技术实战 | 如何搭建类器官平台筛选抗癌药物？《Cell Stem Cell》KRAS靶点研究全解析

一、项目目标与技术挑战

• 目标：​ 针对“不可成药”的KRAS突变，发现特异性抑制剂并解析其机制。

• 挑战：​ 缺乏能精准模拟肿瘤发生且适用于高通量筛选的模型。

二、核心技术路线拆解

1. 类器官平台构建（模型层）：

   • 遗传工程：​ 利用Cre-loxP系统，构建系列同基因背景的小鼠胰腺类器官，包括WT（野生型）、KC（仅KRASG12D）、KPC（KRASG12D + p53突变）、KPSC（加入Smad4突变）等，模拟肿瘤演进。

   • 优势：​ 变量控制严格，背景干净，非常适合机制研究。

2. 高通量药物筛选（应用层）：

   • 规模：​ 对超过6000种化合物进行筛选。

   • 指标：​ 以类器官细胞活力为核心读数。

   • 发现：​ 鉴定出马来酸哌哌克昔林对KRASG12D突变型具有特异性杀伤作用。

3. 机制解析（数据层）：

   • 技术：​ 对药物处理前后的类器官进行单细胞RNA测序。

   • 分析：​ 通过差异表达分析、通路富集分析（如GO, KEGG），发现胆固醇合成通路显著富集。

   • 锁定靶点：​ 聚焦到该通路的核心转录因子SREBP2，并验证其是药物的直接作用节点。

三、给开发者的启示

这项研究是一个多学科技术栈集成的典范，涉及遗传工程、细胞模型、高通量筛选和生物信息学。对于生信开发者而言，它凸显了分析流程的标准化和可重复性的重要性。

处理单细胞测序数据需要专业的分析流程和稳定的计算环境。DCS Cloud智能生信平台提供了从原始数据到高级分析（如细胞分群、拟时序、差异分析）的一站式环境，其模块化设计和可视化结果输出，能显著提升此类药物研发项目中数据分析的效率和可靠性。

参考文献：

Duan X, et al. A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS. Cell Stem Cell. 2023.