BoringFantasy的博客

Homer 安装& wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl& perl configureHomer.pl -install # 当你需要安装或者删除package& perl configureHomer.pl -install package_name& perl configureHomer...

MACS14 安装$ wget http://github.com/downloads/taoliu/MACS/MACS-1.4.2-1.tar.gz$ tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz$ cd MACS-1.4.2# 这一步需要 sudo 权限$ python setup.py install -prefix /your_directory/...

MACS基本原理    TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peak出现的位置，是TF结合的热点，而peak-calling就是为了找到这些热点。    如何定义热点呢？通俗地讲，热点是这样一些位置，这些位置多次被测得的read所覆盖（我们测的是一个细胞群体，read出现次数多，说明该位置被TF结合的几率大）。那么，read数达...

FastQC 安装$ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip$ unzip fastqc_v0.11.7.zip$ chmod 744 fastqc# 将 fastqc 设置为可执行程序 ↑ or ↓$ chmod u+x fastqc基础质量控制# -o output...

参考基因组文件 .fna / .fa  (gzip -cd ref.fa.gz > a.fa待 补。。。

BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj bwa-0.7.17.tar.bz2 $ cd bwa-0.7.17$ make$./bwaBWA简单比对# 建立索引$ bwa index ref.fa# aln 算法# 建立 .sai 文件 $ ...

对图的解释非常细致 https://blog.csdn.net/roslei/article/details/61912618

斯坦福大学无监督特征学习和深度学习教程 http://ufldl.stanford.edu/wiki/index.php/UFLDL_TutorialDark_scope 系列博客 https://blog.csdn.net/dark_scope/article/details/9421061

Attention model记自己看过的感觉棒棒的博客和文章https://blog.csdn.net/malefactor/article/details/78767781  （张俊林博士，深度学习中的注意力机制(2017版)）https://blog.heuritech.com/2016/01/20/attention-mechanism/https://kexue.fm/archives/...