pymol png python 不输出图片 ray解决方法 ，

先说正事，前天晚上，作梦，豆豆丢了。我操，直接吓醒了。别说真的。这种梦，最好，也别再作了。

我的pymol,

PyMOL(TM) Molecular Graphics System, Version 1.7.0.0.

 Detected OpenGL version 2.0 or greater. Shaders available.
 Detected GLSL version 4.50.
 OpenGL graphics engine:

  GL_VENDOR:   NVIDIA Corporation
  GL_RENDERER: Quadro K1000M/PCIe/SSE2
  GL_VERSION:  4.5.0 NVIDIA 346.46
 Adapting to Quadro hardware.
 Detected 8 CPU cores.  Enabled multithreaded rendering.

我的机器；thinkpad w530. ubuntu14.04 LTS

我有一堆的pdb。如果一个一个的画。那太麻烦了。于是想通过脚本实现pymol自动画。并存png图片。

用命令行

pymol -c py_show_not_work.py  -- 1aki.pdb 1aki a.png

运行

py_show_not_work.py

按说应该是有一个a.png出来的。但总是没什么，还不报错。

import pymol 
import cmd
import sys, time, os

pdb = sys.argv[1]
name = sys.argv[2]
fig_name = sys.argv[3]


cmd.load(pdb)
cmd.show("cartoon",name)
cmd.png(fig_name)
cmd.quit()

yb也没遇到过这类问题。

但通过ray 一下，似乎是可以解决这个问题的。虽然，还是没搞明白 为什么会这样。

pymol -c py_show.py -- 1aki.pdb 1aki 800 ok.png

就可以了。

import pymol 
import cmd
import sys, time, os

pdb = sys.argv[1]
name = sys.argv[2]
ray_size = sys.argv[3]
fig_name = sys.argv[4]


cmd.load(pdb)
cmd.show("cartoon",name)
cmd.ray(ray_size)
cmd.png(fig_name)
cmd.quit()

只是加了一个变量，用了一下ray。就存了图

ok.png

注：

1aki.pdb全世界都有。

pdbbank有下载。