下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用,填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。
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一、Source区(左上角1区,文本编辑框)
这个区域主要用于撰写代码。刚启动时,可能看不到这个区域。可以点击左上角的【File】→【New File】→【R Script】打开Source区。在处理数据时,我们通常不在控制台输入命令,而是编写一个脚本文件来表示整个操作过程的逻辑流。脚本文件可以是R脚本、Markdown文档、网页或其他类型的配置文件,甚至是C++源代码。该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行
Source区支持多个标签页,大家可以同时打开和编辑多个文件。在进行复杂项目时,这个功能非常实用,可以在不同的脚本文件之间快速切换。同时,大家可以选择性地运行代码片段、整个脚本或特定的行。
编辑需要记住R语言的代码规范
以下是一些简单的R语言代码规范,帮助大家编写更好的R代码。
1.1 代码布局和缩进
- 缩进:使用空格(推荐2或4个空格)进行缩进,不要使用Tab键。保持代码结构清晰。
- 行长度:每行代码尽量控制在80个字符以内。如果代码较长,可以适当换行并缩进。
# 良好的缩进
my_function <- function(x, y) {
result <- x + y
return(result)
}
1.2 注释
- 注释:注释应该简明扼要,解释代码的功能和逻辑。为每个函数和复杂的代码段添加注释。
- 注释符号:使用
#
符号添加单行注释。对于多行注释,可以在每行前面添加#
。
# 计算两个数的和
my_function <- function(x, y) {
# 将x和y相加
result <- x + y
return(result) # 返回结果
}
1.3 变量和函数命名
- 命名规则:变量和函数的名称应该具有描述性,使用小写字母和下划线分隔单词(snake_case)。
- 避免缩写:尽量避免使用缩写,确保名称清晰易懂。
# 良好的命名
total_sales <- 1000
calculate_mean <- function(values) {
mean_value <- mean(values)
return(mean_value)
}
1.4 空格和空行
- 空格:在操作符(如
<-
、+
、-
等)两边留空格,增强可读性。 - 空行:在函数之间、代码逻辑段之间使用空行,使代码结构更清晰。
# 使用空格和空行
my_function <- function(x, y) {
result <- x + y
return(result)
}
1.5 函数定义
- 函数定义:函数定义应清晰,包括函数名、参数和返回值。每个函数应只做一件事,并保持简短。
- 文档字符串:为函数添加文档字符串,解释函数的功能、参数和返回值。
# 计算均值的函数
# 参数:values - 数值向量
# 返回:均值
calculate_mean <- function(values) {
mean_value <- mean(values)
return(mean_value)
}
1.6 文件和项目结构
- 文件命名:R脚本文件应使用小写字母和下划线分隔单词,文件名应具有描述性。
- 项目结构:将R脚本、数据、图表和文档分别存放在不同的文件夹中,保持项目结构清晰。
my_project/
├── data/
│ └── sales_data.csv
├── R/
│ └── analysis.R
└── output/
└── sales_plot.png
1.7 遵循R社区的风格指南
- 风格指南:遵循R社区推荐的代码风格指南,如《Tidyverse Style Guide》和《Google's R Style Guide》。这些指南提供了详细的编码规范和最佳实践。
二、Console, Terminal, Jobs区(右上角2区,控制台)
上图,在RStudio中,Console、Terminal、和Background Jobs(后台作业)是三个不同的组件,各自有其独特的功能和用途。
2.1 Console
RStudio的Console(控制台)是一个非常重要的组件,主要用于交互式执行代码、显示输出结果、查看警告和错误信息、管理历史记录、提供代码补全和帮助文档查询、加载和管理R包、管理工作环境,以及与其他RStudio面板(如Source编辑器和Environment面板)交互,为R用户提供了一个直接与R解释器交互的接口。
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第一章:认识数据科学和R
1章1节:数据科学的发展历程,何 R 备受青睐及我们专栏的独特之处(更新20240822)-CSDN博客
1章2节:关于人工智能、机器学习、统计学连和机器学习、R 与 ChatGPT 的探究 (更新20240814)-CSDN博客
1章3节:R 语言的产生与发展轨迹(更新2024/08/14)-CSDN博客
1章4节:数据可视化, R 语言的静态绘图和 Shiny 的交互可视化演示(更新20240814)-CSDN博客
第二章:R的安装和数据读取
2章1节:R和RStudio的下载和安装(Windows 和 Mac)_rst语言选择哪个镜像-CSDN博客
2章2节:RStudio 四大区应用全解,兼谈 R 的代码规范与相关文件展示_rstudio的console和terminal-CSDN博客
2章3节:RStudio的高效使用技巧,自定义RStudio环境(更新20240823)_rstudio如何使用-CSDN博客
2章4节:用RStudio做项目管理,静态图和动态图的演示,感受ggplot2的魅力-CSDN博客
2章5节:认识和安装R的扩展包,什么是模糊搜索安装,工作目录和空间的区别与设置(更新20240807 )-CSDN博客
2章6节:R的数据集读取和利用,如何高效地直接复制黏贴数据到R(更新20240807 )_r语言 复制数据集-CSDN博客
2章7节:读写RDS,CSV,TXT,Excel,SPSS、SAS、Stata、Minitab等的数据文件(更新20240807)_r语言读取rds文件-CSDN博客
2章8节:一文学会 R Markdown 的文档核心操作,切记文末有R资源的分享_r markdown文件(.rmd)-CSDN博客
2章9节:认识R与数据库连接和网络爬虫,学会在R中使用SQL语言_sql和r语言-CSDN博客
2章10节:用 R 直接下载并分析 NHANES 数据库的数据,文末示例自创便捷下载函数(更新20240807)_nhanes数据分析-CSDN博客
第三章:认识数据
3章1节:数据的基本概念以及 R 中的数据结构、向量与矩阵的创建及运算-CSDN博客
3章2节:继续讲R的数据结构,数组、数据框和列表-CSDN博客
3章3节:R的赋值操作与算术运算_r里面的赋值-CSDN博客
第四章:数据的预处理
4章1节:全面了解 R 中的数据预处理,通过 R 基本函数实施数据查阅_r数据预处理-CSDN博客
4章2节:从排序到分组和筛选,通过 R 的 dplyr 扩展包来操作-CSDN博客
4章3节:处理医学类原始数据的重要技巧,R语言中的宽长数据转换,tidyr包的使用指南-CSDN博客
4章4节:临床数据科学中如何用R来进行缺失值的处理_临床生存分析缺失值r语言-CSDN博客
4章5节:数据科学中的缺失值的处理,删除和填补的选择,K最近邻填补法-CSDN博客
4章6节:R的多重填补法中随机回归填补法的应用,MICE包的实际应用和统计与可视化评估-CSDN博客
4章7节:用R做数据重塑,数据去重和数据的匹配-CSDN博客
4章8节:用R做数据重塑,行列命名和数据类型转换-CSDN博客
4章9节:用R做数据重塑,增加变量和赋值修改,和mutate()函数的复杂用法_r语言如何在数据集中添加变量-CSDN博客
4章10节:用R做数据重塑,变体函数应用详解和可视化的数据预处理介绍-CSDN博客
4章11节:用R做数据重塑,数据的特征缩放和特征可视化-CSDN博客
4章12节:R语言中字符串的处理,正则表达式的基础要点和特殊字符-CSDN博客
4章13节:R语言中Stringr扩展包进行字符串的查阅、大小转换和排序-CSDN博客
4章14节:R语言中字符串的处理,提取替换,分割连接和填充插值_r语言替换字符串-CSDN博客
4章15节:字符串处理,提取匹配的相关操作扩展,和Stringr包不同函数的重点介绍和举例-CSDN博客
4章16节:R 语言中日期时间数据的关键处理要点_r语言 时刻数据-CSDN博客
第五章:定量数据的统计描述
5章1节:用R语言进行定量数据的统计描述,文末有众数的自定义函数-CSDN博客
5章2节:离散趋势的描述,文末1个简单函数同时搞定20个结果-CSDN博客
5章3节:在R语言中,从实际应用的角度认识假设检验-CSDN博客
5章4节:从R语言的角度认识正态分布与正态性检验-CSDN博客
5章5节:认识方差和方差齐性检验(三种方法全覆盖)-CSDN博客
5章9节:组间差异的非参数检验,Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis检验-CSDN博客
第六章:定性数据的统计描述
6章1节:定性数据的统计描述之列联表,文末有优势比计算介绍-CSDN博客
6章2节:认识birthwt数据集,EpiDisplay和Gmodels扩展包的应用-CSDN博客
6章3节:独立性检验,卡方检验,费希尔精确概率检验和Cochran-Mantel-Haenszel检验-CSDN博客
6章4节:相关关系和连续型变量的Pearson相关分析-CSDN博客
6章5节:分类型变量的Spearman相关分析,偏相关分析和相关图分析-CSDN博客
6章6节:相关图的GGally扩展包,和制表的Tableone扩展包-CSDN博客