trimmomatic 去接头，处理reads

<span style="font-size:10px;"></span><pre name="code" class="plain"><span style="font-size:10px;">nohup java -jar</span>

/home/lixiangyong/software/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar PE -threads 2 -phred33

<span style="font-size:10px;">./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1.fastq ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2.fastq </span>

<span style="font-size:10px;">Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1_paired.fq <span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif;">Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1_unpaired.fq </span></span>

<span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:10px;">Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2_paired.fq Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2_unpaired_fq  </span></span>

<span style="font-size:10px;">ILLUMINACLIP:/data/public/wanglei/Lj/hua_from_wanglei_analysis/illuminaTruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 &</span>

nohup java -jar trimmomatic-0.36.jar   PE -threads 2 -phred33 

input_forward.fq input_reverse.fq output_forward_paired.fq output_forward_unpaired.fq output_reverse_paired.fq output_reverse_unpaired.fq

<span style="color: rgb(55, 96, 146); font-family: simsun; font-size: 14px; line-height: 21px; background-color: rgb(240, 231, 180);"></span>ILLUMINACLIP:1.adapter.list:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36<span style="color: rgb(55, 96, 146); font-family: simsun; font-size: 14px; line-height: 21px; background-color: rgb(240, 231, 180);"></span>

同一个指令下的不同参数可以用':'来界定

phred33    设置碱基的质量格式,如果不设置，默认的是-phred64

trimlog file就是产生日志，包括如下部分内容：read的名字，留下来的序列的长度，第一个碱基的起始位置，从开始trimmed的长度，最后的一个碱基位于初始read的位置，最后trimmed的数量，其他步骤产生的日志

LEADING:3   切除首端碱基质量小于3的碱基或者N

TRAILING:3   切除末端碱基质量小于3的碱基或者

ILLUMINACLIP: 1.adapter.lis:2:30:10 1.adapter.list为adapter文件，允许的最大mismatch 数，palindrome模式下匹配碱基数阈值：simple模式下的匹配碱基数阈值

SLIDINGWINDOW:4:15  Windows的size是4个碱基，其平均碱基质量小于15，则切除

MINLEN:36  最低reads长度为36

CROP:  保留的reads长度

HEADCROP: 在reads的首端切除指定的长度

原文来自于铁汉 http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101kq1r.html