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[置顶] 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180201)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们! 本文转载自“宏基因组”,更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本公众号每日推送,工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术,理论过硬实战强;周末科普和生活专栏,...
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riverplot绘制桑基图

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形,图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合,如可用于比较不同簇间关系,可以用来表示各个节点之间转换。 Sankey plots are a type of diagram that is convenient to illustrate how flow of information, resources etc. separates and joins, mu......
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R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记,原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。 个人博客: https://ytlogos.github.io/ 往期回顾 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr R语言聚类分析–cluster, f......
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ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线:突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种,最初开发用于代表网络结构的时间变化。 实例1. neuroscience coalesced from other related disciplines to form its own field. From......
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R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介 刘永鑫,博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前关注人数1.5万,累计阅读超百万。 公众号:宏基因组(meta-genome) 往期回顾 扩......
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Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows

windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全,虚拟机效率太低,服务器也是不每个人都会买的。 现在方便了,Github推出了一款软件 gitforwind......
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Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下 编辑:metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到:1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)一直是研究微生物多样性以及进化生物学系统发育树构建的标准标记基因。然而,由于SSU rRNA 数据库收录的全长SSU......
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使程序在Linux下后台运行,程序运行前后台切换

转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html,有修改。 一、为什么要使程序在后台执行 我们计算的程序都是周期很长的,通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务器。所以使程序在后台跑有以下两个好处: 1:我们这边是否关机不影响服务器的程序运行。(不会像以前那样......
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视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结 甚至是随心所欲的力导向布局图 今天不是带你来看图,而是带你画图的。只安成功安装recharts包,半小时带实现以上全部图型。 视频教程 相关内容太多,文字传达不便,故录了一个小视频,帮助大家理解...
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R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析–cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”,己获授权,宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ 对于有很多(成百上千)研究对象时,把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法,可以按事物观察值有效的合理分组,再进一...
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宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路,零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络),老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但根本看不懂,更谈何对文章的全面理解。 本系列文章以数据分析中常用的8种图为例,包括:箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图等。通过结合具体实例来详细讲解,定能让你对此类文...
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R堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

作者:朱微金 李陈浩 堆叠柱状图连线画法 提出问题 18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图,添加组间各成分连线,可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图: 我在很多文章中也见过,一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做,就问了一个作者,结果回复是origin画的,有个选项就...
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Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

题目:基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义? 认识肠道菌群领域的29位大佬,从熟悉他们的名字和单位开始。 作者:Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik Bäckhed 5,6, Martin J. Blaser 7, Frederic D. Bushman 8, Willem M. de...
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微生物组——扩增子分析专题培训开课啦!!!

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年3月北京鼓楼推出《扩增子分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。 关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。...
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Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”,己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象,高盐饮食已经成为高血压以及心血管疾病的一个重要诱因。以往的研究中,研究人员主要把精力放在探究肾脏、交感神经系统以及脉管系统上,可是近年来有关免疫系统在高血压的发生发展过程中扮演重要角色屡见报道。 一、提出一个好的科学问题...
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删除 此电脑 文件夹

我们在运行中输入regedit打开我们的注册表,在注册表中,我们需要依次找到:HKEY_LOCAL_MACHINE-SOFTWARE-Microsoft-Windows,接下来继续找到CurrentVersion-Explorer-MyComputer-NameSpace,把前面的带中括号的那些全部删除...
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编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个人的Shell语言和Perl语言脚本写作模板,今天再分享一下我的R语言模板,一次性解决困扰新手的众多问题,如包安装、命令行参数解析、文件读取、Anova组间统计和箱线图展示、表格和矢量图输出等...
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Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?(news & views)

Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔,美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯的文章《Genomic features of bacterial adaptation to plants》,揭示了微生...
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Annual Review:人与微生物组

本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望》,今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)一作兼通讯发表的综述,他有多牛呢?仅2017发表高水平文章41篇,截止1月15日,累计发表文章532篇,引用110791次,代表作QIIME引用9539次。 本篇综述内容非...
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗?快看此文

关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式,但是有时会出现文件无法通过审核,导致大家访问失败?之前团队分享视频(百度管片最严,你懂的,上周六的纪录片将扩展名mkv修改为jpg才通过审核)时为避免被和谐,采用后台回复获取可更新下载链接的方式。而扩增子、宏基因组、网络教程的测序数据为方便大家使用,直接将链接贴在正文中,半年来累计下载转存超过5000次,为大家参考格式准备数据、自学分...
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微生物组:3分和30分文章差距在哪里?

好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里? 以2017年8月25日发表在Sciences杂志上的封面文章为例,简介顶级文章的图版设计、组合、展示方式,再顺便回想一下您读过的其它文章,尤其是3分级别文章,那差异不言而喻。 此篇Science正文仅有3幅图,但却准确传达了...
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