运维最新宏基因组学中如何计算分箱结果bins（基因组）的丰度？_coverm(2)，2024年华为Linux运维面经

最后的话

最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！

资料预览

给大家整理的视频资料：

给大家整理的电子书资料：

如果本文对你有帮助，欢迎点赞、收藏、转发给朋友，让我有持续创作的动力！

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！

一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！

MetaWRAp（Metagenomic Workflow for Assembly, binning, and annotation）是一个用于处理宏基因组学数据的工具，包括元组装、分箱（binning）、基因组注释等功能。要基于 MetaWRAp 计算宏基因组分箱结果的丰度，你可以按照以下步骤进行：

1. 安装 MetaWRAp：首先确保已经安装了 MetaWRAp 工具。你可以通过官方的 GitHub 页面（https://github.com/bxlab/metaWRAP）或者相关文档找到安装说明。
2. 准备输入数据：准备你的宏基因组学数据，包括原始测序数据（fastq 或者 fasta 格式）以及进行元组装得到的 contigs 或 scaffolds。
3. 运行 MetaWRAp：使用 MetaWRAp 中的相应工具来计算 bins 的丰度。在 MetaWRAp 中，你可以使用 metabat2_wf 或 maxbin2_wf 等工作流来执行分箱操作，并获得 bins 的丰度信息。

示例命令（以 MetaBAT2 为例）：

source activate metawrap

#示例：
metawrap metabat2_wf -o output_directory -t num_threads assembly.fasta reads_1.fastq,reads_2.fastq

metawrap quant_bins \
    -t 32 \
    -o Bin_quant/ \
    -b Bin/ \
    -a final.contigs.fa \
    Clean_data/H*.fastq

# 参数：
# -t # 线程
# -o # 输出文件夹（自动创建）
# -b # Bin所在文件夹
# -a # contig组装结果
# 最后是fastq/a（初始数据）文件所在文件夹

其中：

• -o output_directory：指定输出目录。
• -t num_threads：指定线程数。
• assembly.fasta：是你的组装后的 contigs 或 scaffolds 文件。
• reads_1.fastq,reads_2.fastq：是原始测序数据（paired-end reads）。

这个挺好的就是直接出图了，相应数据结果直接在bin_quant文件夹。

2、基于coverm环境计算bins丰度

CoverM 是一个用于基因组学和宏基因组学研究的工具，用于评估基因组或分箱（bins）的覆盖度和丰度。以下是使用 CoverM 计算 bins 丰度的一般步骤：

1. 安装 CoverM：首先需要安装 CoverM 工具及其相关依赖。你可以从 CoverM 的官方 GitHub 页面（https://github.com/wwood/CoverM）获取安装说明。
2. 准备输入数据：准备输入数据，这通常是包含基因组组装结果的 FASTA 格式文件。这可能是来自于元组装工具（如MetaBAT、MaxBin、CONCOCT等）输出的 bins。
3. 运行 CoverM：使用 CoverM 来计算 bins 的丰度。下面是一个示例命令：

coverm contig \
  --genome-fasta input_bins.fasta \
  --min-read-aligned-percent 95 \
  --min-read-aligned-length 1000 \


![](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/9a8cb5f8c0ec69e6499adead0da6e95b.png)


最全的Linux教程，Linux从入门到精通

======================

1.  **linux从入门到精通(第2版)**

2.  **Linux系统移植**

3.  **Linux驱动开发入门与实战**

4.  **LINUX 系统移植 第2版**

5.  **Linux开源网络全栈详解 从DPDK到OpenFlow**



![华为18级工程师呕心沥血撰写3000页Linux学习笔记教程](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/59742364bb1338737fe2d315a9e2ec54.png)



第一份《Linux从入门到精通》466页

====================

内容简介

====

本书是获得了很多读者好评的Linux经典畅销书**《Linux从入门到精通》的第2版**。本书第1版出版后曾经多次印刷，并被51CTO读书频道评为“最受读者喜爱的原创IT技术图书奖”。本书第﹖版以最新的Ubuntu 12.04为版本，循序渐进地向读者介绍了Linux 的基础应用、系统管理、网络应用、娱乐和办公、程序开发、服务器配置、系统安全等。本书附带1张光盘，内容为本书配套多媒体教学视频。另外,本书还为读者提供了大量的Linux学习资料和Ubuntu安装镜像文件，供读者免费下载。



![华为18级工程师呕心沥血撰写3000页Linux学习笔记教程](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/9d4aefb6a92edea27b825e59aa1f2c54.png)



**本书适合广大Linux初中级用户、开源软件爱好者和大专院校的学生阅读，同时也非常适合准备从事Linux平台开发的各类人员。**

> 需要《Linux入门到精通》、《linux系统移植》、《Linux驱动开发入门实战》、《Linux开源网络全栈》电子书籍及教程的工程师朋友们劳烦您转发+评论




**网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。**

**[需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！](https://bbs.csdn.net/forums/4f45ff00ff254613a03fab5e56a57acb)**

**一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！**

et/forums/4f45ff00ff254613a03fab5e56a57acb)**

**一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！**