;      #10
print min 1..10;      #1
print sum 1..10;      #55
print maxstr @s;      #unix
print minstr @s;      #china
print shuffle 1..10;   #radom order 


devel 03-12-07 20:56

(37) HTML::Parser

解析HTML。本例为找出一个html文本中的所有图片的地址。(即IMG标签中的src)

子程序start中的“$tag =~ /^img$/”为过滤出img标签。
如果换为“$tag =~ /^a$/”,即是找出所有的链接地址。

详细的方法介绍,请见`perldoc HTML::Parser`

#!/usr/bin/perl

use LWP::Simple;
use 
HTML::Parser;

my $url shift || "http://www.chinaunix.net";
my $content LWP::Simple::get($url) or die("unknown url/n");

my $parser HTML::Parser->new(
         
start_h => [&start"tagname, attr"],
         );

$parser->parse($content);
exit 
0;

sub start
{
   
my ($tag$attr$dtext$origtext) = @_;   
   if(
$tag =~ /^img$/)
   {   
      if (
defined $attr->{'src'} )
      {
         print 
"$attr->{'src'}/n";   
      }
   }



devel 03-12-07 20:56

(38) Mail::Sender

(1)发送附件

#!/usr/bin/perl

use Mail::Sender;

$sender = new Mail::Sender{
                     
smtp => 'localhost',
                     
from => 'xxx@localhost'
                     
};
$sender->MailFile({
               
to => 'xxx@xxx.com',
               
subject => 'hello',
               
file => 'Attach.txt'
               
});
$sender->Close();

print 
$Mail::Sender::Error eq "" "send ok!/n" $Mail::Sender::Error


devel 03-12-07 20:57

(2)发送html内容

#!/usr/bin/perl

use Mail::Sender;

open(IN"< ./index.html") or die("");

$sender = new Mail::Sender{
                     
smtp => 'localhost',
                     
from => 'xxx@localhost'
                     
};

$sender->Open({
               
to => 'xxx@xxx.com',
               
subject => 'xxx',
               
msg => "hello!",
               
ctype => "text/html",
               
encoding => "7bit",
               });

while(<
IN>)
{
   
$sender->SendEx($_);
}
close IN;
$sender->Close();

print 
$Mail::Sender::Error eq "" "send ok!/n" $Mail::Sender::Error

发送带有图片或其他信息的html邮件,请看`perldoc Mail::Sender`
中的“Sending HTML messages with inline images”及相关部分。

devel 04-01-08 21:00

40 Image::Magick
提供者:
http://www.imagemagick.org/www/perl.html

代码:

#!/usr/local/bin/perl
    use Image::Magick;

    my($image, $x);

    $image = Image::Magick->new;
    $x = $image->Read('girl.png', 'logo.png', 'rose.png');
    warn "$x" if "$x";

    $x = $image->Crop(geometry=>'100x100"+100"+100');
    warn "$x" if "$x";

    $x = $image->Write('x.png');
    warn "$x" if "$x";





The script reads three images, crops them, and writes a single image as a GIF animation sequence. In many cases you may want to access individual images of a sequence. The next example illustrates how this is done:
代码:

    #!/usr/local/bin/perl
    use Image::Magick;

    my($image, $p, $q);

    $image = new Image::Magick;
    $image->Read('x1.png');
    $image->Read('j*.jpg');
    $image->Read('k.miff[1, 5, 3]');
    $image->Contrast();
    for ($x = 0; $image->[x]; $x++)
    {
      $image->[x]->Frame('100x200') if $image->[x]->Get('magick') eq 'GIF';
      undef $image->[x] if $image->[x]->Get('columns') < 100;
    }
    $p = $image->[1];
    $p->Draw(stroke=>'red', primitive=>'rectangle', points=>20,20 100,100');
    $q = $p->Montage();
    undef $image;
    $q->Write('x.miff');

Suppose you want to start out with a 100 by 100 pixel white canvas with a red pixel in the center. Try

    $image = Image::Magick->new;
    $image->Set(size=>'100x100');
    $image->ReadImage('xc:white');
    $image->Set('pixel[49,49]'=>'red');

Or suppose you want to convert your color image to grayscale:

    $image->Quantize(colorspace=>'gray');

Here we annotate an image with a Taipai TrueType font:

    $text = 'Works like magick!';
    $image->Annotate(font=>'kai.ttf', pointsize=>40, fill=>'green', text=>$text);

Other clever things you can do with a PerlMagick objects include

    $i = $#$p"+1";  # return the number of images associated with object p
    push(@$q, @$p);  # push the images from object p onto object q
    @$p = ();        # delete the images but not the object p
    $p->Convolve([1, 2, 1, 2, 4, 2, 1, 2, 1]);  # 3x3 Gaussian kernel


devel 04-04-08 18:15

41.Data::SearchReplace

代码:

        use Data::SearchReplace ('sr');
        sr({ SEARCH => 'searching', REPLACE => 'replacing'}, /$complex_var);
                                                                                               
        # or OO
                                                                                               
        use Data::SearchReplace;
        $sr = Data::SearchReplace->new({ SEARCH => 'search for this',
                                          REPLACE => 'replace with this' });
                                                                                               
        $sr->sr(/$complex_var);
        $sr->sr(/$new_complex_var);
                                                                                               
        # if you want more control over your search/replace pattern you
        #  can pass an entire regex instead complete with attributes
                                                                                               
        sr({ REGEX => 's/nice/great/gi' }, /$complex_var);
                                                                                               
        # you can even use a subroutine if you'd like
        #  the input variable is the value and the return sets the new
        #  value.
                                                                                               
        sr({ CODE => sub { uc($_[0]) } }, /$complex_var);



代码:

        use Data::SearchReplace qw(sr);
        sr({SEARCH => 'find', REPLACE => 'replace'}, /@data);
        sr({REGEX  => 's/find/replace/g'}, /%data);
        sr({CODE  => sub {uc($_[0])} }, /@data);

Python random模块(获取随机数)常用方法和使用例子

转自:http://www.jb51.net/article/50066.htm 随机浮点数 random.random random.random()用于生成一个0到1的随机浮点数: ...

perl常用模块

  • 2012年02月05日 15:08
  • 194KB
  • 下载

perl使用Getopt::Long模块,处理命令行参数

perl脚本的命令行参数处理办法 代码解释 脚本使用 参考文档perl脚本的命令行参数处理办法perl自带Getopt::Long模块,就是一个函数库。 还有一个Getopt::Std模块,不过有了...

在 Perl 中使用 Getopt::Long 模块来接收用户命令行参数 z

转载本站文章请注明,转载自:扶凯[http://www.php-oa.com] 本文链接: http://www.php-oa.com/2009/04/04/perl_getopt-long...
  • skly01
  • skly01
  • 2011年09月23日 20:26
  • 2113

Linux下使用CPAN进行Perl模块的安装

当我们想使用某些Perl模块的时候,很可能会遇到当前系统不存在这个模块的情况,这时我们可以通过使用CPAN来对相应的模块进行获取,下面就介绍一下CPAN的使用方法。 首先,我们可以用perl -e ...

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  • cnki_ok
  • cnki_ok
  • 2011年03月29日 17:14
  • 1170

使用CPAN安装Perl模块

使用CPAN安装Perl模块 2009-11-26 22:42 5911人阅读 评论(1) 收藏 举报 perlinstallerinternetmicrosoftgraphvi...

在 Perl 中使用 Getopt::Long 模块来接收用户命令行参数

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