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RSS订阅原创 Homer -- Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment 配置及基本使用
Homer 安装& wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl& perl configureHomer.pl -install # 当你需要安装或者删除package& perl configureHomer.pl -install package_name& perl configureHomer...
2018-06-10 15:26:27
2453
原创 MACS14 - Model-based Analysis of Chip-Seq 配置 及 简单使用
MACS14 安装$ wget http://github.com/downloads/taoliu/MACS/MACS-1.4.2-1.tar.gz$ tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz$ cd MACS-1.4.2# 这一步需要 sudo 权限$ python setup.py install -prefix /your_directory/...
2018-06-08 15:43:27
3236
转载 MACS -- Model-based Analtsis of ChiP-Seq 原理
MACS基本原理 TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peak出现的位置，是TF结合的热点，而peak-calling就是为了找到这些热点。 如何定义热点呢？通俗地讲，热点是这样一些位置，这些位置多次被测得的read所覆盖（我们测的是一个细胞群体，read出现次数多，说明该位置被TF结合的几率大）。那么，read数达...
2018-06-08 14:39:59
3380
1
原创 FastQC 配置 及 基本使用
FastQC 安装$ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip$ unzip fastqc_v0.11.7.zip$ chmod 744 fastqc# 将 fastqc 设置为可执行程序 ↑ or ↓$ chmod u+x fastqc基础质量控制# -o output...
2018-06-07 18:18:18
10046
原创 BWA 及 Bowtie 配置及简单使用
BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj bwa-0.7.17.tar.bz2 $ cd bwa-0.7.17$ make$./bwaBWA简单比对# 建立索引$ bwa index ref.fa# aln 算法# 建立 .sai 文件 $ ...
2018-06-07 15:26:39
3132
原创 RNN和LSTM看过不错的博文
对图的解释非常细致 https://blog.csdn.net/roslei/article/details/61912618
2018-05-28 21:11:09
254
原创 待填的坑
斯坦福大学无监督特征学习和深度学习教程 http://ufldl.stanford.edu/wiki/index.php/UFLDL_TutorialDark_scope 系列博客 https://blog.csdn.net/dark_scope/article/details/9421061
2018-05-27 21:17:18
495
原创 Attention model 看过不错的博文
Attention model记自己看过的感觉棒棒的博客和文章https://blog.csdn.net/malefactor/article/details/78767781 （张俊林博士，深度学习中的注意力机制(2017版)）https://blog.heuritech.com/2016/01/20/attention-mechanism/https://kexue.fm/archives/...
2018-05-21 19:32:50
222
空空如也
空空如也
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