2301_78630677的博客

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本文主要是记录了重测序数据处理流程：对于送往公司的DNA样品进行重测序后，得到的数据进行一系列处理得到vcf文件。补充——重测序数据处理的理论以及其它相关了解内容数据处理程序流程图！！！后续处理流程的代码仅供参考，请根据自己的实际情况自行修改！本文主要了对重测序数据进行处理得到vcf文件的流程，从得到rawdata，用fastp对数据进行质控和过滤，使用getorganelle软件对叶绿体基因组进行组装、通过构树鉴定所需个体；

碧云天，黄叶地，秋色连波–2024-3-12。

本文主要记录了本人如何使用bwa对测序数据进行mapping，再使用SOAPdenovo2对核序列进行从头组装成scaffolds，再使用CandiSSR寻找多态性核SSR。最后整理成一个文件。根据文献中的所用方法步骤来完成：整理形成的文件表格：本文主要学会的是如何对测序数据进行多态性核SSR的鉴定。从第一步的使用bwa软件将测序数据映射到参考序列中，获得仅包含核reads的bam数据；到第二步的使用SOAPdenovo2程序将bam数据进行从头组装成scaffolds；

之前得到了经过SNP过滤后的vcf文件，本文就使用该文件进行后续的群体遗传结构分析之前的博文：SNP过滤本文记录了一下群体遗传结构的分析并绘图过程中所做的笔记。主要使用了admixture软件进行了群体遗传结构分析；使用了pophelper包和TBtools软件进行了遗传结构堆积柱状图的绘制；使用了mapmixture包进行了遗传结构的地图分布，同时其也可用于前面的堆积柱状图的绘制。差不多就这些（遇到的主要难题还是前面pophelper包的安装，因为版本兼容等问题，花费了些许时间）。。。

之前（也就是博客重测序数据处理得到vcf文件）得到了原始的vcf文件，本文就使用该文件进行SNP过滤，以便后续的分析也就是本文是对博客【重测序数据处理得到vcf文件】的补充首先对原来的vcf文件进行过滤，得到一个高质量的vcf文件，用于后续的群体遗传结构分析原始文件：图文详解 VCF 生信格式 (变异信息)本文主要记录了对之前得到的原始的vcf文件进行SNP过滤后，保留过滤后的位点数据。先用perl脚本统计位点信息，再用R脚本获得过滤后的位点位置信息，最后用vcftools保留过滤后的位点。

2024/1/21主要做了对vcf原文件进行处理，然后筛选出位点2024/7/22 更新：重测序数据处理得到vcf文件。

因为从网站下载的是全球气候数据，而我们需要截取成中国部分，需要用到Arcgis的裁剪工具。

前一篇文章中对环境数据进行了提取，提取了原始的数据后，根据所需要求对原始数据进行预处理，本章将介绍一下对得到的环境数据进行降维处理。#比如对气温数据进行降维#再比如降水数据集#其它数据集也类似本章简单介绍了一下对先前得到的原始环境数据文件进行降维处理的操作。得到预处理后的数据后，就需要正式进入具体的分析了，根据要求的目的，利用这些数据进行专门的分析。三十辐，共一毂（gŭ)，当其无，有车之用。–2023-9-29 实验篇。

基于GSAman这个软件对基因结构注释信息进行人工矫正，得到矫正后的gff文件。参考文章无，简单了解了一下IGV-GSAman这个软件。上善若水。水善利万物而不爭，處眾人之所惡，故几于道。– 2023-9-21 筑基篇。

首先得到了一个样本分布点的群体经纬度文件，之后欲提取环境数据。本章将简单介绍一下。这一章简单介绍了如何根据样本的群体经纬度来提取环境数据，得到了许多不同类别的环境数据。道沖，而用之或不盈。淵兮，似万物之宗；湛兮，似或存。吾不--2023-9-20 实验篇

本文主要简述了基于MEME工具箱中的工具进行Motif分析，了解到了有关Motif分析的相关知识。通过该分析可识别序列中重复出现的模式或序列片段。感时花溅泪，恨别鸟惊心–2023-8-27

在基因家族分析中，通过观察基因家族成员在染色体上的位置。可以判断在染色体上是否成簇分布。本章是在TBtools软件上进行操作的，十分快速得得到了染色体位置分析的可视化图形。通过对图形的观察来判断家族成员基因在染色体上是否成簇分布。天苍苍，野茫茫，风吹草低现牛羊。–2023-8-22 实验篇。

本文主要介绍了使用TBtools软件来进行基因组间的共线性分析，并进行可视化。对于物种间共线性的分析，使用TBtools软件，主要是基于MCScanx工具的算法进行的。可以用于检测和可视化基因组中的共线性区域，从而发现不同物种中的保守基因组区域。借问酒家何处有，牧童遥指杏花村。–2023-8-22 实验篇。

本文主要讲述的是Ka/Ks 值的计算，其实无论是使用ParaAT2.0 + KaKs_Calculator2.0来计算，还是使用TBtools软件中的" Sinple Ka/Ks Calculator" 程序。都是为了得到结果。我个人还是比较推荐使用TBtools软件的，因为足够简单（不需要在Linux中再下载一些什么软件后再配置环境了，只要输入三个文件，就能得出结果文件）。当然或许它也会有一些其它问题。这样我们可以具体情况再具体分析。无丝竹之乱耳，无案牍之劳形。--2023-8-21 实验篇

系统发育树构建的软件大致有如下几种策略：从最简单的UPGMA法，到邻接法，最大简约法，再到最大似然法，以及贝叶斯法。其中最大似然法和贝叶斯算法是比较常用的构建进化树的方法。而本文主要讲述的是基于最大似然法的构树。本章主要简述了在Linux中通过muscle软件进行多序列比对，然后经过trimal软件进行修剪，以提高构树的准确性，再然后则是使用iqtree软件得到树文件。最后将得到的树文件导入figtree软件中可视化，并且美化进化树。最是人间留不住，朱颜辞镜花辞树–2023-8-17 实验篇

理化性质与亚细胞定位本章详细介绍了许多用于亚细胞定位的网站，其中，我还是比较推荐 WoLFPSORT这个网站的（简单易懂，十分好上手）。至于后续的代码实现我也是基于这个网站，但是因为爬虫学习还不到位（无法爬取到结果页面的url)。只能等以后在学习爬虫时，再修改。羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关。–2023-8-12 实验篇。

参考 : https://www.jianshu.com/p/6453d74c275b本文总结了一下在基因家族鉴定中的理化性质分析以及亚细胞定位。分别用到了TBtools软件以及"Cell-PLoc 2.0"网站。天上白玉京，十二楼五城–2023-8-7 实验篇。

这篇文章算是我完成 "鉴定不同基因的复制模式"这一任务的总结，从工具的下载到数据文件的准备再到最后的执行，成功得到了结果文件。（在这一过程中，可能会因为操作环境的不同而导致出现错误）。仙人抚我顶，结发受长生–2023-8-8 实验篇。

在得到一个全基因组复制（WGD）分析结果文件后，如何对数据集中的ks值进行ks密度分布图的绘制。本章就简单介绍一下方法。本章简单介绍了一下Ks、Ka的概念，以及如何用R语言实现Ks密度分布图的绘制。恰同学少年，风华正茂；--2023-8-3 实验篇

这几天，一直在探索基因家族成员鉴定代码实现可能性，思路一，思路二都因为各种原因被pass,只有思路三这种无脑且费时的操作能进行下去。这也算是没有办法的办法吧。其实，在我看来，我失败了，我并没有通过代码快速实现任务。顶多是由机器代替了我，而且不是全部代替，花费的时间甚至更长，而且最后的分步执行程序也不是太稳定，可能依然会出错。好了，今天的总结就到这里吧。黄鹤一去不复返，白云千载空悠悠。-2023-7-19 实验篇

今天认识了生信分析中一个十分实用的软件——TBtools ，我将带大家初识一下该软件，使用该软件进行基因家族成员鉴定。有关生物知识，请看 生物笔记——注解（一)这篇文章是我学习基因家族成员鉴定的笔记，亦是我的第一篇有关生信分析的文章，或许还有许多不够详细之处，请理解。孤帆远影碧空尽，唯见长江天际流。-2023-7-14 实验篇