脑成像数据的格式转换

转载 2013年12月04日 10:15:09
目前,脑成像数据主要有DTI、fmri、3D三种模态。这些数据在分析前都要进行格式转换,不同公司的扫描仪存储格式也不尽相同。脑成像处理软件也很多,不同软件使用的格式也不一样,所以数据转换是脑成像数据处理的第一步,必须非常清楚。这里主要以siemens的机器为准,介绍在windowx 下的MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换.


从扫描中心下载的原始数据是以dicom数据格式存在的压缩文件,解压后,得到原始文件。来自siemens的扫描仪的原始文件以“IMA”下为后缀。对于功能像(fMRI)的数据,有多少个TR就有多少个IMA图像文件,即每个IMA文件就是一个完整的volume;对于 DTI数据,有n个方向,有m个b0像,就有n+m张IMA图片,即n+m个完整的volume。当然有的DTI数据有的只有一个b0像,有的有6个b0像之多。对于3D结构像数据,如果扫描了128层,就会有128张IMA图像,每张图像就是一张slice,不是volume。


数据转换后,主要有spm2之前使用的Analyze格式,以及fsl和spm5和spm8使用的NifTI_1格式。Analyze 格式是成对的 hdr和img文件表示一个3D的volume,而NifTI_1格式可以是3D也可以是4D的,同时可以是hdr和img成对文件,也可以是 NifTI_1的nii一个文件。如下:Spm2使用3D Analyze hdr/img;spm5和spm8使用3D NifTI hdr/img.fsl使用NifTI_1的nii格式。


目前数据转换主要有MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换。现在一一介绍一下。


在MRIcron的安装目录下,有一个dcm2nii.exe和dcm2niigui.exe,并且分别有:dcm2nii.nii 和 dcm2niigui.nii两个配置文件。dcm2nii.exe是Dos的命令行操作,而dcm2niigui.exe是图形界面。我们首先看一下配置文件,用Notepad软件打开,找到一下参数设置:


ManualNIfTIConv=1


EveryFile=1 #“1”目录下所有文件都要进行转换


[INT]


MinReorientMatrix=255 #这个参数设置为255,不要改动


MaxReorientMatrix=1023


其他的参数可以不用管,后面打开界面的时候还可以进行设置。点击dcm2niigui.exe,就打开了界面。首先在 output format中选择输出格式:spm5(3D NifTI hdr/img)或者conpressed fsl(4D NifTI nii)格式。然后在下拉菜单help中点击reference,设置输出文件的名字,确保把不同被试的数据区分开。另外一定勾上进行图像的 reorient。这个参数比较重要,确定MinReorientMatrix=255后,这个参数表示只对3D结构像进行 reorient.DTI和 fMRI数据本身不能进行reorient,这会破坏DTI和fMRI数据的图像信息。DTI和fMRI数据的纬度都小于255。 3D结构像一般是 256×256 matrix,fMRI 是64x64matrix 和DTI是128x128matrix。另外一个参数Recursive Folder Search Depth意思是递归转换文件夹下几级的文件夹中的数据。如“5”则表示当前文件夹下的5级文件夹的数据也要一起转换。这个可以根据你自己存放数据的结构填写。


然后从下拉菜单file中选择DICOM to NifTI,浏览到原始数据所在文件夹,然后点击确定,就开始进行数据转换了。dcm2nii转换完后,3D结构像生成原文件、o开头、co开头的文件。其中o开头的文件主要是进行了reorient的,而co是经过切割了neck的。一般用于空间normalize都选用co开头的文件。Fmri的文件数是TR number乘以2,而DTI文件数则是(m+n)*2.


关于MRIconvert转换,从网站直接下载后解压,就可以用了。直接点击MRIconvert.exe,就打开了界面,非常友好。右侧有6个按钮,选择原始数据或者原始数据所在文件夹和数据输出目录,options中可以对输出文件名字进行设置,还可以重新命名。中间下拉菜单选择输出格式,spm5和spm8选择NIFTI,一目了然。然后点击右下角的convert all,就搞定了。MRIconvert转换不对3D图像进行reorient,所以没有o开头和co开头的文件。后续处理还需要对方向进行转换。


另外有人说dcm2nii对DTI数据的转换好像有一些问题,所以建议用MRIconvert对DTI数据进行转换。


MRIconvert和MRIcron的下载链接如下:


http://lcni.uoregon.edu/~jolinda/MRIConvert/


http://www.cabiatl.com/mricro/mricron/dcm2nii.html

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