2017年09月_DrugAI

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原创 GROMACS运行参数之em.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle = Minimization ; Titl...

2017-09-27 20:03:15 5702

原创 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software点击打开链接RDKit安装包下载：点击打开链###########################################################################安装boost库python2 -m pip install boost #视自...

2017-09-20 23:24:02 4109

原创 Win10下MySQL_Workbench连接远程主机MySQL5.7

创建用户grant all privileges on *.* to 远程访问用户名@'%' identified by '密码';显示用户select host,user from user;删除用户drop user AspirinCode@'%';flush privileges;

2017-09-17 22:47:20 3572 1

原创 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装ACPYPE

ACPYPE，基于Python的工具，使用Antechamber生成化学化合物的拓扑，并提供python与其他应用程序的接口。将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。acpype安装包下载svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpy...

2017-09-10 23:44:39 5327 1

原创 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装DOCK6.8

DOCK6 是UCSF(加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请，申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。官网点击打开链接分子对接软件DOCK6.8的安装安装依赖yum install gcc yum install gcc-c++ yum install ...

2017-09-10 18:16:56 4287 5

原创 OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式实例：obabel -imol2 FragmentLibrary.mol2 -opdbqt -O FragmentLibrary.pdbqtDrugAI

2017-09-09 12:22:48 8213 8

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），mol2和蛋白质结构文件（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应；分子序列化；相似性/多样性选择；二维药效团；三维维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析及分子碎裂（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子比对；基于形状的对齐；使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对；与PyMOL进行3D可视化集成；功能基团过滤；分子描述符库；相似图；机器学习等等

2019-12-26