如何在python环境下导入gdcm库

GDCM:   Grassroots DICOM library  一个开源DICOM库  http://sourceforge.net/apps/mediawiki/gdcm/index.php?title=Main_Page

可以支持多种语言调用:

  • Python (supported)
  • C# (supported),
  • Java (supported),
  • PHP (experimental),
  • Perl (experimental).

 

下面是笔者为gdcm在python环境下能够正常使用所作的方法:

 

笔者运行环境如下:

windows XP SP3

Python v2.7

 

部署方法:

1.下载并安装gdcm,  GDCM-2.2.0-Windows-x86.exe

2. 默认安装目录在C:\Program Files\GDCM 2.2

3. 在系统环境变量里加入PYTHONPATH,  设置为C:\Program Files\GDCM 2.2\lib;C:\Program Files\GDCM 2.2\bin

4. 命令行下运行python

5. 在python解释器下输入import gdcm

结果确出人意料,提示导入失败

>>> import gdcm
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Program Files\GDCM 2.2\lib\gdcm.py", line 68, in <module>
    from gdcmswig import *
  File "C:\Program Files\GDCM 2.2\lib\gdcmswig.py", line 30, in <module>
    _gdcmswig = swig_import_helper()
  File "C:\Program Files\GDCM 2.2\lib\gdcmswig.py", line 22, in swig_import_help
er
    import _gdcmswig
ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。
>>>

why????, 用dependency walker工具去检查下_gdcmswig.pyo文件,这个位于C:\Program Files\GDCM 2.2\bin目录

 

可以看到依赖的是MSVCP80.dll, MSVCR80.dll两个CRT库文件,这个是属于vc 2005的crt,

由于python27.dll是链接的vc 2008的CRT,所以必须得给_gdcmswig.pyo文件加入对vc2005 crt库的manifest,

 

6.手动编辑一个manifest文件,内容如下

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?>
<assembly xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" manifestVersion="1.0">
  <dependency>
    <dependentAssembly>
      <assemblyIdentity type="win32" name="Microsoft.VC80.CRT" version="8.0.50727.42" processorArchitecture="x86" publicKeyToken="1fc8b3b9a1e18e3b"></assemblyIdentity>
    </dependentAssembly>
  </dependency>
</assembly>

7. 命令行进入到C:\Program Files\GDCM 2.2\bin目录,将manifest文件也放在该目录下,名称定为_gdcmswig.pyd.manifest (名称无所谓)

  运行命令: mt -manifest _gdcmswig.pyd.manifest -outputresource:_gdcmswig.pyd;#2

8. 再重复第5步, import gdcm, 没有报错,这下你可以开始使用gdcm的库了。

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GDCM(Grassroots DICOM)是一个开源的DICOM(数字成像与通信医疗信息),它支持读取和写入DICOM文件。如果你需要从ZIP文件中读取DICOM文件,可以使用GDCM的`gdcm::IPPSorter`类和`gdcm::ImageReader`类来实现。 首先,你需要使用`gdcm::IPPSorter`类将DICOM文件按照其图像位置(Image Position)信息进行排序。然后,你可以使用`gdcm::ImageReader`类从ZIP文件中读取DICOM文件。以下是一个示例代码: ``` #include "gdcmReader.h" #include "gdcmImageReader.h" #include "gdcmIPPSorter.h" int main(int argc, char* argv[]) { // 读取ZIP文件 gdcm::Reader reader; reader.SetFileName("example.zip"); if (!reader.Read()) { std::cerr << "Failed to read ZIP file" << std::endl; return 1; } // 使用IPPSorter类排序DICOM文件 gdcm::IPPSorter sorter; sorter.SetComputeZSpacing(true); sorter.SetZSpacingTolerance(1e-3); sorter.Sort(reader.GetFileSet()); // 读取第一个DICOM文件 gdcm::ImageReader image_reader; image_reader.SetFileName(sorter.GetFirstImage().c_str()); if (!image_reader.Read()) { std::cerr << "Failed to read DICOM file" << std::endl; return 1; } // 处理DICOM图像数据 // ... return 0; } ``` 在上面的代码中,`gdcm::Reader`类用于读取ZIP文件,`gdcm::IPPSorter`类用于按照图像位置信息进行排序,`gdcm::ImageReader`类用于读取DICOM文件。你需要根据自己的需求来处理DICOM图像数据。注意,以上代码仅仅是一个示例,可能需要根据实际情况进行修改。

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