利用R实现乳腺癌样本的分子分型

最新推荐文章于 2024-01-03 18:03:57 发布
VIP文章 最新推荐文章于 2024-01-03 18:03:57 发布
阅读量6.7k 收藏 12
点赞数 4
分类专栏： 转化医学 文章标签： 转化医学 癌症 R 分型
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/lingxuctb/article/details/53055559
版权

1. 背景

癌症并不是一种疾病，而更多地是多种疾病的集合。不同癌症病人的疾病进展，对治疗的响应，包括复发的几率都有所不同。从这种意义上讲，每个癌症都是独特的，带有自己的基因背景和体突变的演化轨迹。所以癌症的多样性对癌症的治疗有着重要的影响。对癌症样本进行分类可以帮助我们更好地理解疾病的进程，并且有助于在将来开展个体化的医治。

乳腺癌的分子分型主要是从肿瘤样本的转录组测序数据出发，对肿瘤样本进行分类。目前普遍接受的分子分型主要有四种，分别是LumA，LumB，HER2和Basal。对应的预后和推荐疗法也有所不同（见下表）

Type ER/PR HER2 Prolif Recommended treatment
Luminal A + - - E
Luminal B + +/- + E+C(+H)
HER2 positive -
最低0.47元/天 解锁文章
理生
关注
  • 4
    点赞
  • 踩
  • 12
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
专栏目录
采用自组织图谱聚类法对乳腺癌进行分子分型的研究
01-04
采用自组织图谱聚类法对乳腺癌进行分子分型的研究，李晓青，冯玉梅，目的 筛选随乳腺癌临床分期进展表达量逐级改变的基因，并对乳腺癌进行分子分型。方法 采用基因芯片方法检测30例乳腺原发癌样本的
AIMS包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
weixin_51547801的博客
03-27 600
AIMS包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理，感谢Jimmy老师！）1.在 McGill数据集上分配 AIMS 亚型2.仅给一个样本分配亚型3.在 vdx 数据集上分配 AIMS 亚型 期刊: Journal of the National Cancer Institute 论文：https://doi.org/10.1093/jnci/dju357 Bioconductor link: https://www.bioconductor.org/packages/releas
MOVICS:分子分型一站式R包（01）
最新发布
医学和生信笔记的博客
01-03 1073
免疫浸润结果分子分型MOVICS。该包与其他分子分型R包最大的不同是它能同时使用多组学的数据，普通的分子分型R包只能通过一种组学数据进行分析，比如只能通过mRNA的表达矩阵进行分析。但是这R包它可以同时通过比如说mRNA、lncRNA、甲基化数据、突变数据进行分型。之外，它还提供了分型之后每个亚型的探索以及每个亚型内的分析。所以说这是一个一站式的包。这个的功能主要分为三个部分，示意图如下：第一个部分是根据不同的组学数据进行分型。大部分是比较不同的分型。
三阴性乳腺癌分子分型与临床实践FINAL.pptx
09-14
三阴性乳腺癌分子分型与临床实践FINAL.pptx
_基于卷积神经网络的乳腺癌分子分型预测研究1
08-04
摘要：探索深度卷积神经网络在乳腺癌分子分型预测中的应用。回顾性分析１７１例术前、化疗前行免疫组化病理检查及动态增强磁共振 ＤＣＲ－ＭＲＩ检查的乳腺癌患者。根据病
机器学习肿瘤识别：乳腺癌数据集上的机器学习算法，用于识别肿瘤是恶性还是良性
02-15
机器学习-肿瘤识别 在乳腺癌数据集上探索了机器学习技术，以建立算法来预测肿瘤是恶性还是良性。 比较了诸如Logistic回归，k最近邻和决策树等有监督学习算法的性能。 还研究了使用PCA和Pearson相关矩阵进行特征工程的效果以及使用欠采样和过采样进行数据工程的效果。
CancerSubtypes包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
weixin_51547801的博客
03-13 4291
CancerSubtypes包的介绍 期刊: Bioinformatics 论文：CancerSubtypes: an R/Bioconductor package for molecular cancer subtype identification, validation and visualization Github link: https://github.com/taoshengxu/CancerSubtypes/blob/master/inst/doc/CancerSubtypes-vigne
oracle pam library,GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手
weixin_36374843的博客
04-03 1049
通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据，只有区区100个左右的正常对照。这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。背景知识一期2015年，GTEx发布了第一个阶段性成...
numeric比较大小 数据库_TCGA数据库生信0基础文献复现
weixin_28878185的博客
01-06 1122
猫叔开讲啦！对于生信0基础的小伙伴来说，看每一句代码都是困难重重，至于我们为什么要这样或那样处理数据？很难理解到位，其实只要走通了一条路，再慢慢扩展其中的知识体系，生信慢慢就上道了我的暴躁小师弟在复现这篇文章的时候，面对一堆的R语言代码，无从下手，异常 今天我来重现一篇文章的癌症组织和正常组织的基因共表达差异分析，一切从真正的0基础开始，哪怕是再小的一个变化也要解释的详细。这是发表在Gene杂志上...
pbcmc包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
weixin_51547801的博客
04-03 827
pbcmc包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理，感谢Jimmy老师！） pbcmc: Permutation-Based Confidence for Molecular Classification Bioconductor link: https://bioconductor.riken.jp/packages/3.3/bioc/html/pbcmc.html 亮点：几种生物信息学工具可用于从基因表达谱中推断患者亚型，包括经过充分研究的PAM50。 这些工具中使用的特定算
基于深度学习的乳腺癌分子亚型分类研究.pdf
08-18
基于深度学习的乳腺癌分子亚型分类研究.pdf
knn诊断乳腺癌代码R语言实现
09-28
威斯康星乳腺癌csv 标准数据集+ R语言使用KNN进行分类的代码
GT-seq:GT-seq基因分型的标准操作程序，脚本和数据
04-09
GT序列 GT-seq基因分型的标准操作程序，脚本和数据 仓库内容： （1）示例协议：从原始序列读取到完整过滤的SNP数据集的完整基因分型流水线以多种格式。 在浏览器中下载并打开GT-seq_SOP.html （2）示例数据：运行示例协议/ SOP的数据（3）探针序列运行管线所需的数据（4）GT-seq脚本：更新了GTseq管道脚本的存储库（5）面板信息：有关标记的信息，例如引物序列，来源，注释等（6）面板作图：将GTseq标记扩增子与参考基因组作图的结果
基于卷积神经网络的乳腺癌分子分型预测研究.pdf
09-26
基于卷积神经网络的乳腺癌分子分型预测研究.pdf
SAP Web IDE本地环境搭建
少年休闲海
02-22 3367
SAP Web IDE本地环境搭建 1、JDK的安装及配置环境变量 可通过官网自行下载JDK： Java Downloads | Oracle 直接傻瓜式安装至默认路径“C:\Program Files\Java\jdk-17.0.2”，然后配置环境变量“JAVA_HOME”、“CLASSPATH”和“PATH”。 JAVA_HOME：C:\Program Files\Java\jdk-17.0.2 CLASSPATH：.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\
Android开发（1） | Fragment 的应用——新闻应用
Jormungand_V的博客
02-21 3528
文章目录 news_item.xml： <TextView xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" android:id="@+id/news_title" android:layout_width="match_parent" android:layout_height="wrap_content" android:lines="1" android:ellipsize="
Unity Shader - 搬砖日志 - URP PBR (抄作业篇，持续更新~)
Jave.Lin 的学习笔记
02-25 5041
PBR 主要渲染方程 Lo(p,wo)=∫Ω(kdcπ+ksDGF4(wo⋅n)(wi⋅n))Li(p,wi)(wi⋅n)dwi L_o(p,w_o)=\int_{\Omega}(k_d \frac{c}{\pi} + k_s \frac {D G F}{4(w_o \cdot n)(w_i \cdot n)}) L_i(p,w_i)(w_i \cdot n) dw_i Lo​(p,wo​)=∫Ω​(kd​πc​+ks​4(wo​⋅n)(wi​⋅n)DGF​)Li​(p,wi​)(wi​⋅n)dwi​ .
常用的40引脚的RGB屏介绍
似水流年
02-22 9271
文章目录软排线位置介绍概述裸屏电阻屏电容屏标准电容触摸屏CTP接口 软排线位置介绍 电阻屏信号线四根预留在软排上面，所以采用电阻屏方案的需要在主板上有对应的触摸芯片（例如：NS2009） 概述 裸屏 没有触摸屏（即外屏） 电阻屏 电容屏 标准电容触摸屏CTP接口 引脚 标识 描述 1 GND 电源地 2 SDA I2C协议数据线 3 SCL I2C协议时钟线 4 VDD 电源正极 5 INT 中断线 6 RESET 复位线 ...
Springboot通过redisTemplate实现发布订阅
Coder
02-25 4122
Springboot通过redisTemplate实现发布/订阅
R语言实现乳腺癌预测
06-02
乳腺癌预测是一种常见的机器学习问题，其中使用R语言可以很好地实现。以下是使用R语言实现乳腺癌预测的示例代码： 首先，我们需要加载所需的库和数据。在这个例子中，我们将使用UCI乳腺癌数据集。 ```{r} library(caret) library(e1071) data("breast_cancer") # 划分训练集和测试集 set.seed(123) trainIndex <- createDataPartition(breast_cancer$Class, p = .8, list = FALSE) train <- breast_cancer[trainIndex, ] test <- breast_cancer[-trainIndex, ] ``` 接下来，我们可以使用e1071库中的svm()函数来创建一个支持向量机模型，并使用caret库中的train()函数来训练模型。 ```{r} # 训练支持向量机模型 model <- svm(Class ~ ., data = train) # 评估模型 predictions <- predict(model, test) confusionMatrix(predictions, test$Class) ``` 最后，我们可以使用confusionMatrix()函数计算模型的性能指标，例如准确性、灵敏度和特异性。 这是一个简单的示例，您可以根据需要进一步调整模型超参数来提高性能。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值