DNA限制性图谱的绘制
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绘制DNA限制性图谱是遗传生物学中的重要问题。由于DNA分子很长,目前的实验技术无法对其进行直接测量,所以生物学家们需要把DNA分子切开,一段一段的来测量。在切开的过程中,DNA片段在原先DNA分子上的排列顺序丢失了,如何找回这些片段的排列顺序是一个关键问题。
为了构造一张限制性图谱,生物学家用不同的生化技术获得关于图谱的间接的信息,然后采用组合方法用这些数据重构图谱。一种方法是用限制性酶来消化DNA分子。这些酶在限制性位点把DNA链切开,每种酶对应的限制性位点不一样。对于每一种酶,每个DNA分子可能有多个限制性位点,此时可以按照需要来选择切开某几个位点(不一定连续)。DNA分子被切开后,得到的每个片段的长度就是重构这些片段的原始顺序的基本信息。在多种获取这种信息的实验方法中,有一种广泛采用的方法:部分消化(the partial digest, PDP)方法。
在PDP中,采用一种酶,通过实验得到任意两个限制性位点之间片段的长度。假设与使用的酶对应的限制性位点有n个, 通过大量实验,可得到n+2个点(n个位点加上两个端点)中任意两点之间的距离,共 个值。然后用这 个距离来重构n个限制性位点的位置(解不一定唯一,两个端点对应于最长的距离)。若