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spark的shuffle过程优化那点事

标签: sparkshuffle
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Background

在MapReduce框架中,shuffle是连接Map和Reduce之间的桥梁,Map的输出要用到Reduce中必须经过shuffle这个环节,shuffle的性能高低直接影响了整个程序的性能和吞吐量。Spark作为MapReduce框架的一种实现,自然也实现了shuffle的逻辑,本文就深入研究Spark的shuffle是如何实现的,有什么优缺点,与Hadoop MapReduce的shuffle有什么不同。

Shuffle

Shuffle是MapReduce框架中的一个特定的phase,介于Map phase和Reduce phase之间,当Map的输出结果要被Reduce使用时,输出结果需要按key哈希,并且分发到每一个Reducer上去,这个过程就是shuffle。由于shuffle涉及到了磁盘的读写和网络的传输,因此shuffle性能的高低直接影响到了整个程序的运行效率。

下面这幅图清晰地描述了MapReduce算法的整个流程,其中shuffle phase是介于Map phase和Reduce phase之间。

mapreduce running process

概念上shuffle就是一个沟通数据连接的桥梁,那么实际上shuffle这一部分是如何实现的的呢,下面我们就以Spark为例讲一下shuffle在Spark中的实现。

Spark Shuffle进化史

先以图为例简单描述一下Spark中shuffle的整一个流程:

spark shuffle process

  • 首先每一个Mapper会根据Reducer的数量创建出相应的bucket,bucket的数量是M×R,其中M是Map的个数,R是Reduce的个数。
  • 其次Mapper产生的结果会根据设置的partition算法填充到每个bucket中去。这里的partition算法是可以自定义的,当然默认的算法是根据key哈希到不同的bucket中去。
  • 当Reducer启动时,它会根据自己task的id和所依赖的Mapper的id从远端或是本地的block manager中取得相应的bucket作为Reducer的输入进行处理。

这里的bucket是一个抽象概念,在实现中每个bucket可以对应一个文件,可以对应文件的一部分或是其他等。

接下来我们分别从shuffle writeshuffle fetch这两块来讲述一下Spark的shuffle进化史。

Shuffle Write

在Spark 0.6和0.7的版本中,对于shuffle数据的存储是以文件的方式存储在block manager中,与rdd.persist(StorageLevel.DISk_ONLY)采取相同的策略,可以参看:

override def run(attemptId: Long): MapStatus = {
  val numOutputSplits = dep.partitioner.numPartitions
   
  ...
    // Partition the map output.
    val buckets = Array.fill(numOutputSplits)(new ArrayBuffer[(Any, Any)])
    for (elem <- rdd.iterator(split, taskContext)) {
      val pair = elem.asInstanceOf[(Any, Any)]
      val bucketId = dep.partitioner.getPartition(pair._1)
      buckets(bucketId) += pair
    }
    ...
    val blockManager = SparkEnv.get.blockManager
    for (i <- 0 until numOutputSplits) {
      val blockId = "shuffle_" + dep.shuffleId + "_" + partition + "_" + i
      // Get a Scala iterator from Java map
      val iter: Iterator[(Any, Any)] = buckets(i).iterator
      val size = blockManager.put(blockId, iter, StorageLevel.DISK_ONLY, false)
      totalBytes += size
    }
  ...
}

我已经将一些干扰代码删去。可以看到Spark在每一个Mapper中为每个Reducer创建一个bucket,并将RDD计算结果放进bucket中。需要注意的是每个bucket是一个ArrayBuffer,也就是说Map的输出结果是会先存储在内存。

接着Spark会将ArrayBuffer中的Map输出结果写入block manager所管理的磁盘中,这里文件的命名方式为:shuffle_ + shuffle_id + "_" + map partition id + "_" + shuffle partition id

早期的shuffle write有两个比较大的问题:

  1. Map的输出必须先全部存储到内存中,然后写入磁盘。这对内存是一个非常大的开销,当内存不足以存储所有的Map output时就会出现OOM。
  2. 每一个Mapper都会产生Reducer number个shuffle文件,如果Mapper个数是1k,Reducer个数也是1k,那么就会产生1M个shuffle文件,这对于文件系统是一个非常大的负担。同时在shuffle数据量不大而shuffle文件又非常多的情况下,随机写也会严重降低IO的性能。

在Spark 0.8版本中,shuffle write采用了与RDD block write不同的方式,同时也为shuffle write单独创建了ShuffleBlockManager,部分解决了0.6和0.7版本中遇到的问题。

首先我们来看一下Spark 0.8的具体实现:

override def run(attemptId: Long): MapStatus = {
  ...
  val blockManager = SparkEnv.get.blockManager
  var shuffle: ShuffleBlocks = null
  var buckets: ShuffleWriterGroup = null
  try {
    // Obtain all the block writers for shuffle blocks.
    val ser = SparkEnv.get.serializerManager.get(dep.serializerClass)
    shuffle = blockManager.shuffleBlockManager.forShuffle(dep.shuffleId, numOutputSplits, ser)
    buckets = shuffle.acquireWriters(partition)
    // Write the map output to its associated buckets.
    for (elem <- rdd.iterator(split, taskContext)) {
      val pair = elem.asInstanceOf[Product2[Any, Any]]
      val bucketId = dep.partitioner.getPartition(pair._1)
      buckets.writers(bucketId).write(pair)
    }
    // Commit the writes. Get the size of each bucket block (total block size).
    var totalBytes = 0L
    val compressedSizes: Array[Byte] = buckets.writers.map { writer:   BlockObjectWriter =>
      writer.commit()
      writer.close()
      val size = writer.size()
      totalBytes += size
      MapOutputTracker.compressSize(size)
    }
    ...
  } catch { case e: Exception =>
    // If there is an exception from running the task, revert the partial writes
    // and throw the exception upstream to Spark.
    if (buckets != null) {
      buckets.writers.foreach(_.revertPartialWrites())
    }
    throw e
  } finally {
    // Release the writers back to the shuffle block manager.
    if (shuffle != null && buckets != null) {
      shuffle.releaseWriters(buckets)
    }
    // Execute the callbacks on task completion.
    taskContext.executeOnCompleteCallbacks()
    }
  }
}

在这个版本中为shuffle write添加了一个新的类ShuffleBlockManager,由ShuffleBlockManager来分配和管理bucket。同时ShuffleBlockManager为每一个bucket分配一个DiskObjectWriter,每个write handler拥有默认100KB的缓存,使用这个write handler将Map output写入文件中。可以看到现在的写入方式变为buckets.writers(bucketId).write(pair),也就是说Map output的key-value pair是逐个写入到磁盘而不是预先把所有数据存储在内存中在整体flush到磁盘中去。

ShuffleBlockManager的代码如下所示:

private[spark]
class ShuffleBlockManager(blockManager: BlockManager) {
  def forShuffle(shuffleId: Int, numBuckets: Int, serializer: Serializer): ShuffleBlocks = {
    new ShuffleBlocks {
      // Get a group of writers for a map task.
      override def acquireWriters(mapId: Int): ShuffleWriterGroup = {
        val bufferSize = System.getProperty("spark.shuffle.file.buffer.kb", "100").toInt * 1024
        val writers = Array.tabulate[BlockObjectWriter](numBuckets) { bucketId =>
          val blockId = ShuffleBlockManager.blockId(shuffleId, bucketId, mapId)
          blockManager.getDiskBlockWriter(blockId, serializer, bufferSize)
        }
        new ShuffleWriterGroup(mapId, writers)
      }
      override def releaseWriters(group: ShuffleWriterGroup) = {
        // Nothing really to release here.
      }
    }
  }
}

Spark 0.8显著减少了shuffle的内存压力,现在Map output不需要先全部存储在内存中,再flush到硬盘,而是record-by-record写入到磁盘中。同时对于shuffle文件的管理也独立出新的ShuffleBlockManager进行管理,而不是与rdd cache文件在一起了。

但是这一版Spark 0.8的shuffle write仍然有两个大的问题没有解决:

  • 首先依旧是shuffle文件过多的问题,shuffle文件过多一是会造成文件系统的压力过大,二是会降低IO的吞吐量。
  • 其次虽然Map output数据不再需要预先在内存中evaluate显著减少了内存压力,但是新引入的DiskObjectWriter所带来的buffer开销也是一个不容小视的内存开销。假定我们有1k个Mapper和1k个Reducer,那么就会有1M个bucket,于此同时就会有1M个write handler,而每一个write handler默认需要100KB内存,那么总共需要100GB的内存。这样的话仅仅是buffer就需要这么多的内存,内存的开销是惊人的。当然实际情况下这1k个Mapper是分时运行的话,所需的内存就只有cores * reducer numbers * 100KB大小了。但是reducer数量很多的话,这个buffer的内存开销也是蛮厉害的。

为了解决shuffle文件过多的情况,Spark 0.8.1引入了新的shuffle consolidation,以期显著减少shuffle文件的数量。

首先我们以图例来介绍一下shuffle consolidation的原理。

spark shuffle  consolidation process

假定该job有4个Mapper和4个Reducer,有2个core,也就是能并行运行两个task。我们可以算出Spark的shuffle write共需要16个bucket,也就有了16个write handler。在之前的Spark版本中,每一个bucket对应的是一个文件,因此在这里会产生16个shuffle文件。

而在shuffle consolidation中每一个bucket并非对应一个文件,而是对应文件中的一个segment,同时shuffle consolidation所产生的shuffle文件数量与Spark core的个数也有关系。在上面的图例中,job的4个Mapper分为两批运行,在第一批2个Mapper运行时会申请8个bucket,产生8个shuffle文件;而在第二批Mapper运行时,申请的8个bucket并不会再产生8个新的文件,而是追加写到之前的8个文件后面,这样一共就只有8个shuffle文件,而在文件内部这有16个不同的segment。因此从理论上讲shuffle consolidation所产生的shuffle文件数量为C×R,其中C是Spark集群的core number,R是Reducer的个数。

需要注意的是当 M=C时shuffle consolidation所产生的文件数和之前的实现是一样的。

Shuffle consolidation显著减少了shuffle文件的数量,解决了之前版本一个比较严重的问题,但是writer handler的buffer开销过大依然没有减少,若要减少writer handler的buffer开销,我们只能减少Reducer的数量,但是这又会引入新的问题,下文将会有详细介绍。

讲完了shuffle write的进化史,接下来要讲一下shuffle fetch了,同时还要讲一下Spark的aggregator,这一块对于Spark实际应用的性能至关重要。

Shuffle Fetch and Aggregator

Shuffle write写出去的数据要被Reducer使用,就需要shuffle fetcher将所需的数据fetch过来,这里的fetch包括本地和远端,因为shuffle数据有可能一部分是存储在本地的。Spark对shuffle fetcher实现了两套不同的框架:NIO通过socket连接去fetch数据;OIO通过netty server去fetch数据。分别对应的类是BasicBlockFetcherIteratorNettyBlockFetcherIterator

在Spark 0.7和更早的版本中,只支持BasicBlockFetcherIterator,而BasicBlockFetcherIterator在shuffle数据量比较大的情况下performance始终不是很好,无法充分利用网络带宽,为了解决这个问题,添加了新的shuffle fetcher来试图取得更好的性能。对于早期shuffle性能的评测可以参看Spark usergroup。当然现在BasicBlockFetcherIterator的性能也已经好了很多,使用的时候可以对这两种实现都进行测试比较。

接下来说一下aggregator。我们都知道在Hadoop MapReduce的shuffle过程中,shuffle fetch过来的数据会进行merge sort,使得相同key下的不同value按序归并到一起供Reducer使用,这个过程可以参看下图:

mapreduce shuffle process

所有的merge sort都是在磁盘上进行的,有效地控制了内存的使用,但是代价是更多的磁盘IO。

那么Spark是否也有merge sort呢,还是以别的方式实现,下面我们就细细说明。

首先虽然Spark属于MapReduce体系,但是对传统的MapReduce算法进行了一定的改变。Spark假定在大多数用户的case中,shuffle数据的sort不是必须的,比如word count,强制地进行排序只会使性能变差,因此Spark并不在Reducer端做merge sort。既然没有merge sort那Spark是如何进行reduce的呢?这就要说到aggregator了。

aggregator本质上是一个hashmap,它是以map output的key为key,以任意所要combine的类型为value的hashmap。当我们在做word count reduce计算count值的时候,它会将shuffle fetch到的每一个key-value pair更新或是插入到hashmap中(若在hashmap中没有查找到,则插入其中;若查找到则更新value值)。这样就不需要预先把所有的key-value进行merge sort,而是来一个处理一个,省下了外部排序这一步骤。但同时需要注意的是reducer的内存必须足以存放这个partition的所有key和count值,因此对内存有一定的要求。

在上面word count的例子中,因为value会不断地更新,而不需要将其全部记录在内存中,因此内存的使用还是比较少的。考虑一下如果是group by key这样的操作,Reducer需要得到key对应的所有value。在Hadoop MapReduce中,由于有了merge sort,因此给予Reducer的数据已经是group by key了,而Spark没有这一步,因此需要将key和对应的value全部存放在hashmap中,并将value合并成一个array。可以想象为了能够存放所有数据,用户必须确保每一个partition足够小到内存能够容纳,这对于内存是一个非常严峻的考验。因此Spark文档中建议用户涉及到这类操作的时候尽量增加partition,也就是增加Mapper和Reducer的数量。

增加Mapper和Reducer的数量固然可以减小partition的大小,使得内存可以容纳这个partition。但是我们在shuffle write中提到,bucket和对应于bucket的write handler是由Mapper和Reducer的数量决定的,task越多,bucket就会增加的更多,由此带来write handler所需的buffer也会更多。在一方面我们为了减少内存的使用采取了增加task数量的策略,另一方面task数量增多又会带来buffer开销更大的问题,因此陷入了内存使用的两难境地。

为了减少内存的使用,只能将aggregator的操作从内存移到磁盘上进行,Spark社区也意识到了Spark在处理数据规模远远大于内存大小时所带来的问题。因此PR303提供了外部排序的实现方案,相信在Spark 0.9 release的时候,这个patch应该能merge进去,到时候内存的使用量可以显著地减少。

End

本文详细地介绍了Spark的shuffle实现是如何进化的,以及遇到问题解决问题的过程。shuffle作为Spark程序中很重要的一个环节,直接影响了Spark程序的性能,现如今的Spark版本虽然shuffle实现还存在着种种问题,但是相比于早期版本,已经有了很大的进步。开源代码就是如此不停地迭代推进,随着Spark的普及程度越来越高,贡献的人越来越多,相信后续的版本会有更大的提升。





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