用python map函数实现pharmdock并行运算

最近在服务器上应用Pharmdock软件进行运算时，只能利用一个cpu，考虑到cpu浪费太多，于是考虑到了多线程

import os
from multiprocessing import Pool

#遍历文件夹，返回分子路径
def get_mol_paths(folder):
    return (os.path.join(folder,f) for f in os.listdir(folder) if f.endswith('_omega2.mol2'))
'''
#遍历分子列表，返回分子路径
def get_mol_paths(molslist):
    f= open(molslist)
    g=[]
    for m in f.readlines():
        m=m.strip('\n') #去掉每行结尾处的换行符
        g.append(m)
    return g 
'''

def run_cmd(filename):
    dock='/usr/local/cloud/PharmDock/bin/docking \
                -c /usr/local/cloud/PharmDock/dat/CamDoc.bcf \
                -l %s \
                -p /map/substr/test/ProtPharm/Docking_Pharmacophore.mol2 \
                -ps /map/substr/test/ProtPharm/Scoring_Pharmacophore.mol2 \
                -prot /map/substr/test/pro.pdb \
                -nmode 1 -o out -limoc' % filename
    os.system(dock)

if __name__=='__main__':
    folder="/map/free/free_ph"
    mols = get_mol_paths(folder)
    pool = Pool()
    pool.map(run_cmd,mols)
    pool.close()
    pool.join()

map函数读取mols列表中的文件作为参数分别传入run_cmd进行运算，并行处理后16个cpu可以全部利用，速度大大提升

关于map函数的解析和应用可参照：

http://my.oschina.net/zyzzy/blog/115096

http://www.jb51.net/article/63368.htm