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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 iMeta | 2024年2月数据分析报告:全文下载量超46万次!

点击蓝字 关注我们iMeta 全文下载量超46万次!文章投稿及发表情况Submissions and Articles Published Trend●文章投稿量根据wiley网站统计,截止2024年2月底,iMeta文章投稿量684篇,其中2024年2月投稿量170篇,较去年同期提高6倍。●文章接受率根据wiley网站统计,iMeta 近3年文章接收率分别为70%、21%和8%,文章接受率不...

2024-03-17 08:42:38 23

转载 招聘 | 福建农林大学国家菌草中心林占熺团队招聘优秀人才

点击蓝字 关注我们简介福建农林大学地处海上丝绸之路门户、首批对外开放的沿海港口城市—— 福州,是一所以农林学科为优势和特色,理、工、经、管、文、法、艺等多学科协调发展的省属重点大学,是农业农村部、国家林草局与福建省政府共建高校,福建省一流大学建设高校。国家菌草工程技术研究中心是依托福建农林大学建立的我国唯一的国家级菌草技术科研平台,现有固定人员110人,客座人员36人,拥有仪器设备184台套,拥有...

2024-03-17 08:42:38 36

转载 NC | 北大深圳余珂组BASALT–可利用二代及三代数据的宏基因组分箱及精炼工具...

BASALT – 可利用二代及三代数据的宏基因组分箱及精炼工具BASALT refines binning from metagenomic data and increases resolution of genome-resolved metagenomic analysisArticle,2024-03-11,Nature Communications,[IF 16.6]DOI:https:...

2024-03-17 08:42:38 141

转载 北京大学癌症研究院王华团队长期招收博士生、博士后、技术员加盟

北京大学癌症研究院王华团队长期招收博士生、博士后、技术员加盟实验室介绍王 华,北京大学国际癌症研究院研究员、北京大学肿瘤医院双聘PI,国家级海外高层次青年人才,博士生导师、博士后合作导师。博士毕业于南开大学,后在美国纪念斯隆-凯特琳癌症研究中心从事博士后研究工作。聚焦肿瘤的表观遗传和转录调控机制,取得系列原创成果,发表在Nature、Cell Research、Blood、Cell、Advance...

2024-03-16 07:01:28 31

转载 2023年影响因子预测: 微生物学期刊

点击蓝字 关注我们2023年影响因子预测: 微生物学期刊经过Web of Science 官网对微生物学领域引用前30和IF排名前30的期刊进行了2023年影响因子预测。结果显示,47本微生物学期刊2023年影响因子平均IF下降了17%,仅有5本增长,剩余42本均下降,其中IF增长最大的仅有7.74%,下跌最大的达到54.74%。微生物学科受新冠冲击影响较大,随着疫情的结束,2023年开始已经全面...

2024-03-16 07:01:28 119

原创 Cell子刊 | 杜塞尔多夫大学Frommer组发现糖转运蛋白介导了拟南芥根部微生物群落纵向定植...

糖转运蛋白调控拟南芥根部微生物群落的纵向定植Sugar transporters spatially organize microbiota colonization along the longitudinal root axis of ArabidopsisArticle,2024-03-12,Cell Host & Microbe, [IF 30.3]DOI:https://doi....

2024-03-15 07:01:29 691

转载 iMeta | 王继刚/戴凌云/徐承超/韩光-基于光亲和标记策略鉴定青蒿素在恶性疟原虫红细胞内期中的抗疟靶标...

点击蓝字 关注我们基于光亲和标记策略鉴定青蒿素在恶性疟原虫红细胞内期中的抗疟靶标iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.176●2024年2月19日,中国中医科学院青蒿素研究中心王继刚、徐承超,南方科技大学戴凌云和河南大学药学院韩光等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Photoaf...

2024-03-15 07:01:29 135

转载 【会议通知】基因组医学与人工智能论坛--第三轮会议通知

关注我们,获取更多相关资讯尊敬的各位专家、学者、同仁:为推动基因组医学研究与人工智能技术的结合,给广大学者与青年学生搭建一个跨学科交流的平台,共同促进相关领域的发展和进步,中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会联合温州医科大学启动“全国基因组医学系列论坛”。首届论坛将于2024年3月22日至24日在温州医科大学学院路校区举行,本次论坛的主题为“基因组医学与人工智能”,我们将邀请国内在...

2024-03-14 07:02:53 39

转载 Cell子刊 | 周欣/申小涛等揭示多部位微生物的长期稳定性及与宿主在多组学层面的互作...

四个身体部位微生物组的纵向分析揭示了健康和疾病期间的核心稳定性和个体化动态Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and individualized dynamics during health and diseaseArticle,2024-03-12,Cell Hos...

2024-03-14 07:02:53 78

转载 Nature Protocols | 跨界网络分析(TkNA):用于推断主宿–微生物组和多组学互作的因果关系...

遗传学和表观遗传学之间的复杂关系是人类健康和疾病的基础。实验和计算能力的进步已经从生物系统的研究中产生了各种各样的高通量数据。大量的技术努力致力于增加吞吐量,并提高实验和计算效率。因此,人们对可以整合不同类型的组学数据并进行关联分析以识别重要参与者和机制的计算方法和软件有明显的兴趣。2024年3月13日,俄勒冈州立大学Andrey Morgun教授团队在Nature Protocols上发表了...

2024-03-14 07:02:53 118

转载 WR | 北大:CPR细菌和DPANN古菌在地下水菌群对抗生素胁迫的响应

点击蓝字↑↑↑“微生态”,轻松关注不迷路生科云网址:https://www.bioincloud.tech编译:微科盟土豆炖豆角,编辑:微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源《微生态》公众号。导读抗生素在自然环境中的积累会破坏微生物种群动态。然而,人们对地下水生态系统中微生物群落如何适应抗生素胁迫的了解仍然有限。通过从66个地下水样本中恢复2675个宏基因组组装基因组(M...

2024-03-13 07:01:41 54

转载 iMeta | 华大研究院邹远强/肖亮揭示毛螺菌科多样性

点击蓝字 关注我们分离培养的毛螺菌科潜在新种拓展了基因组和功能多样性iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.174●2024年2月13日,深圳华大生命科学研究院邹远强、肖亮团队在iMeta在线发表了题为 “Isolation of potentially novel species e...

2024-03-13 07:01:41 122

转载 iMeta期刊 第3卷第1期 在线正式发布

点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第1期 正式发布iMeta第3卷第1期封面:泛基因组时代已到来引用一句中国宋代苏轼的诗“春江水暖鸭先知”,用来比喻敏感的人能够最先察觉到事物的微小变化或趋势的起始。在这里用来形容相比于传统的单一线性鸭基因组,泛基因组更能有效捕捉基因组变异以及经济性状解析的精准度。河南农大李文婷团队用5个鸭基因组信息构建了首个鸭泛基因组, 发现很大一部分比例结构变异来源...

2024-03-12 07:01:14 19

转载 iMeta | 被引超2500次,发文164篇,百引耗时12天(2024/3/11)

iMeta 被引超2500次,发文164篇,百引耗时12天(2024/3/11)根据 Dimensions 网站统计,截止2024年3月11日,iMeta 己发表论文164篇,被引2507次,立即指数15.29,百引耗时12天!其中,2023年引用1615次。根据Dimensions网站显示,全球有DOI文章共有143,394,363篇,被引用1,897,020,619次,平均引用13.23次。2...

2024-03-12 07:01:14 20

转载 山东大学院士团队环境与应用微生物博士后招聘公告

山东大学环境科学与工程学院“环境与应用微生物” 院士团队博士后招聘公告山东大学环境科学与工程学院“环境与应用微生物”课题组因研究工作需要,现拟招聘博士后研究人员1-2名,开展动力学模拟、生物信息学、环境微生物、生物化学相关研究与应用工作。一、课题组介绍合作导师倪寿清教授,山东大学博士生导师,外籍院士,入选省部级人才,担任中国生态文明研究与促进会理事、山东代表处主任、国际会议主席以及多部SCI期刊编...

2024-03-12 07:01:14 39

转载 第一届中国新生儿医学基础与临床研究论坛暨第八届海峡两岸及港澳地区新生儿医学大会——通知...

为促进我国新生儿医学基础与临床研究的进步与发展,加强海峡两岸及港澳地区学术交流与技术合作,不断提高新生儿疾病诊疗水平和健康保障能力,由海峡两岸医药卫生交流协会新生儿学专业委员会、中国初级卫生保健基金会新生儿医学公益基金专业委员会主办,中山大学附属第八医院、华中科技大学协和深圳医院、南方科技大学第一附属医院/深圳市人民医院、深圳市光明区人民医院、香港大学深圳医院联合承办,《中国当代儿科杂志》...

2024-03-11 07:01:15 55

转载 Genome Research | 基因组组装评估的新标准及11个HiFi组装软件评估

点击蓝字关注我们“ 近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)潘玮华课题组联合美国加州大学河滨分校Stefano Lonardi课题组、福建农林大学魏秀清课题组在《基因组研究(Genome Research)》上发表了题为“Comprehensive assessment of 11 de novo HiFi assemblers on complex...

2024-03-11 07:01:15 36

转载 iMeta期刊 第3卷第1期封底:黑米平衡肠道菌群

点击蓝字 关注我们黑米平衡肠道菌群。黑米是一种富含花青素,矿物质元素,维生素以及膳食纤维的天然食品。华中农大陈振夏团队的最新研究表明,以黑米为基础制成的小鼠饲料能够改善结直肠癌小鼠的肠道微生物失调,修复受损的肠道屏障,从而减缓肿瘤发展。本封面的灵感来源于记录在2000多年前《淮南子》中的一个古老中国神话故事,天空中出现了巨大破损的洞口洪水滔滔,天塌地陷,女娲不忍生灵受灾,于是炼神石修补天空,万灵得...

2024-03-10 07:01:56 20

转载 【Nature Microbiology】microbeMASST:一种用于微生物代谢组学数据的分类质谱搜索工具...

近日,国外学者Pieter C. Dorrestein以通讯作者在《Nature Microbiology》上发表论文microbeMASST: ataxonomically informed mass spectrometry search tool for microbial metabolomicsdata(Q1,IF=28.3),该文章介绍了一种分类学信息质谱(MS)搜索工具,可解决非...

2024-03-10 07:01:56 122

转载 NEE | 原核基因组的全球调查揭示了驱动水平基因转移的生态进化压力!

转载自环境微生物组学-研究背景-水平基因转移,即通过繁殖以外的方式交换遗传物质,是原核生物基因组进化的基本驱动力。横向转移基因的基因组持久性已被证明受到生态和进化因素的影响。然而,除了物种被分离出来的栖息地之外,关于其他物种的生态信息非常有限,这阻碍了我们更深入地探索生态因素对水平基因转移的影响。-研究进展-昆士兰科技大学/复旦大学类脑智能科学技术研究院的Luis Pedro Coelho和苏黎...

2024-03-09 07:01:30 43

转载 Agronomy | 李德军/刘永鑫综述澳洲坚果衰退病管理策略

澳洲坚果衰退病研究现状及生物防治策略Managing Macadamia Decline: A Review and Proposed Biological Control StrategiesReview,2024-1-30,Agronomy,[IF 3.7]原文链接:https://www.mdpi.com/2073-4395/14/2/308第一作者:姚小芳通讯作者:李德军 (dejunli...

2024-03-09 07:01:30 39

转载 Microbiome文章指出微生物组的绝对定量比相对定量结果,可以更好的避免因遗传力估计不准确而产生的误导...

前人大量研究已经充分表明,准确定量微生物的绝对丰度而不是相对丰度,对于确定微生物真实差异、跟踪微生物群落组成的动态变化,寻找关键的核心物种和相互作用,以及排除错误关联等,都具有极其重要的作用(文章链接:多篇Nature强烈建议:微生物真实差异、疾病标记物、核心菌群筛选、模型预测、动态变化、菌群互作网络、群落组装要用“绝对定量”)。目前常规的扩增子测序只能提供相对定量结果,而利用内标法的绝对定量测序...

2024-03-08 07:02:19 46

转载 24年最新科研神器!一文搞定所有饼图+柱状图+韦恩图+热图!颠覆和变革传统数据分析模式!...

CNSknowall平台是今年1月中旬新上线的现象级的在线数据分析平台,由复旦大学上海医学院和上海交通大学医学院硕博合伙创办,创新性的颠覆和变革了传统数据分析工具和模式, 刚上线一月就受到近万名科研工作者的关注,其创立的初衷是为了帮广大受苦受难的科研工作者彻底扫清文章发表过程中数据分析难题的障碍,让数据分析、各类图表可视化和统计学等困难工作变得像吃饭喝水一样简单。可以让不会R语言的生信小白也能轻松...

2024-03-08 07:02:19 391

转载 iMeta期刊 第3卷第1期封面:泛基因组时代已到来

点击蓝字 关注我们泛基因组时代已到来。引用一句中国宋代苏轼的诗“春江水暖鸭先知”,用来比喻敏感的人能够最先察觉到事物的微小变化或趋势的起始。在这里用来形容相比于传统的单一线性鸭基因组,泛基因组更能有效捕捉基因组变异以及经济性状解析的精准度。河南农大李文婷团队用5个鸭基因组信息构建了首个鸭泛基因组, 发现很大一部分比例结构变异来源于转座子,其中很多定位在基因区和调控区,且与家鸭驯化和改良过程显著关联...

2024-03-08 07:02:19 25

转载 iMeta | 中科院免疫感染所高义舟等阐述胎粪中的细菌载量

点击蓝字 关注我们胎粪中的细菌载量iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.173●2024年2月13日,中国科学院上海免疫与感染研究所高义舟团队在iMeta在线发表了题为 “Bacterial load in meconium” 的文章。●本研究使用内标质粒法对新生儿第一次黑色胎粪(...

2024-03-07 07:01:35 32

转载 致谢 | ​iMeta 2023年审稿专家名单(第二批)

iMeta 2023年审稿专家名单(第二批)由于编辑部统计平台数据更新滞后,导致在2月21日发布的 “致谢 | iMeta 2023年审稿专家名单” 数据并不完整,对漏选审稿专家表示歉意!现将更新系统数据及根据审稿专家反馈再次人工核对后,公布2023年度第二批审稿专家名单。在此,iMeta编辑部衷心感谢每位审稿专家对本期刊的支持。第二批审稿专家名单公布如下(按姓氏拼音排序)更多推荐(▼ 点击跳转)...

2024-03-07 07:01:35 29

转载 国家自然科学基金优秀青年海外项目答辩汇报PPT模板(双色系可供选择)

学术答辩PPT6大制作秘诀秘诀1——标题要活用灵活应用多级标题,内容逻辑,做到层层递进;从整体的大结构到每一页的小结构,整体多并列,页面多层级;大标题的名称尽量简短有力,突出关键词,多用“发现”“提出”等;秘诀2:内容要规整根据内容,将版面划分成水平或垂直分布的区块,依据区块进行排版,从而实现规整的视觉效果;另外,多数人的阅读习惯多为自上而下,自左而右,因而我们区块上的内容顺序,尽可能保证为自上而...

2024-03-07 07:01:35 260

转载 iMeta | 佛山科学技术学院李英组-大熊猫肠道微生物抗生素抗性基因宿主和表达模式...

点击蓝字 关注我们大熊猫肠道微生物抗生素抗性基因综合分析iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.171●2024年2月6日,美国阿肯色大学赵江潮、佛山科学技术学院李英、中国大熊猫保护研究中心王承东等团队在iMeta在线发表了题为 “A comprehensive analysis of...

2024-03-06 07:01:28 77

转载 iMeta公众号文章目录(2024.3.3)

列表目录iMeta—微生物组与生物信息顶刊iMeta高被引论文生物信息/微生物组期刊推荐iMeta相关资讯iMeta最新文章中文版+视频第2卷第4期(2023.12)第2卷第3期(2023.8)第2卷第2期(2023.5)第2卷第1期(2023.2)第1卷第4期(2022.12)第1卷第3期(2022.9)第1卷第2期(2022.6)第1卷第1期(2022.3)iMeta典型文章系列讲座跟着...

2024-03-06 07:01:28 29

转载 MobiMicrobe-seq千万项目资助计划!你的科研梦,千万别放弃!

Microbe-seq技术介绍(Science: 微生物单细胞、高通量、菌株分辨率,我全都要!| 深度长文)MobiMicrobe-seq千万项目资助计划活动时间2024年1月29日-2024年7月15日参赛材料*以下两张材料二选一1.根据我们提供的样本原始数据,提交一份生信分析相关研究报告2.提供一份研究计划书。包括研究的目标,内容,关键问题,以及研究方案材料要求*以下两种方向任选其一1. 生信...

2024-03-05 07:05:43 28

转载 iMeta | 李梅/韦中等揭示合成微生物群落在提升土壤健康研究中的应用进展

点击蓝字 关注我们合成微生物群落(SynComs)在提升土壤健康研究中的应用进展iMeta主页:http://www.imeta.science社 论●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.172●2024年2月11日,江苏省农业科学院李梅和南京农业大学韦中等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Synthetic microbial communiti...

2024-03-05 07:05:43 86

转载 细菌-真核生物共研究中不容忽视的噬菌体

细菌,作为微生物界的常驻居民,与我们人类有着密切的关系。无论是在我们的肠道、皮肤上还是周围环境中,细菌无处不在。它们在我们的身体内发挥着至关重要的功能,参与新陈代谢过程、帮助消化食物、维持免疫系统平衡等等。然而,细菌也可能引起疾病并对我们的健康造成负面影响。在细菌以我们为宿主的同时,另一种神秘而强大的生物也正以细菌为宿主,展开精彩纷呈的生命博弈,它就是噬菌体。图1 人体-细菌-噬菌体多重寄生关系[...

2024-03-05 07:05:43 51

转载 兰州理工大学任海伟等:揭示不同贮藏期浓香型金徽大曲微生物群落与代谢特征之间的相关性...

点击蓝字 关注我们文献导读揭示不同贮藏期浓香型金徽大曲微生物群落与代谢特征之间的相关性发表日期:2024.2.29发表题目:《Unraveling the correlations between microbial communities and metabolic profiles of strong-flavor Jinhui Daqu with different storage peri...

2024-03-04 07:02:22 218

转载 iMeta姊妹刊iMetaomics编委招募 (定位IF>10)

点击蓝字 关注我们iMeta姊妹刊iMetaomics编委招募(定位IF>10)iMetaomics 简介IntroductioniMeta定位IF>20,范围对标Nature Biotechnology/Methods/Microbiology、Cell Host & Microbe、Lancet Microbe等大子刊;iMeta姊妹刊iMetaomics定位IF>...

2024-03-04 07:02:22 87

转载 招聘 | 华南师范大学王璋课题组诚聘青年英才(特聘研究员/副研究员)及博士后...

华南师范大学王璋课题组诚聘青年英才(特聘研究员/副研究员)及博士后招聘团队简介王璋,华南师范大学生命科学学院研究员,生物医学研究中心主任,广州医科大学呼吸疾病全国重点实验室特聘/客座PI,国家高层次青年人才计划入选者(2022),广东省青年珠江学者(2019)。从事呼吸道微生物组研究,应用多组学技术及疾病动物模型探究呼吸道菌群功能及菌群-宿主互作机制。以通讯或第一作者在Nature Medicin...

2024-03-04 07:02:22 29

转载 JGG|南方医余光创组shinyTempSignal:全面分析时间和系统发育信号

点击蓝字 关注我们在分子进化领域,准确估计物种分化时间至关重要。然而,由于测序数据质量低、重组事件发生以及采样时间标记不准确等原因,直接应用分子钟理论往往会引入显著偏差。当前,广泛使用的主流工具TempEst需要在严格的分子钟模型假设下运行,常常无法与真实的生物演化情况完全契合;Phylostems等工具提供更灵活的松弛分子钟模型,但仍然局限于分析时间信号,未考虑到其它与进化相关的系统发育信号,无...

2024-03-03 07:01:40 43

转载 iMeta编辑部和湘湖实验室联合发表ChatGPT与生成式AI的高效使用方法和使用规范...

点击蓝字 关注我们ChatGPT与生成式AI正在彻底改变科学界:一个具有双面性的难题iMeta主页:http://www.imeta.science社论●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.178●2024年2月27日,iMeta编辑部和湘湖实验室团队在iMeta在线联合发表了题为 “ChatGPT and generative AI are rev...

2024-03-03 07:01:40 44

转载 EST丨广东医肠道菌群对斑马鱼体内砷生物转化的影响

点击蓝字↑↑↑“微生态”,轻松关注不迷路生科云网址:https://www.bioincloud.tech编译:微科盟承乐,编辑:微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文,欢迎转发转载,转载须注明来源《微生态》公众号。导读肠道微生物组及其宿主都参与了砷(As)的生物转化,但其在体内的确切作用和机制尚不清楚。在本研究中,as3mt-/-斑马鱼分别用四环素(TET,100 mg/L)和亚砷酸盐(iAsⅢ)暴...

2024-03-03 07:01:40 42

转载 iMeta | 河南农大家禽团队-鸭泛基因组研究揭示转座子插入是影响体重和白羽性状的原因突变...

点击蓝字 关注我们泛基因组研究揭示两个转座子插入是影响鸭体重和白羽性状的原因突变iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.154●2023年12月17日,河南农业大学康相涛、李文婷和广东省农业科学院水稻所胡海飞等团队在iMeta在线发表了题为 “Duck pan-genome revea...

2024-03-02 07:04:06 84

转载 Microbiome王成树| 蚕食桑叶防真菌:揭秘蚕与桑叶间的微生物保护网

2024年2月26日,中科院分子植物科学卓越创新中心的王成树研究员团队在Microbiome发表了研究论文“From phyllosphere to insect cuticles: silkworms gather antifungal bacteria from mulberry leaves to battle fungal parasite attacks”。该文探讨了家蚕(Bom...

2024-03-02 07:04:06 68

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

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