
学习过程中遇到的坑
2. 将两个 pdb 格式文件合并保存成一个 pdb 格式,如果使用 pymol 完成这一目的,保存的文件会有一定问题。比如,把蛋白文件和优化后的配体文件使用 pymol 合并保存成一个 PDB 格式文件,如果使用 PLIP(注:PDB 格式文件是 PDB_ID 为 5ANR 的配体 8RW,sdf 格式文件是该文件通过 openbabel 转换格式得到的,我使用的 RDKit 版本是 2019.03.4。转换格式,也可以试试 openbabel ,但是有的时候也会出错,识别不准芳香键,其他的倒还好。




