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【基因表达数据处理】从RAW测序数据,到FPKM的过程

FPKM, Fragments Kilobase of exon model per millon mapped reads, which can be used to indicate the expression (abundance) characteristics of genes. Now I will describe operation about obtaining inter...
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【已解决】R语言添加行、列,转置操作

严格来说,矩阵的长度和维度是固定的,因此不能增加或删除行或列。但是可以给矩阵重新赋值,这样可以得到和增加或删除一样的效果。       函数rbind()(代表row bind,按行组合)和函数cbind()(代表column bind,按列组合)可以给矩阵增加行或列。 > one  > z  > cbind( one, z )      one       ...
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关于RNA-seq数据集的小结

关于数据集的小节: 1、reads:测序得到的小片段(类似:ATCCTA..GCTA) 2、counts:与已知序列(基因)比对上的reads个数(为整数,可能是个位数也可能是几千,与基因表达情况和测序深度有关) 3、由于不同基因的reads长度不同,从统计角度上看,需要采用FPKM或RPKM来排除随机抽样带来的偏倚。并且,不同的测序深度,直接影响counts的个数。 4、通常,如果数据集...
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张小龙“微信小程序之道”

28号,张小龙在微信公开课上介绍了微信小程序发布的时间,也介绍了微信小程序的7大能力,张小龙针对大家关心的事情,比如是小程序的入口、分享、关注、粉丝、游戏开发都做了解答。张小龙花了很多的时间介绍微信小程序从PC时代的单机小游戏到现在的移动互联网的整个过程。从整个公开课1个半小时的时间来看,真正可以解读出张小龙的微信小程序的机会和作用的恰恰就是这个PC到移动互联网和未来小程序的整个过程。从这个过程中...
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【通俗解释】P_value 假设检验

故事一:教室里四位同学将装了若干数量的白球和黑球的箱子放在了课桌上,然后他们叫来了他们的小伙伴小花同学。他们对小花说:“小花,我们来玩个猜猜猜的游戏吧,你在这个箱子里摸5次球,每次摸完都要放回去再摸下一次,然后你猜里面的白球和黑球是不是一样多。”,小花就愉快地同意了。小花按照要求摸了三次球,每一次都是白球,这时她的心里已经有点怀疑白球和黑球是不是各一半了,她又继续摸,又摸了两次,还都是白球,这时她...
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【已解决】Linux redhat 6.4上安装VNC Server

参考文章:http://www.cnblogs.com/woyuchengying/p/4727241.html 特别指出:“可以复制22端口一行,黏贴修改即可,重新启动防火墙服务”,是指参考iptables 中有端口22的那行代码来写。...
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【已解决】linux redhat 6 如何打开防火墙中的某个端口?例如:5900端口

vim /etc/sysconfig/iptables 打开此文件添加一下命令,之前要确认,没有把所有的端口都关闭了,iptables加载命令是有顺序的,先加载前面的命令,所以以下命令一定要在全部禁止的命令前面-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 5900 -j ACCEPT然后推出执行:service iptabl...
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【通俗解释】余弦相似度

相似度度量(Similarity),即计算个体间的相似程度,相似度度量的值越小,说明个体间相似度越小,相似度的值越大说明个体差异越大。 对于多个不同的文本或者短文本对话消息要来计算他们之间的相似度如何,一个好的做法就是将这些文本中词语,映射到向量空间,形成文本中文字和向量数据的映射关系,通过计算几个或者多个不同的向量的差异的大小,来计算文本的相似度。下面介绍一个详细成熟的向量空间余弦相似度方...
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【已解决】R read.table()报错:incomplete final line found by readTableHeader

s2 <- read.table("E:/TEMP/da1.txt") Warning message: In read.table("E:/TEMP/da1.txt") : incomplete final line found by readTableHeader 主要原因是最后一行没有换行(at the end of line press enter),意思就是换行到下一行的开头即可...
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SPI四种工作模式时序图

1.SPI总线简介   SPI(serial peripheral interface,串行外围设备接口)总线技术是Motorola公司推出的一种同步串行接口。它用于CPU与各种外围器件进行全双工、同步串行通讯。它只需四条线就可以完成MCU与各种外围器件的通讯,这四条线是:串行时钟线(CSK)、主机输入/从机输出数据线(MISO)、主机输出/从机输入数据线(MOSI)、低电平有效从机选择线C...
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EEPROM和flash的区别

之前对各种存储器一直不太清楚,今天总结一下。   存储器分为两大类:ram和rom。   ram就不讲了,今天主要讨论rom。   rom最初不能编程,出厂什么内容就永远什么内容,不灵活。后来出现了prom,可以自己写入一次,要是写错了,只能换一片,自认倒霉。人类文明不断进步,终于出现了可多次擦除写入的EPROM,每次擦除要把芯片拿到紫外线上照一下,想一下你往单...
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【通俗易懂】层次聚类算法的原理及实现

层次聚类(Hierarchical Clustering)是聚类算法的一种,通过计算不同类别数据点间的相似度来创建一棵有层次的嵌套聚类树。在聚类树中,不同类别的原始数据点是树的最低层,树的顶层是一个聚类的根节点。创建聚类树有自下而上合并和自上而下分裂两种方法,本篇文章介绍合并方法。 层次聚类的合并算法 层次聚类的合并算法通过计算两类数据点间的相似性,对所有数据点中最为相似的两个...
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HC-05蓝牙无线模块设置

USB转串口的有线转接方式,实在太难看了,尤其是寻接头,那是相当的不方便。其它电器厂商都想把是接头做小,做精致,唯独串口接头还是那么庞大,感觉应该换一换了,都已经完全不符合这个时代的审美观了。 于是,某宝上买了两套HC-05蓝牙无线模块,HC-05是主从一体的蓝牙模块,所以比只能当从机的HC-6要贵一点。下面讲述HC-05配置过程。 1、引脚说明 1. RXD: 接收端 2....
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【已解决】qlv格式转mp4(腾讯视频)

今天老婆单位上电视台了,领导让她们技术科把网络上的视频下载下来。咋办? (1)一开始,想着从浏览器缓存找,弄了一通,IE、火狐、谷歌浏览器、360浏览器都不行,清理缓存后从新播放还是不行。无奈,我猜可能是这个网站设置无缓存吧。 http://v.yltvb.com/shipin/yulinxinwen/2017-05-15/17374.html (2)后来,接着想办法,这个网站没缓存,去别的...
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【解决方案】Wannacry勒索病毒补丁,下载及修复

Windows勒索病毒'Wannacry'修复补丁下载,救命必看! 2017年5月15日 玉林 早晨 大雨  1、如果系统为WINDOWS 7或者WINDOWS 2008系统可下载补丁直接安装:  下载地址如下: win7/2008r2(32):http://dlied6.qq.com/invc/QQPatch/windows6.1-kb4012212-x86.msu win7/...
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WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq之间的异同

全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥?转录组(RNA-seq)测序是啥?ChIP-seq又是啥?它们之间有什么差别么?傻傻分不清,不用怕,多学习下就会了,下面让我们一起来从平均测序深度和区域覆盖度的角度来区分它们吧! 1 基础概念 平均测序深度: 指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值,如果是全基因组,就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。...
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【比较面】真核生物和原核生物的异同

相同点:1、均为细胞结构的生物.有细胞膜和细胞质和核糖体.2、均能以自身特定的方式繁殖后代.3、它们的遗传物质都是核酸.(除“朊病毒”只含有蛋白质)4、在繁殖过程当中均能体现遗传和变异现象.不同点:主要区别:1.原核细胞:细胞质中缺少结构复杂的细胞器(只有核糖体这中细胞器)真核细胞:细胞质中含有结构复杂的细胞器(如线粒体、叶绿体、高尔基体、内质网、核糖体、中心体、溶酶体、液泡等).2.原核生物:结...
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CSS中,float浮动的理解

浮动什么意思呢,比如,默认的,我们知道,div是占满一行的,现在我们想把两个div显示在一行上,那怎么办呢 111112222 这样我们就设置了两个div,一个宽度100px,一个宽150px,可预览一下,我们的div仍在两行上,那么怎么把它改到一行上呢,这儿就需要float,设置第一个div的float为left 111112222 再预览,就可以看到,它们到一行上了。 clear是什...
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【已解决】Dreamweaver修改快捷键

Dreamweaver中代码提示的快捷键是Ctrl+Space,跟Eclipse中原先的默认的快捷键一致,大部分老外的软件都如此,不过最新的eclipse3.6好像改过来了,默认是Alt+/。托输入法Ctrl+Space切换键的福,好多软件的代码提示快捷键需要更改。Dreamweaver中,在“编辑-->快捷键”中,修改“编辑->显示代码提示”的快捷键,第一次修改是会提示“默认设置不可更改”,这时...
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【已解决】windows Update更新失败(亲测可用)

方法/步骤 从新开机进入安全模式。 window7 开机按f8  华硕主板等待屏幕亮了几秒钟再按。否则进入了bios window8   开机按shift +f8  或者,进不了系统时候,点击更新与恢复。 选择疑难解答。 选择高级选项。 选择启动设置。 点重启。 系统重启后就进入安全模式选项,选择你需要的即可...
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