几种clean data的软件用法

#几种clean data的软件用法：
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一、read quality control and preprocessing----FastQC、PRINSEQ
1、FastQC（输入文件可以是fastq(压缩和未压缩均可)，sam、bam文件。）
fastqc *.fq

2、PRINSEQ(耗时！)
#In order to create an html report, you need two commands.
#step 1、生成一个临时的graph文件：
prinseq-lite.pl -fastq Xoo-wild_1.fq -phred64 -out_good null -out_bad null -graph_data graph
#step 2、生成图形
prinseq-graphs.pl -i graph -html_all -o QCreport

二、过滤软件---PRINSEQ、trimmomatic、Fastx-tools、Cutadapt
1、PRINSEQ（可处理PE）
#过滤掉PE中平均质量低于20的reads命令：
prinseq-lite.pl -f