IVIS: 基于孪生神经网络的大规模数据降维和可视化工具

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于 2024-09-25 16:54:10 发布

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文章标签：神经网络人工智能深度学习

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IVIS简介

IVIS(Interpretable Visual Information System)是一种基于孪生神经网络的数据降维和可视化算法,由Bering Research公司开发。它专门设计用于处理超大规模、高维度的数据集,能够有效保留数据的局部和全局结构,为数据分析和可视化提供强大支持。

IVIS的核心思想是使用孪生神经网络对数据点进行三元组训练,通过最小化相似样本之间的距离、最大化不相似样本之间的距离,来学习数据的低维表示。这种方法不仅可以处理连续型特征,还能很好地处理分类特征,使其在各种异构数据集上都有良好的表现。

IVIS大规模数据可视化示例

IVIS的主要特点

IVIS具有以下几个突出的特点,使其成为数据科学家和研究人员的有力工具:

可扩展性强: IVIS能够高效处理数百万个观测值和数千个特征,适用于大规模数据集的分析。
versatile多功能: 支持numpy数组、稀疏矩阵和hdf5文件等多种数据格式,同时能够处理连续型和分类型特征,使其在聚类、异常检测等多种任务中表现出色。
准确性高: IVIS在保留数据局部和全局结构方面表现优异,often优于t-SNE等传统方法,使得高维数据的可视化和解释变得更加容易。
可泛化: 支持通过transform方法将新数据点添加到原有嵌入中,便于与scikit-learn的Pipeline无缝集成。
支持监督学习: 除了无监督模式,IVIS还支持监督学习模式,可以利用标签信息进行降维,进一步提高特定任务的性能。
可视化友好: 提供了多种可视化回调函数,方便用户在训练过程中监控模型性能和嵌入效果。

IVIS的工作原理

IVIS的核心是一个基于三元组损失的孪生神经网络。其工作流程主要包括以下步骤:

数据预处理: 对输入数据进行标准化或归一化处理。
三元组采样: 为每个锚点样本随机选择正样本(相似样本)和负样本(不相似样本)。
网络训练: 将三元组输入孪生神经网络,通过最小化锚点-正样本距离和最大化锚点-负样本距离来学习数据的低维表示。
降维映射: 使用训练好的网络将高维数据映射到低维空间。
可视化或后续分析: 对降维后的数据进行可视化或进行聚类、分类等分析任务。

这种基于三元组的训练方式使IVIS能够有效捕捉数据的局部和全局结构,从而在保留数据拓扑关系的同时实现有效的降维。

IVIS的应用场景

IVIS在多个领域都有广泛的应用前景,包括但不限于:

生物信息学: 用于单细胞RNA测序数据的可视化和分析,帮助研究人员发现细胞亚群和基因表达模式。
金融分析: 对大规模金融交易数据进行降维和可视化,识别异常交易和市场模式。
图像处理: 降低高维图像特征的维度,用于图像检索和相似度分析。
自然语言处理: 对大规模文本数据进行降维,用于文档聚类和主题建模。
推荐系统: 降低用户-物品交互矩阵的维度,提高推荐算法的效率和准确性。
异常检测: 在低维空间中更容易识别和可视化异常数据点。

IVIS的安装和使用

安装

IVIS基于TensorFlow构建,可以通过pip轻松安装。对于CPU版本:

pip install --upgrade pip
pip install ivis[cpu]

如果您有CUDA环境并希望使用GPU加速,可以安装GPU版本:

pip install ivis[gpu]

基本使用

使用IVIS进行降维的基本步骤如下:

from ivis import Ivis
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler
from sklearn import datasets

# 加载数据
iris = datasets.load_iris()
X = iris.data
X_scaled = MinMaxScaler().fit_transform(X)

# 创建IVIS模型
model = Ivis(embedding_dims=2, k=15)

# 拟合模型并进行降维
embeddings = model.fit_transform(X_scaled)

在这个例子中,我们将鸢尾花数据集从4维降到了2维,便于可视化。embedding_dims参数指定了降维后的维度,k参数控制每个数据点的近邻数量。