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ImageGP从2017年推出后，稳定运行7年，因其使用简单方便，深受广大朋友们喜欢。独立IP访问60万次，日均使用1000次。如果您对编程不熟悉，使用ImageGP可以快速出图。只需轻轻点2两下，下面的美图就出来了如果您对编程很熟悉，有时临时画个图，还是ImageGP方便。有时想一下，R代码写的最多的还是read.table。最近一年一直在对ImageGP进行升级。网站架构重新设计，可以快速部署...
2024-04-22 07:01:16
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转载 GPB | MARS和RNAcmap3：RNA序列的集大成数据库及其在MSA搜索中的运用
Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）发表了由深圳湾实验室系统与物理生物学研究所周耀旗课题组完成的题为“MARS and RNAcmap3: The Master Database of All Possible RNA Sequences Integrated with RNAcmap for RNA Homology Search”的论文...
2024-04-22 07:01:16
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转载 iMeta期刊 第3卷第2期 在线正式发布
点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第2期 正式发布iMeta第3卷第2期封面：非土著益生菌在鱼类上的应用风险。封面故事依据《庄子》中的寓言故事“鲁侯养鸟”。内陆的鲁国突然飞来一只海鸟，鲁侯视之如珍宝，拿出自己最好的东西迎接它。比如，命人演奏音乐给它听，准备美酒给它喝，拿出牛肉给它吃。但是海鸟面对鲁侯精心准备的这些，头晕目眩，十分忧愁悲伤，三天就死掉了。“此以己养养鸟也，非以鸟养养鸟也”...
2024-04-22 07:01:16
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转载 CGM微生物组专题：植物功能微生物组及合成菌群设计
CGM将于北京时间4月22日星期一7:00 PM举办在线沙龙活动。本期活动，我们联合植物微生物组公众号和iMeta期刊设置“微生物组”专题，并就主题“植物功能微生物组与合成菌群设计”（更多主题见文末）邀请到西北农林科技大学岳红博士带来“小麦基因型特异招募的耐旱功能微生物”、中国科学院分子植物科学卓越创新中心王明星博士带来“定量微生物组的农业应用”、瓦赫宁根大学荆佳伊博士生带来“定制功能性微生物合成...
2024-04-21 07:02:45
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转载 mLife | 细菌间耐药基因传播的“快速列车”——插入序列IS26
中国科学院微生物研究所冯婕研究员团队的文章“Understanding the rapid spread of antimicrobial resistance genes mediated by IS26”已在mLife网站正式上线。该研究团队对公共数据库中细菌完整基因组携带的IS26及其形成的可移动单元为对象进行研究，发现IS26在细菌物种中广泛分布，IS26形成的可移动单元可介导多种耐药基因...
2024-04-21 07:02:45
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转载 Science丨程功/朱毅斌/王静林-共生菌环境干预可阻断蚊媒病毒传播流行
蚊媒病毒传染病的传播流行是人类健康和生命的严重威胁之一。以登革热和寨卡热这两种最具代表性的蚊媒病毒传染病为例，登革热在全球100多个国家感染流行，每年引发多达3.9亿人感染、50-100万人入院治疗；寨卡热于2015年至2017年在太平洋岛屿和南美洲突然暴发大规模疫情，不到一年时间内出现了超过22.3万例寨卡确诊病例，数千例新生儿小头畸形病例，国际卫生组织将寨卡疫情宣布为国际关注的公共卫生紧急事件...
2024-04-21 07:02:45
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转载 浙江省农业科学院李有贵博士团队-招聘优秀博士毕业生
浙江省农业科学院李有贵博士团队招聘优秀博士毕业生1、目的：招贤纳士本学科团队因研究需要，迫切希望引进优秀的博士毕业生1名。2、要求具有生物医学或转化医学（药理学）、或动物生理学、或肠道微生物与疾病等研究背景；具有优秀的英、中文写作能力，具备独立开展科研项目的能力。3、待遇（1）优秀博士毕业生，直接入职浙江省农业科学院，为科研骨干，根据业绩聘为研究员或副研究员。本团队给予配备助手1名（博士）、药学专...
2024-04-20 07:03:07
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转载 Nature综述丨超加工食品和食品添加剂对肠道健康和疾病的影响
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟椰子，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读超加工食品(UPFs)和食品添加剂已成为现代人类饮食中无处不在的组成部分。越来越多的证据表明，富含UPFs的饮食与肠道疾病(包括炎症性肠病、结直肠癌和肠易激综合征)之间存在关联。许多U...
2024-04-20 07:03:07
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转载 中山大学深圳校区袁超磊课题组博士后招聘
博士后招聘中山大学农业与生物技术学院（深圳校区）袁超磊课题组因工作需要，现面向海内外公开招聘博士后1-2名。袁超磊博士为中山大学“百人计划”引进人才，副教授（https://sa.sysu.edu.cn/teacher/744），研究领域为环境土壤学和环境微生物学，研究水平受国内外同行认可，已主持国家自然科学基金面上项目等国家和省部级项目5项，现任土壤学顶级期刊Geoderma副主编。课题组与国内...
2024-04-20 07:03:07
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转载 iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线（2024.4.17）
iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线（2024.4.17）iMetaOmics投稿系统2024年4月17日iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线，欢迎投稿！投稿地址：https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2登录页面iMetaOmics LOGOiMetaOmics 1卷1期封面更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta...
2024-04-19 07:02:00
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转载 iMeta | 被引超2800次，发文179篇，百引耗时16天(2024/4/17)
iMeta 被引超2800次，发文179篇，百引耗时16天(2024/4/17)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年4月17日，iMeta 己发表论文179篇，被引2843次，立即指数15.88，百引耗时16天！其中，2023年引用1617次。根据Dimensions网站显示，全球有DOI文章共有144,503,980篇，被引用1,915,563,210次，平均引用13.26次。2...
2024-04-19 07:02:00
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转载 SCLS | 山大刘双江组基于网络构建和配对共培养研究肠道微生物之间相互作用
肠道中存在数以万亿计的微生物，它们通过互利共生（正相互作用）、拮抗抑制、竞争（负相互作用）等方式形成复杂的微生物互作网络。先前的研究主要利用高通量测序数据解析微生物群落结构并预测微生物关联网络，而预测的微生物网络通常包含数百个节点和上千条边，其高度复杂性使得实验验证互作网络中的微生物互作方式难以进行。因此，该领域的研究一直处于高度描述性阶段，缺乏对微生物相互作用的实验验证，亟需建立相应的研究方法。...
2024-04-19 07:02:00
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转载 肿瘤治疗新视角！VITA单细菌转录组技术揭示肠道菌群精准功能研究
人肠道菌群是定植在人肠道内、长期与人体相互依存的微生物群，其数量是人体自身细胞数的10倍，所编码的基因有100万个以上，被称为人体的“ 第二基因组〞。越来越多的研究证实，肠道菌群共同维持肠道内微生态平衡，与人体的消化、吸收、代谢、免疫调节、能量转化等多项功能密切相关，肠道菌群紊乱与肿瘤、腹泻、肥胖、心脑⾎血管、神经系统等多种疾病密切相关。肠道菌群研究从代谢性疾病、神经系统疾病、心脑血管疾病，到免疫...
2024-04-18 07:00:59
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原创 QIIME 2教程. 15纵向和成对样本比较q2-longitudinal(2024.2)
进行纵向和成对样本比较q2-longitudinalPerforming longitudinal and paired sample comparisons with q2-longitudinalhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/longitudinal/https://www.bilibili.com/video/BV1AF4m1N7h6注：此...
2024-04-18 07:00:59
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转载 韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展
韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展着丝粒是真核生物染色体的重要结构，其功能异常通常会导致细胞分裂时染色体无法正确分离，进而影响植物的生长和发育。着丝粒的显著特征之一是其核小体含有H3组蛋白变体CENH3。近年来，通过对CENH3的编辑，已成功在拟南芥、玉米和小麦等植物上实现了单倍体诱导，揭示了在植物育种中着丝粒研究的潜在价值和重要性。此外，着丝粒也是人工合成染色体不可或缺的组成部分。因此，对...
2024-04-17 07:01:56
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转载 Microbiome｜李宁宁/李会良/张雪松团队揭示肠道代谢物吲哚丙酸恢复自闭症小鼠的社交和认知缺陷的新机制...
肠道代谢物吲哚丙酸通过激活ERK1改善海马抑制性突触传递失衡以恢复16p11.2微缺失小鼠的社交和认知缺陷通讯员 江健孤独症谱系障碍（autism spectrum disorder, ASD）又称孤独症、自闭症，是一种高度遗传性和异质性的神经发育性障碍，其核心症状为社交缺陷和重复刻板行为【1】。据世界卫生组织统计，全球ASD患病率约为...
2024-04-17 07:01:56
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原创 QIIME 2教程. 14样品分类和回归q2-sample-classifier(2024.2)
样品分类和回归q2-sample-classifierPredicting sample metadata values with q2-sample-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/sample-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1uH4y1T7Fb/注：q2-sample...
2024-04-17 07:01:56
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原创 QIIME 2教程. 13数据评估和质控q2-quality-control(2024.2)
数据评估和质控q2-quality-controlEvaluating and controlling data quality with q2-quality-controlhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/quality-control/https://www.bilibili.com/video/BV1rT421m78C/注：本教程将演示如何为...
2024-04-16 07:32:02
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原创 QIIME 2教程. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2024.2)
训练特征分类器Training feature classifiers with q2-feature-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/feature-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1TM4m1D7SW/注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装...
2024-04-16 07:32:02
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转载 iMeta | 重医大沈伟等发布全能序列处理工具SeqKit2
点击蓝字 关注我们SeqKit2：序列和比对数据操作的瑞士军刀iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.191●2024年4月5日，重庆医科大学附属第二医院沈伟在iMeta在线发表了题为 “SeqKit2: A Swiss army knife for sequence and alig...
2024-04-16 07:32:02
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转载 iMeta | 最全可视化韦恩图和集合图工具EVenn使用手册
通讯点击蓝字 关注我们最全可视化集合工具EVenn使用手册iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.184●2024年4月11日，中国中医科学院陈同、黄璐琦和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Visualizing set relationships: ...
2024-04-15 07:02:44
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原创 QIIME 2教程. 11数据筛选Filtering data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 11数据筛选Filtering datahttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/filtering/https://www.bilibili.com/video/BV12M4m1Q7cU/注：此实例需要完成本系列文章《1简介和安装》本教程介绍如何过滤QIIME 2中的特征表、序列和距离矩阵，软件将随着更新，新增可用的过滤功能，从而...
2024-04-15 07:02:44
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原创 QIIME 2教程. 10元数据Metadata(2024.2)
QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata in QIIME 2https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/metadata/https://www.bilibili.com/video/BV1KC411V7kW/注：此实例需要一些基础知识，要求完成本系列文章前两篇内容：《1简介和安装Introduction&Install》和4《人体各部位...
2024-04-15 07:02:44
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转载 视频回放 | 朱穗-医学统计数据常见分析方法及其误用
医学统计数据常见分析方法及其误用更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用7000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集 ...
2024-04-14 07:02:55
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转载 iMeta | 中国农科院深圳基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装
点击蓝字 关注我们完整组装两个端粒到端粒的高粱基因组以指导生物学发现iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.193●2024年4月5日，中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富团队在iMeta在线联合发表了题为 “Complete telomere-to-telomere assembli...
2024-04-13 07:01:27
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原创 QIIME 2教程. 09数据导出Exporting data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 9数据导出https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/exporting/Exporting data注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装。为了使用QIIME 2，输入数据必须存储在QIIME 2对象（即qza文件）中。这是支持分布式、自动来源跟踪、语义类型验证和数据格式之间的转换的基础（有关QIIME...
2024-04-13 07:01:27
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原创 QIIME 2教程. 08数据导入Importing data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/importing/为了使用QIIME 2，输入数据必须存储在QIIME 2对象（即qza文件）中。这是实现支持分布式和自动来源跟踪、以及语义类型验证和数据格式之间的转换所必须（有关QIIME 2对象的更多详细信息，请参阅《1简介和安装》中核心...
2024-04-12 07:04:10
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转载 Cell Host & Microbe | 王二涛团队应邀撰写时空微生物组（mSTAR）观点论文
植物能够从土壤中招募特定的微生物类群，建立互惠互利的共生关系。宿主的代谢互作和免疫响应可以精细调控微生物的根际定植。在植物根部的发育过程中，其细胞结构与代谢途径展现了显著的功能异质性，根系代谢物的时空变化成为驱动根际微生物组装配的一个重要因素。在此过程中，植物功能基因负责合成或转运根系代谢物以启动与微生物的互作。2024年4月10日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心王二涛团队于 Cell Hos...
2024-04-12 07:04:10
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原创 QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson's Mouse(2024.2，最佳实战)
QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/pd-mice/本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究，Sampson等，2016旨在确定粪便微生物组是否有助于帕...
2024-04-12 07:04:10
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转载 Microbiome | 华中科大陈卫华等构建URPC助力反刍动物胃肠道噬菌体综合研究
反刍动物胃肠道噬菌体基因组目录揭示了其裂解性噬菌体比例高于其他环境A compendium of ruminant gastrointestinal phage genomes revealed a higher proportion of lytic phages than in any other environmentsResearch Article，2024-04-4，Microbiom...
2024-04-11 07:01:27
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转载 iMeta讲座 | 朱穗-医学统计数据常见分析方法及其误用
iMeta讲座医学统计数据常见分析方法及其误用01报告人简介朱穗暨南大学基础医学与公共卫生学院医保大数据研究所副所长朱穗，四川大学华西公共卫生学院流行病与卫生统计学博士，暨南大学基础医学与公共卫生学院医保大数据研究所副所长，社会医学与卫生事业管理教研室主任，MPH硕士导师。主要研究领域：空气污染与人群健康、气温和极端气温与人群健康、疾病负担、统计方法应用、因果推断、孟德尔随机化等相关研究。擅长医疗...
2024-04-11 07:01:27
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转载 iMeta | 农科院饲料所周志刚组以鼠李糖乳杆菌GG致损斑马鱼肠道为例揭示益生菌（益生作用）宿主依赖机制...
点击蓝字 关注我们鼠李糖乳杆菌GG致损斑马鱼肠道揭示其宿主依赖的益生作用iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.181●2024年3月25日，中国农业科学院饲料所周志刚团队在iMeta在线发表了题为 “Lactobacillus rhamnosus GG triggers intest...
2024-04-10 07:02:15
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转载 iMeta | SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体
点击蓝字 关注我们SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.192●2024年4月5日，北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心李志远、钱珑及南京农业大学韦中等团队在iMeta在线联合发表了题为 “SIDERITE: Unveiling Hi...
2024-04-10 07:02:15
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转载 EST丨南京地湖所王建军-微塑料多样性增强了微生物网络的复杂性和稳定性
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟薇薇，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读微塑料混合物广泛分布在全球生态系统中，包含各种类型。然而，微塑料多样性如何影响微生物的生物相互作用尚不清楚。本研究进行了600个微宇宙实验，微塑料多样性从1到6种类型不等，并在15°C...
2024-04-10 07:02:15
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原创 BiB | 浙大蒋超组开发面向多组及纵向实验设计的各类组学数据的功能富集新方法...
基于广义报告评分的富集分析可用于各类组学数据Generalized reporter score-based enrichment analysis for omics dataArticle，2024-03-27，Briefings in Bioinformatics， [IF 9.5]DOI：https://doi.org/10.1093/bib/bbae116原文链接：https://aca...
2024-04-09 07:03:11
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原创 mSystems | 干旱对土壤微生物组的影响
干旱对土壤微生物组的影响增加干旱对干旱土壤微生物组的显著影响Significant Impacts of Increasing Aridity on the Arid Soil MicrobiomemSystems, [IF：6.4]2017-05-30 ArticlesDOI: https://doi.org/10.1128/mSystems.00195-16第一作者：Julia W. Nei...
2024-04-09 07:03:11
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原创 QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2024.2)
QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/atacama-soils/此实例需要一些基础知识，要求完成本系列文章前两篇内容：《1简介和安装Introduction\&Install》和《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》。本教程设计用于两个目的。首先，它描述了对双端序...
2024-04-09 07:03:11
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转载 iMeta | 刘杏忠团队揭示长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制
点击蓝字 关注我们长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.189●2024年4月2日，南开大学刘杏忠、中国科学院微生物研究所向梅春和云南中烟工业有限责任公司王明锋等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Microbiome-mediated alle...
2024-04-08 07:01:53
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原创 Microbiome | 粪菌移植改善自闭症Fecal microbiota transplant (FMT)
粪菌移植改善自闭症微生物转移疗法改变肠道生态系统，改善肠胃和孤独症症状：一项开放性研究Microbiota Transfer Therapy alters gut ecosystem and improves gastrointestinal and autism symptoms: an open-label studyMicrobiome, [15.5]2017-01-23 Articles...
2024-04-08 07:01:53
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原创 QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant(2024.2)
QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study: an exercisehttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/fmt/注意：本教程假定您已经完成1简介和安装Introduction\&Install，成功安装QIIME 2。本教程计划在完成《4人体各部位微生物组分析Mov...
2024-04-08 07:01:53
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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