HDFS NameNode内存全景

转载 2016年08月29日 21:36:29

一、概述

从整个HDFS系统架构上看,NameNode是其中最重要、最复杂也是最容易出现问题的地方,而且一旦NameNode出现故障,整个Hadoop集群就将处于不可服务的状态,同时随着数据规模和集群规模地持续增长,很多小量级时被隐藏的问题逐渐暴露出来。所以,从更高层次掌握NameNode的内部结构和运行机制尤其重要。除特别说明外,本文基于社区版本Hadoop-2.4.1[1][2],虽然2.4.1之后已经有多次版本迭代,但是基本原理相同。

NameNode管理着整个HDFS文件系统的元数据。从架构设计上看,元数据大致分成两个层次:Namespace管理层,负责管理文件系统中的树状目录结构以及文件与数据块的映射关系;块管理层,负责管理文件系统中文件的物理块与实际存储位置的映射关系BlocksMap,如图1所示[1]。Namespace管理的元数据除内存常驻外,也会周期Flush到持久化设备上FsImage文件;BlocksMap元数据只在内存中存在;当NameNode发生重启,首先从持久化设备中读取FsImage构建Namespace,之后根据DataNode的汇报信息重新构造BlocksMap。这两部分数据结构是占据了NameNode大部分JVM Heap空间。


HDFS结构图


除了对文件系统本身元数据的管理之外,NameNode还需要维护整个集群的机架及DataNode的信息、Lease管理以及集中式缓存引入的缓存管理等等。这几部分数据结构空间占用相对固定,且占用较小。

测试数据显示,Namespace目录和文件总量到2亿,数据块总量到3亿后,常驻内存使用量超过90GB。

二、内存全景

如前述,NameNode整个内存结构大致可以分成四大部分:Namespace、BlocksMap、NetworkTopology及其它,图2为各数据结构内存逻辑分布图示。


namenode内存全景图


Namespace:维护整个文件系统的目录树结构及目录树上的状态变化;
BlockManager:维护整个文件系统中与数据块相关的信息及数据块的状态变化;
NetworkTopology:维护机架拓扑及DataNode信息,机架感知的基础;
其它:
LeaseManager:读写的互斥同步就是靠Lease实现,支持HDFS的Write-Once-Read-Many的核心数据结构;
CacheManager:Hadoop 2.3.0引入的集中式缓存新特性,支持集中式缓存的管理,实现memory-locality提升读性能;
SnapshotManager:Hadoop 2.1.0引入的Snapshot新特性,用于数据备份、回滚,以防止因用户误操作导致集群出现数据问题;
DelegationTokenSecretManager:管理HDFS的安全访问;
另外还有临时数据信息、统计信息metrics等等。

NameNode常驻内存主要被Namespace和BlockManager使用,二者使用占比分别接近50%。其它部分内存开销较小且相对固定,与Namespace和BlockManager相比基本可以忽略。

三、内存分析

3.1 Namespace

与单机文件系统相似,HDFS对文件系统的目录结构也是按照树状结构维护,Namespace保存了目录树及每个目录/文件节点的属性。除在内存常驻外,这部分数据会定期flush到持久化设备上,生成一个新的FsImage文件,方便NameNode发生重启时,从FsImage及时恢复整个Namespace。图3所示为Namespace内存结构。前述集群中目录和文件总量即整个Namespace目录树中包含的节点总数,可见Namespace本身其实是一棵非常巨大的树。


Namespace内存结构


在整个Namespace目录树中存在两种不同类型的INode数据结构:INodeDirectory和INodeFile。其中INodeDirectory标识的是目录树中的目录,INodeFile标识的是目录树中的文件。由于二者均继承自INode,所以具备大部分相同的公共信息INodeWithAdditionalFields,除常用基础属性外,其中还提供了扩展属性features,如Quota、Snapshot等均通过Feature增加,如果以后出现新属性也可通过Feature方便扩展。不同的是,INodeFile特有的标识副本数和数据块大小组合的header(2.6.1之后又新增了标识存储策略ID的信息)及该文件包含的有序Blocks数组;INodeDirectory则特有子节点的列表children。这里需要特别说明children是默认大小为5的ArrayList,按照子节点name有序存储,虽然在插入时会损失一部分写性能,但是可以方便后续快速二分查找提高读性能,对一般存储系统,读操作比写操作占比要高。具体的继承关系见图4所示。


INode继承关系


3.2 BlockManager

BlocksMap在NameNode内存空间占据很大比例,由BlockManager统一管理,相比Namespace,BlockManager管理的这部分数据要复杂的多。Namespace与BlockManager之间通过前面提到的INodeFile有序Blocks数组关联到一起。图5所示BlockManager管理的内存结构。


BlockManager管理的内存结构


每一个INodeFile都会包含数量不等的Block,具体数量由文件大小及每一个Block大小(默认为64M)比值决定,这些Block按照所在文件的先后顺序组成BlockInfo数组,如图5所示的BlockInfo[A~K],BlockInfo维护的是Block的元数据,结构如图6所示,数据本身是由DataNode管理,所以BlockInfo需要包含实际数据到底由哪些DataNode管理的信息,这里的核心是名为triplets的Object数组,大小为3*replicas,其中replicas是Block副本数量。triplets包含的信息:

  • triplets[i]:Block所在的DataNode;
  • triplets[i+1]:该DataNode上前一个Block;
  • triplets[i+2]:该DataNode上后一个Block;

其中i表示的是Block的第i个副本,i取值[0,replicas)。


BlockInfo继承关系


从前面描述可以看到BlockInfo几块重要信息:文件包含了哪些Block,这些Block分别被实际存储在哪些DataNode上,DataNode上所有Block前后链表关系。

如果从信息完整度来看,以上数据足够支持所有关于HDFS文件系统的正常操作,但还存在一个使用场景较多的问题:不能通过blockid快速定位Block,所以引入了BlocksMap。

BlocksMap底层通过LightWeightGSet实现,本质是一个链式解决冲突的哈希表。为了避免rehash过程带来的性能开销,初始化时,索引空间直接给到了整个JVM可用内存的2%,并且不再变化。集群启动过程,DataNode会进行BR(BlockReport),根据BR的每一个Block计算其HashCode,之后将对应的BlockInfo插入到相应位置逐渐构建起来巨大的BlocksMap。前面在INodeFile里也提到的BlockInfo集合,如果我们将BlocksMap里的BlockInfo与所有INodeFile里的BlockInfo分别收集起来,可以发现两个集合完全相同,事实上BlocksMap里所有的BlockInfo就是INodeFile中对应BlockInfo的引用;通过Block查找对应BlockInfo时,也是先对Block计算HashCode,根据结果快速定位到对应的BlockInfo信息。至此涉及到HDFS文件系统本身元数据的问题基本上已经解决了。

前面提到部分都属于静态数据部分,NameNode内存中所有数据都要随读写情况发生变化,BlockManager当然也需要管理这部分动态数据。主要是当Block发生变化不符合预期时需要及时调整Blocks的分布。这里涉及几个核心的数据结构:

excessReplicateMap:若某个Block实际存储的副本数多于预设副本数,这时候需要删除多余副本,这里多余副本会被置于excessReplicateMap中。excessReplicateMap是从DataNode的StorageID到Block集合的映射集。
neededReplications:若某个Block实际存储的副本数少于预设副本数,这时候需要补充缺少副本,这里哪些Block缺少多少个副本都统一存在neededReplications里,本质上neededReplications是一个优先级队列,缺少副本数越多的Block之后越会被优先处理。
invalidateBlocks:若某个Block即将被删除,会被置于invalidateBlocks中。invalidateBlocks是从DataNode的StorageID到Block集合的映射集。如某个文件被客户端执行了删除操作,该文件所属的所有Block会先被置于invalidateBlocks中。
corruptReplicas:有些场景Block由于时间戳/长度不匹配等等造成Block不可用,会被暂存在corruptReplicas中,之后再做处理。

前面几个涉及到Block分布情况动态变化的核心数据结构,这里的数据实际上是过渡性质的,BlockManager内部的ReplicationMonitor线程(图5标识Thread/Monitor)会持续从其中取出数据并通过逻辑处理后分发给具体的DatanodeDescriptor对应数据结构(3.3 NetworkTopology里会有简单介绍),当对应DataNode的心跳过来之后,NameNode会遍历DatanodeDescriptor里暂存的数据,将其转换成对应指令返回给DataNode,DataNode收到任务并执行完成后再反馈回NameNode,之后DatanodeDescriptor里对应信息被清除。如BlockB预设副本数为3,由于某种原因实际副本变成4(如之前下线的DataNode D重新上线,其中B正好有BlockB的一个副本数据),BlockManager能及时发现副本变化,并将多余的DataNode D上BlockB副本放置到excessReplicateMap中,ReplicationMonitor线程定期检查时发现excessReplicateMap中数据后将其移到DataNode D对应DatanodeDescriptor中invalidateBlocks里,当DataNode D下次心跳过来后,随心跳返回删除Block B的指令,DataNode D收到指令实际删除其上的Block B数据并反馈回NameNode,此后BlockManager将DataNode D上的Block B从内存中清除,至此Block B的副本符合预期,整个流程如图7所示。


副本数异常时处理过程


3.3 NetworkTopology

前面多次提到Block与DataNode之间的关联关系,事实上NameNode确实还需要管理所有DataNode,不仅如此,由于数据写入前需要确定数据块写入位置,NameNode还维护着整个机架拓扑NetworkTopology。图8所示内存中机架拓扑图。


NetworkTopology内存结构


从图8可以看出这里包含两个部分:机架拓扑结构NetworkTopology和DataNode节点信息。其中树状的机架拓扑是根据机架感知(一般都是外部脚本计算得到)在集群启动完成后建立起来,整个机架的拓扑结构在NameNode的生命周期内一般不会发生变化;另一部分是比较关键的DataNode信息,BlockManager已经提到每一个DataNode上的Blocks集合都会形成一个双向链表,更准确的应该是DataNode的每一个存储单元DatanodeStorageInfo上的所有Blocks集合会形成一个双向链表,这个链表的入口就是机架拓扑结构叶子节点即DataNode管理的DatanodeStorageInfo。此外由于上层应用对数据的增删查随时发生变化,随之DatanodeStorageInfo上的Blocks也会动态变化,所以NetworkTopology上的DataNode对象还会管理这些动态变化的数据结构,如replicateBlocks/recoverBlocks/invalidateBlocks,这些数据结构正好和BlockManager管理的动态数据结构对应,实现了数据的动态变化由BlockManager传达到DataNode内存对象最后通过指令下达到物理DataNode实际执行的流动过程,流程在3.2 BlockManager已经介绍。

这里存在一个问题,为什么DatanodeStorageInfo下所有Block之间会以双向链表组织,而不是其它数据结构?如果结合实际场景就不难发现,对每一个DatanodeStorageInfo下Block的操作集中在快速增加/删除(Block动态增减变化)及顺序遍历(BlockReport期间),所以双向链表是非常合适的数据结构。

3.4 LeaseManager

Lease 机制是重要的分布式协议,广泛应用于各种实际的分布式系统中。HDFS支持Write-Once-Read-Many,对文件写操作的互斥同步靠Lease实现。Lease实际上是时间约束锁,其主要特点是排他性。客户端写文件时需要先申请一个Lease,一旦有客户端持有了某个文件的Lease,其它客户端就不可能再申请到该文件的Lease,这就保证了同一时刻对一个文件的写操作只能发生在一个客户端。NameNode的LeaseManager是Lease机制的核心,维护了文件与Lease、客户端与Lease的对应关系,这类信息会随写数据的变化实时发生对应改变。


LeaseManager的内存数据结构


图9所示为LeaseManager内存结构,包括以下三个主要核心数据结构:

sortedLeases:Lease集合,按照时间先后有序组织,便于检查Lease是否超时;
leases:客户端到Lease的映射关系;
sortedLeasesByPath:文件路径到Lease的映射关系;

其中每一个写数据的客户端会对应一个Lease,每个Lease里包含至少一个标识文件路径的Path。Lease本身已经维护了其持有者(客户端)及该Lease正在操作的文件路径集合,之所以增加了leases和sortedLeasesByPath为提高通过Lease持有者或文件路径快速索引到Lease的性能。

由于Lease本身的时间约束特性,当Lease发生超时后需要强制回收,内存中与该Lease相关的内容要被及时清除。超时检查及超时后的处理逻辑由LeaseManager.Monitor统一执行。LeaseManager中维护了两个与Lease相关的超时时间:软超时(softLimit)和硬超时(hardLimit),使用场景稍有不同。

正常情况下,客户端向集群写文件前需要向NameNode的LeaseManager申请Lease;写文件过程中定期更新Lease时间,以防Lease过期,周期与softLimit相关;写完数据后申请释放Lease。整个过程可能发生两类问题:(1)写文件过程中客户端没有及时更新Lease时间;(2)写完文件后没有成功释放Lease。两个问题分别对应为softLimit和hardLimit。两种场景都会触发LeaseManager对Lease超时强制回收。如果客户端写文件过程中没有及时更新Lease超过softLimit时间后,另一客户端尝试对同一文件进行写操作时触发Lease软超时强制回收;如果客户端写文件完成但是没有成功释放Lease,则会由LeaseManager的后台线程LeaseManager.Monitor检查是否硬超时后统一触发超时回收。不管是softLimit还是hardLimit超时触发的强制Lease回收,处理逻辑都一样:FSNamesystem.internalReleaseLease,逻辑本身比较复杂,这里不再展开,简单的说先对Lease过期前最后一次写入的Block进行检查和修复,之后释放超时持有的Lease,保证后面其它客户端的写入能够正常申请到该文件的Lease。

NameNode内存数据结构非常丰富,这里对几个重要的数据结构进行了简单的描述,除了前面罗列之外,其实还有如SnapShotManager/CacheManager等,由于其内存占用有限且有一些特性还尚未稳定,这里不再展开。

四、问题

随着集群中数据规模的不断积累,NameNode内存占用随之成比例增长。不可避免的NameNode内存将逐渐成为集群发展的瓶颈,并开始暴漏诸多问题。

1、启动时间变长。NameNode的启动过程可以分成FsImage数据加载、editlogs回放、Checkpoint、DataNode的BlockReport几个阶段。数据规模较小时,启动时间可以控制在~10min以内,当元数据规模达到5亿(Namespace中INode数超过2亿,Block数接近3亿),FsImage文件大小将接近到20GB,加载FsImage数据就需要~14min,Checkpoint需要~6min,再加上其它阶段整个重启过程将持续~50min,极端情况甚至超过60min,虽然经过多轮优化重启过程已经能够稳定在~30min,但也非常耗时。如果数据规模继续增加,启动过程将同步增加。

2、性能开始下降。HDFS文件系统的所有元数据相关操作基本上均在NameNode端完成,当数据规模的增加致内存占用变大后,元数据的增删改查性能会出现下降,且这种下降趋势会因规模效应及复杂的处理逻辑被放大,相对复杂的RPC请求(如addblock)性能下降更加明显。

3、NameNode JVM FGC(Full GC)风险较高。主要体现在两个方面:(1)FGC频率增加;(2)FGC时间增加且风险不可控。针对NameNode的应用场景,目前看CMS内存回收算法比较主流,正常情况下,对超过100GB内存进行回收处理时,可以控制到秒级别的停顿时间,但是如果回收失败被降级到串行内存回收时,应用的停顿时间将达到数百秒,这对应用本身是致命的。

4、超大JVM Heap Size调试问题。如果线上集群性能表现变差,不得不通过分析内存才能得到结论时,会成为一件异常困难的事情。且不说Dump本身极其费时费力,Dump超大内存时存在极大概率使NameNode不可服务。

针对NameNode内存增长带来的诸多问题,社区和业界都在持续关注并尝试不同的解决方案。整体上两个思路:(1)扩展NameNode分散单点负载;(2)引入外部系统支持NameNode内存数据。

从2010年开始社区就投入大量精力持续解决,Federation方案[3]通过对NameNode进行水平扩展分散单点负载的方式解决NameNode的问题,经过几年的发展该方案逐渐稳定,目前已经被业界广泛使用。除此之外,社区也在尝试将Namespace存储值外部的KV存储系统如LevelDB[4],从而降低NameNode内存负载。

除社区外,业界也在尝试自己的解决方案。Baidu HDFS2[5]将元数据管理通过主从架构的集群形式提供服务,本质上是将原生NameNode管理的Namespace和BlockManagement进行物理拆分。其中Namespace负责管理整个文件系统的目录树及文件到BlockID集合的映射关系,BlockID到DataNode的映射关系是按照一定的规则分到多个服务节点分布式管理,这种方案与Lustre有相似之处(Hash-based Partition)。Taobao HDFS2[6]尝试过采用另外的思路,借助高速存储设备,将元数据通过外存设备进行持久化存储,保持NameNode完全无状态,实现NameNode无限扩展的可能。其它类似的诸多方案不一而足。

尽管社区和业界均对NameNode内存瓶颈有成熟的解决方案,但是不一定适用所有的场景,尤其是中小规模集群。结合实践过程和集群规模发展期可能遇到的NameNode内存相关问题这里有几点建议:

  1. 合并小文件。正如前面提到,目录/文件和Block均会占用NameNode内存空间,大量小文件会降低内存使用效率;另外,小文件的读写性能远远低于大文件的读写,主要原因对小文件读写需要在多个数据源切换,严重影响性能。

  2. 调整合适的BlockSize。主要针对集群内文件较大的业务场景,可以通过调整默认的Block Size大小(参数:dfs.blocksize,默认128M),降低NameNode的内存增长趋势。

  3. HDFS Federation方案。当集群和数据均达到一定规模时,仅通过垂直扩展NameNode已不能很好的支持业务发展,可以考虑HDFS Federation方案实现对NameNode的水平扩展,在解决NameNode的内存问题的同时通过Federation可以达到良好的隔离性,不会因为单一应用压垮整集群。

五、总结

NameNode在整个HDFS系统架构中占据举足轻重的位置,内部数据和处理逻辑相对复杂,本文简单梳理了NameNode的内存全景及对其中几个关键数据结构,从NameNode内存核心数据视角对NameNode进行了简单的解读,并结合实际场景介绍了随着数据规模的增加,NameNode内存可能遇到的问题及业界各种可借鉴的解决方案。在后续的《HDFS NameNode内存详解》中,我们会详细解读NameNode的几个关键数据结构,分析各数据结构在JVM Heap使用占比情况。

六、参考

[1] Apache Hadoop, 2016, https://hadoop.apache.org/.
[2] Apache Hadoop Source Code, 2014, https://github.com/apache/hadoop/tree/branch-2.4.1/.
[3] HDFS Federation, 2011, https://issues.apache.org/jira/browse/HDFS-1052.
[4] NemeNode Scalability, 2013, https://issues.apache.org/jira/browse/HDFS-5389.
[5] Baidu HDFS2, 2013, http://static.zhizuzhefu.com/wordpress_cp/uploads/2013/04/a9.pdf.
[6] Taobao HDFS2, 2012, https://github.com/taobao/ADFS.

原文链接:http://tech.meituan.com/namenode.html

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