基因组信息学参考习题

ABCDE下面哪些是属于基因组进化的研究内容？

A. structural analysis of thegenome

B. the study of genomicparasites

C. gene and ancient genomeduplications

D. polyploidy

E. comparative genomics

 

A下面三条序列所代表的物种之间，哪两个亲缘关系更近？

>1

MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLE

NPKKYIPGTKMIFVGIKKKEERADLIAYLKKATNE

>2

MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLE

NPKKYIPGTKMIFAGIKKKGEREDLIAYLKKATNE

>3

MGDVEKGKKVFVQKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAEGFSYTDANKNKGIVWDEDTLMVYLE

NPKKYIPGTKMIFAGIKKKGERQDLIAYLKQSTSS

 

A. 1 and 2   B. 1 and 3    C. 2 and 3

 

 

BCD下列RNA中哪些属于non-codingRNA？

A. mRNA            B. tRNA       C. rRNA       D. miRNA

 

B    在ICGC数据库中，与各种肿瘤相关的突变基因中，哪个基因的突变频率最高？

A. BRAF             B. TP53        C.IDH1        D. TTN

 

C    在ICGC数据库中，与肝癌相关突变基因BRAF，哪个位点的突变频率最高？

A. G469A            B.D594G            C. V600E            D.K601E

 

D    使用COSMIC数据库中，与kidney组织的Wilms tumor有关的基因突变频率最高的是哪个？

A. TP53        B. WT1        C. AMER1          D. CTNNB1

 

AB  下列系统发育树（进化树）构建算法中哪些是基于距离的？

A. neighbor-joining               B.UPGMA

C. Maximumparsimony               D. Maximumlikelihood

 

D    Longnon-coding RNA的研究思路，通常参照哪种RNA？

A. mRNA     B. tRNA       C.rRNA       D.miRNA

 

ABCD   下列关于密码子偏好性的描述正确的有哪些？

A. 不同物种之间的密码子偏好性通常存在差异

B. 基因组的编码区和基因间区域的密码子偏好性通常存在差异

C. 密码子偏好性会影响RNA二级结构

D. 密码子偏好性会影响mRNA的翻译效率

 

C    不同基因组区间的序列在进化上的保守性从高到低排列正确的是哪一个?

A. Intergenic region > Intron > Exon >CDS

B. Exon > Intron > Intergenic region >CDS

C. CDS > Exon > Intron >Intergenic region

D. CDS > Intron > Exon > Intergenicregion

D 下列哪个基因位于人类基因组2号染色体的1到100,000区间内？

A. APOB                    B. ALK                       C. MSH2                    D.FAM110C

B 在GFF1格式的基因组注释文件中，描述序列特征（feature）信息是哪一列？

A. 1                                   B. 3                            C. 5                            D. 7

B编号为rs1045435的SNP与哪一个基因相关？

A. CDK1                    B. CDK2                    C. CDK3                    D. CDK6

人类（human）的ID为1636、名称为ACE的基因，在小鼠（mouse）中的同源基因ID是哪一个？

A. 11421                    B.419953                  C. 565980                  D. 100144634

利用UCSC genomebrowser整合的各种注释信息，在人类（human）的GRCh37/hg19版本基因组中检索MYC基因，哪些转录因子在其上游启动子区域1kb以内有强结合位点？

A. TBP                       B.E2F1                      C. E2F4               D. POU2F2

对下图描述中哪些是正确的？

A. X是可观察输出                B. y是可观察输出 

C. a是转移概率                    D. b隐藏状态

D给定一个转录因子结合位点的碱基分布的Matrix，下面哪个序列片段最有可能是该Matrix所代表的转录因子结合位点？

PO  A    C     G    T

01   31   14   4     1    

02   0     0     50   0    

03   48   2     0     0    

04   43   1     5     1    

05   23   1     14   12  

 

A. AGAAC                  B.CGAAA

C. CGAAG                 D. AGAAA

B给定一个TATA-box的HMM模型，哪个位点保守性最高？

Position	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12
% A	21.4	15.9	3.7	91.1	0.0	94.5	67.3	97.3	52.1	40.7	16.5	23.6
% C	22.7	39.3	9.8	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	9.1	34.8	37.1
% G	28.2	35.2	2.9	0.0	0.0	0.0	0.0	2.7	12.0	40.2	38.0	30.4
% T	27.7	9.6	83.6	8.9	100.0	5.5	32.7	0.0	35.9	10.0	10.7	8.9

 

A. 4                            B. 5                      C.6                     D. 7      

启动子按照位置（相对于基因转录起始位点）来分，一般可分为哪几类？

A. 核心启动子                 B. 近端启动子                        C. 远处启动子

在真核生物启动子数据库（EPD）中，人类TP53基因的启动子有几个？

A. 1              B. 2              C.3              D. 4

D根据ENCODE的ChIP-seq数据，下列哪些转录因子在人类DDIT3基因的启动子区域（上游1-1000bp以内）存在结合位点？

A.PHF8        B.PML         C.KDM5B           D. NRF1

下面是一条人类某基因上游1kb的序列，使用TSSW分析时，启动子位置在哪里？

GGAGACCACCCCCGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGGTGAAACGTAGT

CTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGTCACTGCAACATCCGCC

TCCAGGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCTGCCTCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGC

ATCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTC

AGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCTCTCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTG

GGATTACAGGCGTAAGCCACTGAGCCCGGCCAGGAGACCTCTTTAAGAAGACTCGAGATG

TCGACAATCCCAGTGGATGGATACCAACTTTAAAAAGAAAAGTTCAAAAGGCCTATGTGC

CCATTAGCTGGGAGGGGCCAAGAAATATGGGAGTCCCTTATAGTGGGGGTAAAACGGCGG

GTAAAGCTAGGTGGGCGGAACAGCAGCTTCTGGGGGAGACAAGCGGCAAAGAGGCTCACG

ACCGACTAGGGGCGACCAAGGCTGATAGCCGTTGGGGCCGTTGGGCGCCGGGAGCTGGCG

CCCCGCCCTCTCTCCTCTCCCCCACCCTCCGCACCTCCCACCACCCTCGGTGTCCCCTGC

GCGTGCGCGTGCAGACACCGGTTGCCAAACATTGCATCATCCCCGCCCCCCTTTCCTCCC

CTCCCCCCCCGCTACACTCCCCTCCGCGCGCGCGCATGACTCACCCACCTCCTCCGTGAA

GCCTCGTGACCCAAAGCCACTTCCGGGTCCGACACTACGTCGACCCCCTAGCGAGAGGGA

GCGACGGGGGCGGTGCCGCGGGGCTCCTGAGTGGCGGATGCGAGGGACGGGGCGGGGCCA

ATGCCGGCGTGCCACTTTCTGATTGGTAGGTTTTGGGGTCCCGCCCCTGAGAGGAGGGCA

AGGCCATGGTAAAAGATTACAGCCAGGCGCTCCCGAGGTC

A. 600          B. 638          C.909          D.952