Linux（CentOS 7）（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）

PyMOL简介

 

PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。

 

PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。

PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。

 

硬件环境

 

CentOS 7（64位）系统中安装Pymol1.8.6

 

安装依赖包

 

yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel

 

安装过程遇到错误，发现是缺少下面的依赖

yum install msgpack-devel

 

获取安装包

 

 

cd /download
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol

编译安装

 

建立一个脚本文件，把下面的代码放进去，把脚本文件放入pymol文件夹，运行该脚本。

 

#!/bin/bash -e

prefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules

# If you want to install as root, then split this line up in "build"
# and "install" and run the "install" with "sudo"
python2.7 setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix

 

进入  opt/pymol-svn/pymol文件夹

 

 

/opt/pymol-svn/pymol

运行下面的命令，创建连接，命令端输入pymol运行。

 

 

sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

 

 

 

Pymol运行效果展示

 

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