Haploview做单倍型分析

自个数据用Haploview做单倍型分析

转载他人的  http://www.dxy.cn/bbs/topic/16025305

Haploview   http://www.broadinstitute.org/haploview/haploview-downloads

第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Father's ID,Mother's ID,sex(M=1,F=2),Affection status  (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED).  然后是每个SNP的基因型.... 

 

第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.
直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. （4.2以上的版本可以识别ATCG滴，不需要分成2列吗）

 

第3步,制备样品LOCUS的位置文档. 也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址) 此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. (注意：只有2列，一个为SNP，一个为locus)

 

然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致. 然后分别上传.第一个文档至DATA FILE..

 

完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩.  以下是一些步骤图片： 第一步示意图 （不要表头的）

 

第二步示意图 （4.2版本滴就不需要转换了）

第三步示意图 （只有2列，这个SNP的locus可以用相对距离，也可以用绝对距离）

第四步示意图

第五步示意图