利用数据库进行肿瘤基因的挖掘

本文介绍了如何利用cbioportal数据库查找肿瘤基因位点,包括基因分类、变异信息和药物关联。同时,提到了其他癌症数据库如cosmic和civic,以及MSK-IMPACT等临床研究。此外,还分享了DRUGSURV和TCGA数据库用于预后研究的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

查找肿瘤靶药预后风险相关基因位点,在没有找到相关的肿瘤panel的情况下,可以去cBioportal这个数据库去根据肿瘤类型查找频率很高的基因,然后把鼠标放在某个基因上,就会看到图一提示:

进入OncoKB Cancer Gene List,看到图二界面 :

 对于每个基因都进行了分类(癌基因还是肿瘤抑制基因(TSG)),权威数据库是否收录。不需要注册,基因列表可以下载的,搜索某个基因进入后,就会看到每个基因上位点的变异,证据级别以及药物情况。

在cbioportal数据库里也可以查找某个癌症里基因里的位点变异情况,选择癌种后,在右上角蓝色框Query输入一个基因或者多个基因(以空格隔开)后,点击mutation后,就会看到图三提示:

评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值