bioconductor包下载笔记和数据的使用

 bioconductor包下载笔记和数据的使用

有一篇文章用到nki这个数据集，想复现一下结果，所以费了半天劲才搞出来数据，过程记录。

1.安装包的代码如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")  #安装管理工具包BiocManager
BiocManager::install()  #查看是否安装成功

出现诸如此类的错误，最后换了镜像解决了。安装失败后可以重新打开R再试一次，可能是网速的问题，我是第二次重新打开R后安装上的。 

 上一步确认biomanager安装成功后，就可以安装自己想要的包了。

BiocManager::install("breastCancerNKI") #breastCancerNKI分析支持包

2.安装完成之后，读取包里数据的过程和在R包里是一样的代码：

#加载安装包
library("breastCancerNKI")
#读数据
data("nki")
#导出数据（高维数据导出意义不大，展现不完整，直接分析就好）
write.csv(nki,file = 'F:/programData/Rdatasets/nkigene.csv', fileEncoding = 'utf-8', 
          row.names = FALSE )

附上bioconductor的官方网站，需要的话可以上网站找寻自己想要的内容。http://bioconductor.org/install/