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RSS订阅原创 Pytorch网络参数初始化方法总结torch.nn.init
Pytorch网络参数初始化方法总结均匀分布初始化torch.nn.init.uniform_()正态分布初始化torch.nn.init.normal_()常量初始化torch.nn.init.constant_()Xavier初始化Xavier均匀分布初始化torch.nn.init.xavier_uniform_()Xavier正态分布初始化torch.nn.init.xavier_normal_()kaiming初始化kaiming均匀分布初始化torch.nn.init.kaiming_unifo
2020-12-09 16:59:22
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原创 真·从零开始配置实验室Linux服务器——包括Nvidia显卡驱动安装、Anaconda和Pycharm安装、Pytorch-GPU和Tensorflow-GPU配置、Matlab安装
更改输入法https://blog.csdn.net/qq_38737992/article/details/82229014创建用户paa
2020-11-23 10:28:34
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原创 如何使用脚本文件批量格式化修改文件名
获取文件夹中所有的文件名在存有所要修改文件的文件夹中新建一个.txt文件，在文件中输入以下指令并保存。DIR *.* /B >LIST.csv保存之后更改此.txt文件的后缀，重命名为.bat后缀，会有提示点击确认即可。然后双击运行这个.bat文件，会自动生成一个.csv文件，其中包含了文件中所有的文件名，获取成功。将原名替换为你想要的文件名删除.csv文件中.bat文件名和.csv文件名所在的那一行，只保留你想要更改的那部分文件。在现有表格的左侧插入一空白列，填充上ren
2020-11-17 10:58:55
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原创 深度学习中图像分割性能的度量指标总结
图像分割度量指标Pixel accuracy（PA 像素精度）Mean Pixel Accuracy （MPA 平均像素精度）Intersection over Union (IoU) or Jaccard IndexMean-IoUPrecision / Recall / F1 scoreDice coefficient参考文献：Image Segmentation Using Deep Learning:A SurveyPixel accuracy（PA 像素精度）简单地找到正确分类的像素的比率，
2020-10-24 22:14:58
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原创 Pytorch笔记——学习率的调整torch.optim.lr_scheduler
参考资料：官方文档在训练网络的时候需要根据不同的训练阶段对网络的学习率进行调整，以得到较好的训练效果，有时候会觉得手动调整学习率的过程比较枯燥繁重，可以考虑尝试一下pytorch中的orch.optim.lr_scheduler的模块对学习率进行调整。这里介绍几个个人目前用的比较多的。ReduceLROnPlateau这是我目前用的最多的学习率调度器。这一调度器的作用是在某一指标没有被改善的时候降低学习率。torch.optim.lr_scheduler.ReduceLROnPlateau(opti
2020-09-19 16:54:26
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原创 Pytorch调用预训练模型输出结果时报错argument ‘input‘ (position 1) must be Tensor, not collections.OrderedDict
在使用pytorch中的torchvision.models.segmentation.fcn_resnet50进行获得已经训练好的预训练模型时，所得结果的输出给我提示说collections.OrderedDict' object has no attribute 'shape'。直译过来就是collections.OrderedDict对象没有shape这一属性，给我整的一脸蒙逼，直接调用的网络输出为什么不是tensor而是一个有序数组呢。在国内找了好久没找到解决答案，于是就去谷歌上搜了一下找到了解决
2020-09-13 15:52:56
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原创 医学图像分割实战——使用U-Net实现肾脏CT分割
使用U-Net实现肾脏CT分割数据集准备数据来源数据预处理网络结构及代码网络结构训练代码训练过程参数设置：可视化结果分析数据集准备数据来源MICCAI KiTS19(Kidney Tumor Segmentation Challenge)：https://kits19.grand-challenge.org/KiTS2019是MICCAI19的一个竞赛项目，项目的任务是对3D-CT数据进行肾脏和肾脏肿瘤的分割，官方的数据集提供了210个case作为训练集，90个case作为测试集。共有800多人报名
2020-09-01 16:55:52
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原创 医学图像标注工具教程——从零开始使用ITK-SNAP进行医学图像手动分割
从零开始使用ITK-SNAP进行医学图像手动分割下载与安装文件载入手动分割套索标注画笔标注分割结果保存下载与安装官网下载地址：点击这里建议选择3.6.0稳定版，安装根据提示进行安装。文件载入要求文件路径及名称不包含中文，载入方式有两种。第一种是直接拖动较为简单，可以拖入单张图片或者文件夹。第二种是进入软件界面点击左上角的File，然后选择Open Main Image。接着在以下界面中选择要读取的dicom文件格式，单张dicom或者序列或者其他。注意路径中一定不能有中文否则会报错。除了di
2020-08-31 15:42:58
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原创 医学图像处理国际学术会议2021年投稿截止时间及举办时间总结
会议名称提交截止举办日期信息来源MICCAI20202020.3.172020.10https://www.miccai2020.org/en/CONFERENCE-TIMELINE.htmlISBI20212020.10.152021.4https://biomedicalimaging.org/2021/EMBC20212021.1.222021.7https://embc.embs.org/2021/MIDL20212021.7http...
2020-08-27 20:33:53
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原创 使用python玩转dicom文件——医学图像处理工具pydicom入门教程
从医院采集的超声数据因为时间跨度大、设备差异等原因比较乱，想着找找工具怎么把这些dicom格式的文件整理一下，于是瞄准了pydicom这一工具。中文资料也很鱼龙混杂，干脆自己去他们的官方文档直接学习。安装方式是很简单的在anaconda中pip install pydicom参考资料：pydicom官方文档版本：pydicom 2.0.0pydicom入门数据读取信息获取数据写入使用matplotlib进行可视化数据读取数据读取使用dmread()import pydicomfpath='u
2020-08-20 17:10:08
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原创 医学图像标注工具教程——从零开始使用3D Slicer进行医学图像手动分割
3D Slicer手动分割软件下载及安装数据导入导入CT序列文件夹导入单张超声基本交互操作窗位和窗宽的调整改变切片及寻找特定点对应的三维切片图像分割功能介绍PaintDrawEraseLevel tracingGrow from seedsFill between slicesThreshold & Margin & HollowSmoothingScissors & IslandsLogical operator分割结果的保存软件下载及安装下载地址：官网的4.11.0版本数据
2020-08-19 17:37:01
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原创 文献阅读-ICRA2020-具有软流体驱动执行器的经皮MRI引导针机器人的设计
文章序号、所属单元及链接：3281-Medical Robots and Systems一作所属单位：University of Hong Kong读后体会：可以多个机器人同时在多个位置进行针头瞄准。具有软流体驱动执行器的经皮MRI引导针机器人的设计AbstractIntroductionClinical Workflow With the Proposed SystemMethodsA.设计标准B.机器人平台概述C.软流体驱动执行器D.被动式持针器E. 针导的颗粒锁定F.定位运动学Performan
2020-08-16 22:02:43
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原创 文献阅读-ICRA2020-一种在穿刺机器人插入过程中基于激光多普勒血流仪检测组织边界的新型传感方法
文章序号、所属单元及链接：2943-Surgical Robotics Steerable CathetersNeedles一作所属单位：Imperial College London读后体会：论文创新点：在于在穿刺针前装载了新的传感器激光多普勒血流仪LDF进行组织边界检测。一种在穿刺机器人插入过程中基于激光多普勒血流仪检测组织边界的新型传感方法AbstractIntroductionTissue Phantom PreparationA.材料与方法B.结果Needle Insertion Exper
2020-08-16 17:25:22
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原创 使用Xshell和Xmanager远程控制实验室服务器并获得图形化界面
远程控制所需的条件：已经开启了sshserver的服务器，服务器管理员给你提供了账号密码以及服务器的IP地址，一台要控制服务器的个人电脑。远程控制需要的软件Xshell，Xftp，Xmanager。其中前两个可以从其官网上选择家庭的免费版本，留下你的邮箱，下载链接将会自动发到所留的邮箱。官网下载地址。...
2020-08-13 22:53:55
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原创 GPU服务器配置：Tensorflow2.1安装采坑Could not load dynamic library ‘libnvinfer.so.6‘
碎碎念：果不其然，Tensorflow的安装永远都不会一帆风顺，尤其是要装GPU版本，太不友好了。对比之下pytorch一个命令行搞定，真香。言归正传：当我安装好显卡驱动，CUDA，cudnn之后满心欢喜的以为在conda里用命令行装好tf-gpu就完事了的时候，tensorflow果然在让人失望上没让人失望，给我报了个错tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:55] Could not load dynamic library
2020-08-13 10:15:17
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原创 文献阅读-ICRA2020-血管内介入治疗中考虑光流引导弯曲的 端到端实时导管分割
文章序号、所属单元及链接：1206-Computer Vision for Medical Robots一作所属单位：Imperial College London读后体会：论文创新点：时间一致性、光流法。血管内介入治疗中考虑光流引导弯曲的端到端实时导管分割AbstractIntroductionRelated WorkData CollectionA.CathBotB.X射线数据收集MethodologyA.分割网络B.光流网络C. 流引导变形函数Experiments and ResultA.实
2020-08-11 21:46:12
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原创 文献阅读-ICRA2020-用于机器人手术器械的实时细分的注意力引导的轻型网络
文章序号、所属单元及链接：0059-Computer Vision for Medical Robots一作所属单位：中科院自动化所读后体会：论文创新点：实时轻量、注意力机制、性能优异。用于机器人手术器械的实时细分的注意力引导的轻型网络AbstractIntroductionMethodologyA. 概览B. 轻量级注意力解码器C. 迁移学习D. 损失函数Experimental and ResultA.数据集B.实验条件C. 结果：CATA7D. 结果：EndoVis 2017Conclusion
2020-08-11 21:00:32
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原创 文献阅读-ICRA2020-精确的实时数据驱动的对RAVEN-II手术机器人末端执行器位置估计器
文章序号、所属单元及链接：1646-Surgical Robotics Laparascopy一作所属单位：University of Washington读后体会：以我浅薄的学术认知原本认为这篇论文挺牛逼的，实验细节给的很多，关键是结果提升很大。跟老师交流之后才知道这论文只能骗骗外行人，关键的问题是他是空载进行实验的，绳驱动机器人负载和空载的差距很大，还需要考虑绳经过一段时间使用之后动态特性的变化，这个也很复杂。这里写目录标题AbstractIntroductionA.背景B.相关工作C.贡献Met
2020-08-10 22:55:13
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原创 文献阅读-ICRA2020-从单眼内窥镜图像中对手术机器人器械的柄姿势估计
文章序号、所属单元及链接：1630-Computer Vision for Medical Robots一作所属单位：University of Tokyo读后体会：以我浅薄的学术认知来看这篇论文最大的创新点在于使用CG数据进行数据扩充，其他好像没什么特别有价值的。从单眼内窥镜图像中对手术机器人器械的柄姿势估计AbstractIntroductonA.相关工作B.当前方法的局限性C.贡献说明Problem StatementMethodsA.训练数据集B.其他训练方法C.网络架构EvaluationC
2020-08-10 22:39:31
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原创 文献阅读-ICRA2020-自由运动下用于术中组织特征描述的自动组织扫描
文章序号、所属单元及链接：1929-Visual Tracking一作所属单位：Imperial College London读后体会：工程味道很足的一篇文章，细节很多很扎实，使用传统方法进行视觉伺服，双循环的控制框架是创新点。自由运动下用于术中组织特征描述的自动组织扫描AbstractIntroductionRelated WorkMethodologyA.框架概述B.视觉伺服C.3D重建D.组织追踪Experiments and ResultsA.实验设置B.伺服准确性C.组织追踪的准确性D.超声
2020-08-10 22:24:26
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原创 文献阅读-ICRA2020-使用超声反馈自动进行乳房超声采集机器人
文章序号、所属单元及链接：0409-Computer Vision for Medical Robots一作所属单位：University of Twente读后体会：关键的创新点在于引入超声图像置信度图这一概念到视觉伺服控制中。使用超声反馈自动进行乳房超声采集机器人AbstractAutomated Robotic Breast UltrasoundA.系统概览B.路径规划C.置信度图D.控制策略E. 内在安全意识的被动控制Experimental ValidationA. 实验设置B. 实验C.
2020-08-10 22:02:53
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原创 从零开始实验室GPU服务器配置：Linux mint、显卡驱动、CUDA、cuDNN、Anaconda安装、多人用户及远程
操作系统选取操作系统根据师兄建议使用的是 Linux Mint，Mint有三个桌面：Cinnamon，MATE，Xfce，因为考虑到是实验室的服务器所以选取了最简洁、最稳定的Xfce。关于这三个桌面版本的比较可见官方Docs。官方下载地址。下载完成之后参见官方的文档进行ISO镜像校验。...
2020-08-05 23:10:33
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原创 文献阅读-医学超声图像分割-利用边界距离回归和像素分类网络实现超声图像肾脏自动分割
原文：Yin S, Peng Q, Li H, et al. Automatic kidney segmentation in ultrasound images using subsequent boundary distance regression and pixelwise classification networks[J]. Medical image analysis, 2020, 60: 101602.利用边界距离回归和像素分类网络实现超声图像肾脏自动分割 摘要翻译网络结构整体结构迁移学习
2020-07-22 16:29:33
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原创 深度学习图像语义分割网络总结：U-Net与V-Net的Pytorch实现
图像语义分割网络系列博文索引FCN与SegNetU-Net与V-NetDeepLab系列DenseNet、PSPNet、与DenseASPPMask R-CNN（后四个在计划中，敬请期待）图像语义网络分割之FCN图像语义分割网络系列博文索引全卷积网络FCN主要贡献网络结构Pytorch框架下FCN实现全卷积网络FCNFCN为深度学习在图像语义分割领域里程碑的一篇，实现了对任意大小输入图像进行像素级别的端到端的语义分割。原文链接：Fully Convolutional Netw
2020-07-18 21:06:15
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原创 Pytorch基础之张量的存储方式及维度操作：size，shape，view，reshape，contiguous
参考书目：张校捷，《深入浅出PyTorch：从模型到源码》Pytorch中张量的存储假设存在一个k维张量，其维数为[n1,n2...nkn_1,n_2...n_kn1,n2...nk]，在计算机的实际存储过程中为一个1维的向量，向量的大小为n1∗n2∗...∗nkn_1*n_2*...*n_kn1∗n2∗...∗nk。在读取张量某一位置的元素数据时，假设此元素的下标为(k1,k2...kk)(k_1,k_2...k_k)(k1,k2...kk)，则在读取时读取的是内存中第i1∗(n2∗
2020-07-16 20:53:43
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原创 深度学习图像语义分割网络总结：FCN与SegNet的Pytorch实现
图像语义分割网络系列博文索引FCN与SegNetU-Net与V-NetDeepLab系列DenseNet、PSPNet、与DenseASPPMask R-CNN（后四个在计划中，敬请期待）图像语义网络分割之FCN图像语义分割网络系列博文索引全卷积网络FCN主要贡献网络结构Pytorch框架下FCN实现全卷积网络FCNFCN为深度学习在图像语义分割领域里程碑的一篇，实现了对任意大小输入图像进行像素级别的端到端的语义分割。原文链接：Fully Convolutional Netw
2020-07-15 15:29:41
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