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RSS订阅转载 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
本文转载自“微生态笔记”，己获授权。前言：微生物几乎存在于所有的环境中，在生物地球化学循环中扮演着至关重要的角色。特别是在土壤中，具有高度分类学多样性和代谢潜力的微生物群落，可以作为反映...
2018-01-31 00:00:00
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转载 Cell综述：代谢控制中的脑肠轴
本文转载自“态昌基因”，己获授权。文章开始之前小昌想做个小调查。有没有人一到冬天就控制不住想吃东西？有没有人吃饱了还能再塞一块提拉米苏？有没有人觉得红烧肉就是比萝卜青菜好吃？有没有人一无...
2018-01-29 00:00:00
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转载 只要11天，浓度1000倍的抗生素也无效，“超级细菌”将成人类的最大威胁之一...
每隔一段时间，我们总是能收到霍金老爷子的“夺命警告”。警告！人工智能未来可能会策反人类！警告！上帝粒子的力量可以铲平整个宇宙！警告！人类必须移民外太空，否则将难逃灭绝！警告！中国“天眼”...
2018-01-27 00:00:00
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原创 Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型
题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik Bäckhed 5,6, Martin J. Blaser 7, Frederic D. Bushman 8, Willem M. de
2018-01-25 21:57:06
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原创 微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年3月北京鼓楼推出《扩增子分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
2018-01-24 21:27:20
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转载 轻松看懂机器学习十大常用算法
本文转载自CSDNaliceyangxi1987的博客通过本篇文章可以对机器学习(machine learning, ML)的常用算法有个常识性的认识，没有代码，没有复杂的理论推导，就...
2018-01-24 00:00:00
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转载 Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心血管疾病的一个重要诱因。以往的研究中，研究人员主要把精力放在探究肾脏、交感神经系统以及脉管系统上，可是近年来有关免疫系统在高血压的发生发展过程中扮演重要角色屡见报道。一、提出一个好的科学问题
2018-01-23 19:40:00
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转载 你想知道的“ROC曲线”
本文转自“态昌基因”，已获授权。Science这篇文章关注了非洲马拉维儿童营养不良与肠道菌群及肠粘膜免疫功能之间的关系，发现以特定细菌为靶点的lgA对于儿童营养不良的诊断及治疗具有特殊...
2018-01-22 00:00:00
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转载 简单读懂微生物基因组的泛基因组学
本文转载自“美吉生物”，己获授权。2005年美国科学家Tettelin在对B群链球菌的研究中首次提出泛基因组的概念，指出不同细菌的株系之间存在明显的差异，单一菌株的遗传信息并不能完整代表...
2018-01-21 00:00:00
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原创 删除 此电脑 文件夹
我们在运行中输入regedit打开我们的注册表，在注册表中，我们需要依次找到：HKEY_LOCAL_MACHINE-SOFTWARE-Microsoft-Windows，接下来继续找到CurrentVersion-Explorer-MyComputer-NameSpace，把前面的带中括号的那些全部删除
2018-01-20 22:51:16
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原创 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
写在前面个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。之前分享过我个人的Shell语言和Perl语言脚本写作模板，今天再分享一下我的R语言模板，一次性解决困扰新手的众多问题，如包安装、命令行参数解析、文件读取、Anova组间统计和箱线图展示、表格和矢量图输出等
2018-01-18 22:54:04
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原创 Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)
Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯的文章《Genomic features of bacterial adaptation to plants》，揭示了微生
2018-01-17 21:25:38
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转载 Annual Review：人与微生物组
本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望》，今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)一作兼通讯发表的综述，他有多牛呢？仅2017发表高水平文章41篇，截止1月15日，累计发表文章532篇，引用110791次，代表作QIIME引用9539次。本篇综述内容非
2018-01-16 22:57:18
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原创 Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文
关于测试数据共享文件声明百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改为jpg才通过审核)时为避免被和谐，采用后台回复获取可更新下载链接的方式。而扩增子、宏基因组、网络教程的测序数据为方便大家使用，直接将链接贴在正文中，半年来累计下载转存超过5000次，为大家参考格式准备数据、自学分
2018-01-16 00:04:41
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原创 微生物组：3分和30分文章差距在哪里？
好的分析和可视化，可以提供大量的信息，同时兼顾简洁优雅。今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素，仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里？以2017年8月25日发表在Sciences杂志上的封面文章为例，简介顶级文章的图版设计、组合、展示方式，再顺便回想一下您读过的其它文章，尤其是3分级别文章，那差异不言而喻。此篇Science正文仅有3幅图，但却准确传达了
2018-01-14 20:48:12
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原创 比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord
线性判别分析LDA线性判别分析，英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域（比如人脸识别，舰艇识别等图形图像识别领域）中有非常广泛的应用，在生物学大数据研究中同样也有广泛应用，比如前几个月的Sicence封面文章哈扎人菌群研究就使了此方法，因此我们有必要了解下它的算法原理[1]。LDA的思想LDA是一种监督学习的降维技术，也
2018-01-07 09:15:40
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原创 NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关联分析MWAS)
之前我们平台分享过《Nature：宏基因组关联分析》综述，让大家系统的了解这一领域。同时还分享过一篇 《GigaScience:谷子产量与微生物组关联分析》是植物领域中的优秀工作。今天再分享一篇在动物中的研究，供大家学习。值得一提的是此文也是微生物所王军老师早年参与的文章之一。基于易感自免疫皮肤水疱小鼠全基因组关联基因与微生物互作Genome-wide mapping of gene
2018-01-06 08:46:19
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原创 16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun
之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： - PICRUSt预测宏基因组： 优点是高引流行，但缺点是数据太旧，GreenGene数据库13年5月后再无更新。 - FAPROTAX预测元素循环：主要基于物种名预测元素循环相关功能。 - bugbase预测细菌表型：主要
2018-01-03 09:46:18
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原创 ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品
ggrepel解决标签之间重叠问题简介有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少也需要6次以上生物学重复，如人类这种无法控制基因型和生活环境的研究对象，实验组至少30个起才容易发现有统计为意义的差异菌。而在样品比较、样品筛选时又必须看清这些点名字，用于筛选掉一些记录错误、未报抗生素使用或隐性疾病等
2018-01-02 20:13:12
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原创 宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点
回顾2017年，是宏基因组公众号从无到有的一年。从一人独行，到多人分享，更是我个人成长最大的一年，也同样是很多朋友事业再上新台阶的一年。感谢几十位贡献者，和1.2万关注者同我们一路一起走过，真诚邀请每位读者积极参与本领域知识和技术的分享，自己成长并造福同行。祝大家2018，一定要发papers!宏基因公众号简史2017年5月21日，注册“宏基因组”公众号，并于当日推送首条消息《宏基因组公众号创立—
2018-01-01 23:08:52
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
空空如也
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