Docker
kongxx
这个作者很懒,什么都没留下…
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CentOS上编译运行PKR
CentOS上编译运行PKR原创 2022-06-03 18:42:00 · 376 阅读 · 1 评论 -
CentOS8容器管理工具Podman
新年新装的 CentOS8 系统,装完发现没有 Docker 了,后来发现 CentOS8 使用 Podman 作为默认的容器管理工具了,大概看了一下帮助,其实 Podman 的用法几乎和原来的 docker 一样,命令基本都一样。下面就看看 Podman 怎样来管理容器吧。安装CentOS8 使用了 dnf 来做包管理器,当然 yum 也还是可以继续使用。$ sudo dnf instal...原创 2020-02-04 19:48:37 · 3154 阅读 · 0 评论 -
使用 Portainer 管理 Docker Swarm 集群
使用 Portainer 管理 Docker Swarm 集群关于怎样搭建使用Docker Swarm请参考 Docker使用Swarm组建集群安装$ sudo docker pull portainer/portainer使用创建 volume为了保存 portainer 的数据,这里创建了一个 volume,如下:$ sudo docker volume create po...原创 2019-01-11 21:13:36 · 2730 阅读 · 1 评论 -
使用docker-compose创建spark集群
下载docker镜像sudo docker pull sequenceiq/spark:1.6.0创建docker-compose.yml文件创建一个目录,比如就叫 docker-spark,然后在其下创建docker-compose.yml文件,内容如下:version: '2'services: master: image: sequenceiq/s...原创 2018-07-05 08:45:49 · 4383 阅读 · 0 评论 -
使用Docker运行spark
获取docker镜像sudo docker pull sequenceiq/spark:1.6.0运行docker容器sudo docker run -it --name spark --rm sequenceiq/spark:1.6.0 /bin/bash运行作业$ cd /usr/local/spark$ bin/spark-submit --mast...原创 2018-07-04 07:57:45 · 3977 阅读 · 0 评论 -
使用Docker运行hadoop
获取docker镜像sudo docker pull sequenceiq/hadoop-docker:2.7.0运行docker容器sudo docker run -it --name hadoop --rm sequenceiq/hadoop-docker:2.7.0 /etc/bootstrap.sh -bash运行作业在上一步命令执行后,我们就进入命令交...原创 2018-07-04 07:55:36 · 3518 阅读 · 0 评论 -
使用docker-compose创建hadoop集群
下载docker镜像首先下载需要使用的五个docker镜像docker pull bde2020/hadoop-namenode:1.1.0-hadoop2.7.1-java8docker pull bde2020/hadoop-datanode:1.1.0-hadoop2.7.1-java8docker pull bde2020/hadoop-resourcemanager:1....原创 2018-06-22 08:34:46 · 3062 阅读 · 2 评论 -
Docker运行图形应用程序
今天要用Docker在容器里运行一个带图形界面的应用程序,所有简单试了一下,还是比较容易实现,下面是我整理的步骤。Dockerfile首先创建一个Dockerfile,内容如下:FROM centos:7RUN yum install -y sudo tar wget openssh-server openssh-clients openssl openssl-devel ...原创 2018-04-27 08:05:16 · 6553 阅读 · 1 评论 -
Docker Error: Error creating cluster component: error while loading TLS Certificate in /var/lib/dock
今天我的Docker宿主机重启了一次后,Docker daemon竟然起不来了,查看了一下 /var/log/messages 中的日志,里面竟然有错误Feb 8 09:03:53 bd2 dockerd-current: time="2018-02-08T09:03:53.926690813+08:00" level=fatal msg="Error creating cluster ...原创 2018-02-08 09:49:12 · 1194 阅读 · 1 评论 -
Docker私有仓库管理
前一篇文章说了怎样搭建私有仓库,但是在仓库搭建好了之后发现维护仓库里的镜像还是不太方便,docker 官方也没有很好命令行接口来使用,只是提供了API,可以通过调用这些API来查看和删除镜像,但是这些API实在是不好用,所以找了一下发现有个开源的python工具可以实现这些功能。安装首先从下面的网站下载最新的 python 脚本,这里只要下载 registry.py 文件就可以了。https://原创 2017-11-06 08:59:29 · 1716 阅读 · 0 评论 -
Docker导出/导入镜像
导出sudo docker save -o <IMAGE>_<TAG>.tar <IMAGE>:<TAG>导入sudo docker load -i <IMAGE>_<TAG>.tar原创 2017-11-14 18:05:59 · 640 阅读 · 0 评论 -
在Docker中使用mongodb数据库
获取 mongo 镜像sudo docker pull mongo运行 mongodb 服务sudo docker run -p 27017:27017 -v /tmp/db:/data/db -d mongo运行 mongodb 客户端sudo docker run -it mongo mongo --host <宿主机IP地址> --port 27017> s...原创 2018-10-22 19:58:09 · 9187 阅读 · 0 评论 -
Docker使用gzip压缩导出/导入镜像
导出镜像docker save <myimage>:<tag> | gzip > <myimage>_<tag>.tar.gz导入镜像gunzip -c <myimage>_<tag>.tar.gz | docker load原创 2018-12-25 08:51:44 · 13346 阅读 · 1 评论 -
CentOS7系统上使用RapidSVN
由于公司使用的代码管理工具还是 subversion,每次都命令行使用实在有点不方便,于是乎想到了找一个 Linux 平台的可视化 subversion 工具,因为自己的工作环境的机器基本都是 CentOS7.X,找了几个安装都有问题,最后想到是不是可以用 docker 来实现,这样弄想起来都挺美气的。Dockerfilefrom ubuntuRUN apt-get updateRUN ...原创 2019-04-17 13:06:13 · 1217 阅读 · 0 评论 -
高通量测序数据质控神器Trimmomatic
简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器,可以对测序数据进行过滤。Trimmomatic 支持多线程,处理数据速度快,主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头,并根据碱基质量值对 Fas...原创 2019-03-19 08:24:46 · 6218 阅读 · 0 评论 -
使用SPAdes测序数据拼接软件拼装基因组
简介SPAdes 是由俄罗斯科学院 St. Petersburg Academic University 与美国科学家合作开发的主要应用于小型基因组如细菌,真菌等基因组测序数据的拼接软件。目前的最新版本 v3.6.2 可以支持常见的 illumina miseq/hiseq 和 ion torrent 测序数据,对单分子测序平台的 pacbio 和 nanopore 的测序数据也能进行拼装,还能...原创 2019-03-19 08:22:56 · 12891 阅读 · 0 评论 -
三代测序组装工具Canu学习笔记
Canu简介Canu是Celera的继任者,能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果。Canu分为三个步骤:纠错,修整和组装。下载测试数据# 下载 pacbio 测试数据wget -c http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq -O pacbio.fastq# 下载 nanop...原创 2019-03-18 08:52:18 · 8423 阅读 · 0 评论 -
设置Docker允许非root用户操作
以前写过一篇博客介绍过怎样允许非root用户来访问Docker,当时的方法是将用户加入的docker组里,这样做安全是安全了,但是实在是太麻烦了,对于我这种安全要求不太高的情况,实在是不合适。于是想能不能有啥办法一劳永逸的解决这个问题。你还别说,还真有办法,你们说神奇不。呵呵,就是这么神奇。解决办法就是修改 /var/run/docker.sock 文件的权限,让普通用户也可以访问。先查看一下...原创 2019-03-20 23:29:03 · 4126 阅读 · 1 评论 -
Docker Error response from daemon: devmapper: Thin Pool has 155398 free data blocks which is less th
问题说明今天公司的build机器上使用 docker run 命令来启动容器的时候,突然出现下面的错/usr/bin/docker-current: Error response from daemon: devmapper: Thin Pool has 155398 free data blocks which is less than minimum required 163840 fre...原创 2019-03-11 23:11:33 · 3593 阅读 · 0 评论 -
安装使用Eclipse Che
前些日子下载 Eclipse 的时候无意间看到了 “Eclipse Che”,一个高性能的基于浏览器的集成开发环境,说直白点就是浏览器版的 Eclipse,当时没有细看,今天花了点时间试用一下。Eclipse Che 都是基于 Docker 构建的,所以需要有 Docker 环境,并且创建的工作区和项目也都是在容器中运行。在 Eclipse Che 默认提供了很多语言支持,包括:C++、Go、J...原创 2019-01-17 08:07:18 · 8176 阅读 · 0 评论 -
查看Docker镜像仓库中镜像的所有标签
用 Docker 的人都知道,我们在查询远端镜像仓库中镜像的时候,在命令行只能看到镜像名,说明等信息,而看不到标签。因此,如果我想要查看镜像有哪些标签,就只能通过网页的方式查看,比如通过 https://hub.docker.com/ 查看,这样实在是太麻烦,于是乎,我想是不是可以写个小工具来干这个事呢?答案当然是肯定的。下面就看看怎样实现的吧。写了个脚本 list_img_tags.sh,内容...原创 2019-01-19 23:36:28 · 35733 阅读 · 6 评论 -
Docker搭建私有镜像仓库
现在Docker用处越来越多了,所以今天就想着搭建一个私有镜像仓库来维护内部我们自己的镜像。环境CentOS 7.xDocker 1.12.6安装 docker-distribution$ sudo yum install -y docker-distribution$ sudo systemctl enable docker-distribution$ sudo systemctl star原创 2017-11-03 09:15:02 · 705 阅读 · 0 评论 -
Docker使用Swarm组建集群
Docker使用Swarm组建集群Docker 使用 Swarm 可以很方便的在多个主机上创建容器集群,并且容器之间可以跨主机网络通信。Swarm 的集群分为 Manager 节点和 Worker 节点。Swarm 中使用 Service 来创建/管理使用相同镜像的多个容器,多个容器同时对外提供服务,多个容器之间负载均衡。每个 Service 有一个浮动IP(VIP),各个容器还有自己的物理IP。创原创 2017-10-24 09:06:21 · 1735 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu14.04上Fig出现Couldn’t connect to Docker daemon …问题
在Ubuntu14.04上正确安装的Docker和Fig后,Docker可以正常使用,但是在使用Fig的时候出现下面的错误Couldn't connect to Docker daemon at http+unix://var/run/docker.sock - is it running? If it's at a non-standard location, specify the URL原创 2015-02-04 07:39:32 · 24251 阅读 · 9 评论 -
Ubuntu 14.04 上 Fig 出现 client and server don’t have same version 问题及解决办法
在Ubuntu14.04上正确安装的Docker和Fig后,Docker可以正常使用,但是在使用Fig的时候出现下面的错误client and server don't have same version (client : 1.12, server: 1.10)此时是由于Docker的版本有问题,解决办法是更新升级系统,然后重启Docker服务或者系统sudo apt-get updatesu原创 2015-02-04 07:44:33 · 2914 阅读 · 0 评论 -
Docker 使用自定义网桥
Docker 服务默认会创建一个 docker0 网桥,它在内核层连通了其他的物理或虚拟网卡,这就将所有容器和本地主机都放到同一个物理网络。用户也可以指定网桥来连接各个容器,步骤如下:1. 首先安装bridge-utils工具包$ sudo apt-get install bridge-utils然后可以用 “brctl show” 来查看当前网桥信息,可以看到目前只有一个 docker0 $ b原创 2015-02-01 16:12:40 · 6259 阅读 · 1 评论 -
LinuxMint17上Docker不能启动问题
在LinuxMint17上安装了docker.io后,在使用“sudo docker.io -d”启动的时候报如下错误2015/01/07 18:52:17 docker daemon: 1.0.1 990021a; execdriver: native; graphdriver: [1e467eaf] +job serveapi(unix:///var/run/docker.sock)[1e原创 2015-01-07 21:03:37 · 2956 阅读 · 0 评论 -
Docker同时启动多个服务
前几篇Docker的文章介绍启动容器时都是只启动一个后台服务,今天来说说怎样通过supervisor来启动多个服务1. 首先创建一个目录并在目录下创建一个Dockerfile,文件内容如下FROM centos:centos6MAINTAINER Fanbin Kong "kongxx@hotmail.com"RUN rpm -ivh http://dl.fedoraproject.org原创 2015-01-08 19:02:49 · 29424 阅读 · 0 评论 -
Docker使用Link在容器之间建立连接
Docker使用Link在容器之间建立连接原创 2014-08-19 08:49:18 · 72935 阅读 · 3 评论 -
Docker创建MySQL容器
Docker创建MySQL容器原创 2014-08-15 08:09:37 · 54439 阅读 · 5 评论 -
Docker: unable to remount sys readonly: unable to mount sys as readonly max retries reached
Docker在CentoOS6运行一个容器的时候出现下面的错误原创 2014-08-04 22:50:12 · 4076 阅读 · 0 评论 -
Docker使用Dockerfile创建支持ssh服务自启动的容器镜像
Docker使用Dockerfile创建支持ssh服务自启动的容器镜像原创 2014-08-07 07:52:59 · 36695 阅读 · 0 评论 -
CentOS6设置Django开发环境
今天在我的Centos6.5机器上安装 Django 开发环境,在安装完使用 “django-admin.py startproject myapp” 创建应用的时候报了下面的错误$ django-admin.py startproject myappTraceback (most recent call last): File "/home/jhadmin/myenv/bin/django-原创 2015-09-05 21:08:50 · 4636 阅读 · 0 评论 -
Docker 修改默认存储位置
Docker 修改默认存储位置首先使用 docker info 查看 docker 的基本信息sudo docker infoContainers: 0Images: 5Storage Driver: devicemapper Pool Name: docker-253:0-679369-pool Pool Blocksize: 65.54 kB Backing Filesystem原创 2015-12-15 09:31:56 · 47569 阅读 · 2 评论 -
Docker 远程管理
默认情况下,Docker守护进程会生成一个 /var/run/docker.sock 文件来进行本地进程通信,而不会监听任何端口,所以默认情况下 Docker 只能在本地使用命令行操作。 如果要在其它机器上远程操作 Docker 主机,就需要让 Docker 监听一个端口,这样才能实现远程通信。在我的 CentOS 7X 上,首先修改 Docker 配置文件 /etc/sysconfig/docke原创 2017-10-23 08:45:46 · 1248 阅读 · 0 评论 -
Docker中YUM安装RPM包报错 Rpmdb checksum is invalid: dCDPT(pkg checksums): ...
今天在使用Dockerfile制作Docker镜像的时候,突然发现以前可以运行的 “RUN yum install -y sudo” 突然运行报错了,错误如下:Rpmdb checksum is invalid: dCDPT(pkg checksums): sudo.x86_64 0:1.8.6p3-29.el6_9 - uThe command '/bin/sh -c yum install -y原创 2017-11-07 09:08:02 · 14973 阅读 · 6 评论 -
CentOS7升级最新版本Docker
CentOS7升级最新版本Docker首先升级一下系统包 (可以跳过)$ sudo yum update卸载旧版本的 Docker$ sudo yum erase docker docker-common docker-client docker-compose添加 Docker 的 yum 源创建一个 /etc/yum.repos.d/docker.repo 文件,内容如下:[dockerrepo原创 2017-10-27 09:26:27 · 16052 阅读 · 2 评论 -
使用pipework将Docker容器配置到本地网络环境中
使用pipework将Docker容器配置到本地网络环境中需求在使用Docker的过程中,有时候我们会有将Docker容器配置到和主机同一网段的需求。要实现这个需求,我们只要将Docker容器和主机的网卡桥接起来,再给Docker容器配上IP就可以了。下面我们就使用pipework工具来实现这一需求。安装pipework$ git clone https://github.com/jpetazzo/原创 2017-06-19 22:49:56 · 11315 阅读 · 10 评论 -
安装Docker管理图形管理工具Shipyard
安装Docker管理图形管理工具Shipyard修改Docker配置文件 /etc/sysconfig/docker (这是CentOS7中Docker配置文件路径)将OPTIONS='--selinux-enabled --log-driver=journald'改为OPTIONS='--selinux-enabled --log-driver=journald -H tcp://0.0.0原创 2016-12-07 18:41:51 · 3127 阅读 · 0 评论 -
制作PBS Pro Docker容器镜像
制作PBS Pro Docker容器镜像首先准备一个Dockerfile,内容如下,实际上使用的是CentOS7.2的镜像FROM docker.io/centosMAINTAINER Fanbin Kong "kongxx@hotmail.com"RUN yum install -y sudo tar wget openssh-server openssh-clients openssl open原创 2016-09-29 19:18:06 · 1500 阅读 · 0 评论