缘起

昨天证实了一件事情，因为前段时间测试SPM5的新功能和分析性能，当我使用SPM开发中心提供的face_rep数据集进行测试时，出现了很有意思的事情：每次到了categorical估计的时候，总会在ReML迭代估计时出现如下错误：

Temporal non-sphericity (over voxels)   :             ...REML estimation
  ReML Block                  - 1
  ReML Iteration              : 1                            ...NaN
Warning: Matrix is close to singular or badly scaled.
         Results may be inaccurate. RCOND = -1.000000e+00.
> In spm_reml at 90
  In spm_spm at 855
  In spm_config_fmri_est>run_est at 382
  In spm_jobman>run_struct1 at 1384
  In spm_jobman>run_struct1 at 1392
  In spm_jobman>run_struct1 at 1392
  In spm_jobman>run_struct at 1351
??? Error using ==> svd
NaN or Inf prevents convergence.

这随后导致我开始了长达一个月的诊断过程。

我的基本运行环境

• 操作系统：RedHat9.0
• 系统硬件：奔腾4Xeon处理器4个、6GB内存
• MATLAB版本：Release 14 with SP3
• SPM版本：spm5 with Updates_456

初步诊断结果

第一反应就是只取少量数据在windows平台下看看是否错误会重现，结果在我的桌面机(WinXP/MATLAB7.1)上顺利完成分析，从而结论就是：linux版本的MATLAB有问题。随后，查阅SPM的mailist，发现三月份有人报告了类似的问题，但是后面给出的解答都是不能解决我的问题，但是到那时我还是一直认为是能够通过SPM的下一周期updates解决这个问题。

最终诊断结论

前天的中午，收到SPM的消息说刚刚发布新的升级程序包Updates573，满怀欣喜的下载升级了服务器上的SPM5，重新执行估计任务，错误依旧。到这时，我终于对我使用的linux系统有了些怀疑，出发点很简单：我的linux内核和GLIBC都比较老了，也一直没保持更新，这可能会和去年刚刚出现的MATLAB Release14会有冲突，或者说系统对于某些MATLAB新特性不能够很好支持，最直接的一个原因就是gcc编译器和系统内核版本，因为SPM中的mex文件就是利用某个C/C++编译器在linux下编译而成的，所以我登陆MATLAB的动态链接函数的编译器需求和内核需求信息网页，证实了确实有这些限制。于是，将数据和SPM5转移到另外一台安装RedHat Anvanced Server4.0的服务器，同样进行估计，结果顺利通过。

结论

不要把MATLAB Release14装在内核或者glibc版本太低的操作系统，要不然，就等着痛苦了。耗时一个月我解决了这个问题！

发表于 @ 2006年07月28日　13:30:00 | 评论( loading... ) | 编辑| 举报| 收藏

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