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RSS订阅原创 R第二讲：KM法绘制生存曲线
#下载的文件需要先查看一下，phe.txt是手动从matrix.txt文件里复制粘贴创建的（characteristic行）绘制累积风险曲线和总患者生存曲线，还有分面生存曲线（ggsurvplot_facet()函数），第二步：提取表达矩阵中感兴趣的基因作为分组，合成生存分析所需要的文件，以EZH2为例。表型文件（包括生存状态等），表达值（以某个基因表达量作为分组的话）如果是手动下载的文件需要读取成可用的格式，用fread函数。还有几种不同的自定义设置查看当时R脚本，不一一粘贴了。
2023-08-16 09:35:05
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原创 R第一讲：从GEO得到GSE文件，探针转换成完整的表达矩阵
a1=strsplit(x1,split = " /// ",fixed = T)##分隔x1里重复的基因。g1=data.frame(x2,gene.all)##实际上是对粗略提取出来的对应关系进行细化。exp1=merge(g1,exp, by.x = "x2",by.y = 0)##初步对应好了。gene=anno[ ,c(1,11)]##提取anno中探针和gene id的对应关系。exp=as.data.frame(exp)##操作才能进行下去。exp3=exp3[ ,-1]##运行两遍。
2023-08-15 10:53:50
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原创 BiocManager安装包报错，cannot open URL解决方法
7.重装R和重新下载biocmanager包，也不行，最后让我找到一个非常简洁的回答，按照大神的回答的试了一下，居然可以了！重新下了lifecycle还是不行，于是怒重装更高R版本，重新运行第7条的代码，这次终于可以了。在使用Biocmanager安装GEOquery时报错，安装不上，如下图显示。5.怀疑是联网问题，额外运行两行代码，也无效。有个情况非常类似的，按照她的方法也试了。里面第二个回答的代码也试了，无效无效。已经花了一个下午时间了，要疯了。6.又找到一个方法，无效。1.更换IE配置，无效。
2023-08-13 20:48:17
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空空如也
DEseq2数据导入-RSEM值能做吗？
2023-11-10
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