<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[大甘的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.csdn.net/Da_gan</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.csdn.net/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; Da_gan]]></copyright><item><title><![CDATA[生物信息学AI工具 “ClawBio“（养龙虾）]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/158928184</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/158928184</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Wed, 11 Mar 2026 15:53:50 +0800</pubDate><description><![CDATA[ClawBio是一款专为生物信息学设计的AI工具，由ManuelCorpas开发，旨在解决通用AI处理基因组数据时的三大痛点：1）隐私泄露风险；2）分析结果不可复现；3）缺乏领域专业知识。该工具基于OpenClaw项目构建，完全在用户本地设备运行，确保敏感基因数据不外传。其核心特性包括：通过SKILL.md文件(YAML+Markdown)实现技能扩展，生物信息学家可轻松贡献新技能；初始包含EquityScorer(评估数据多样性)、Pharm]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[我的创作纪念日]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146601364</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146601364</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Fri, 28 Mar 2025 14:50:25 +0800</pubDate><description><![CDATA[未来我会一直探索生物信息学，相信在人工智能时代，生物信息学会有更大的突破，将深度破解生命密码，解构生命灵魂，重塑未来！生物信息学尽管目前有一定程度的定义，但随着时间，会逐渐演变，我们会一直追寻探索它的奥妙！其实就是2年前的今天写出的《生物信息是什么？当前创作和我的工作、学习之间的联系。过去写得最有意义的一段文章是？在创作的过程中都有哪些收获。代码片获得414次分享。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[TxDb 格式文件]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146520190</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146520190</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Wed, 26 Mar 2025 09:35:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[TxDb) 是提供的一种用于存储转录组注释信息的 R 对象，主要用于基因结构解析、基因注释提取、外显子/CDS/UTR 分析等。它通常存储来自GTF/GFF3 文件的转录本信息基因（Gene）转录本（Transcript）外显子（Exon）CDS（Coding Sequence，编码区）5'UTR 和 3'UTR内含子（Intron）转录起始位点（TSS, Transcription Start Site）转录终止位点（TES, Transcription End Site）📌TxDb。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[BLAST比对]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146297252</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146297252</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Sun, 16 Mar 2025 16:41:01 +0800</pubDate><description><![CDATA[BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，基本局部比对搜索工具）是一种广泛用于生物信息学的序列比对算法，主要用于核酸或蛋白质序列在数据库中的搜索与比对。通过**索引表（Hash Table）**快速查找候选区域，避免直接进行全局比对。如果你的查询序列是蛋白，但目标数据库是DNA（将DNA翻译后比对），使用。**HSP（高得分片段对）**是指具有较高匹配得分的局部比对区域。如果你的查询序列是DNA但要比对蛋白数据库（先翻译再比对），使用。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[单细胞转录组（scRNA-seq）与空间转录组（ST）的区别]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146099262</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146099262</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Fri, 07 Mar 2025 16:40:13 +0800</pubDate><description><![CDATA[单细胞级细胞簇（spot）或超高分辨率。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[空间转录组]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146075711</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146075711</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Thu, 06 Mar 2025 17:23:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[空间转录组（Spatial Transcriptomics, ST）是一种结合空间信息和基因表达信息的技术，能够在组织切片上解析基因表达的空间分布模式。这一技术克服了传统单细胞转录组（scRNA-seq）失去空间信息的局限，使得科学家可以在组织结构背景下研究基因表达的变化。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[单细胞转录组分析（scRNA-seq）]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146021294</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/146021294</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Tue, 04 Mar 2025 17:17:18 +0800</pubDate><description><![CDATA[单细胞转录组测序（Single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）是一种高通量测序技术，可以在单细胞水平解析基因表达情况，揭示细胞异质性，探索稀有细胞类型，并研究细胞状态转换及动态调控机制。与传统的。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[MNase-seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145758377</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145758377</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Thu, 20 Feb 2025 17:12:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[MNase-seq（Micrococcal Nuclease Sequencing，微球菌核酸酶测序）是一种用于研究。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[测序数据比对结果格式（sam, bam, bw）]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145600550</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145600550</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Wed, 12 Feb 2025 21:47:13 +0800</pubDate><description><![CDATA[SAM (Sequence Alignment/Map) 文件是一种用于存储测序数据比对结果的文本格式，广泛用于基因组学分析。它由一个和组成。头部行以：文件格式信息，VN代表 SAM 版本，SO表示排序方式（coordinate或unsorted@SQ：参考序列信息，SN代表染色体名称，LN代表该染色体的长度。@PG：比对软件信息，如bwa。比对数据部分由 11 个必需字段和可选字段组成，每行代表一个比对的序列。例如：​​​​​​​1读取序列的名称（如测序 read ID）2。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[DNase-seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145439439</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/145439439</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Tue, 04 Feb 2025 12:56:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[DHSs 是染色质上对 DNase I 酶高度敏感的区域，通常与基因调控元件（如启动子、增强子、绝缘子等）相关。：将 DNase-seq 数据与其他组学数据（如 RNA-seq、ChIP-seq）整合，全面解析基因调控网络。DHSs 通常与转录因子结合位点重叠，DNase-seq 数据可以用于预测转录因子的结合位点。DNase-seq 可以全基因组范围内检测染色质的开放状态，揭示细胞类型特异的染色质结构。：DHSs 是染色质上对 DNase I 酶高度敏感的区域，通常位于开放的染色质区域。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[代谢组分析]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144967747</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144967747</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Mon, 06 Jan 2025 17:06:24 +0800</pubDate><description><![CDATA[是通过检测和分析生物体中所有小分子代谢物（metabolites，如糖、脂质、氨基酸、有机酸等）的组成和变化，研究生物系统在生理、病理或环境条件下的代谢状态和动态变化的科学技术。代谢物是基因组、转录组和蛋白组功能的最终表达，因此代谢组分析被认为是生物学研究的最后一个层次，提供了最接近表型的信息。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[ATAC-seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144758415</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144758415</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Fri, 27 Dec 2024 09:13:28 +0800</pubDate><description><![CDATA[（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）是一种强大的基因组学技术，用于研究染色质的开放状态以及核小体定位、DNA结合蛋白位置等染色质特征。以下是一个ATAC-seq分析代码流程，基于主流的工具和框架，涵盖从原始数据处理到下游分析。：将ATAC-seq与RNA-seq或Hi-C结合，进行全基因组调控网络分析。交叉比较ATAC-seq和RNA-seq结果，关联开放染色质与基因表达。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[ChIP-seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144611644</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144611644</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Fri, 20 Dec 2024 15:07:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[ChIP-seq，全称 Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，是一种结合染色质免疫共沉淀（ChIP）技术与高通量测序（NGS, Next-Generation Sequencing）的分子生物学技术。它被广泛应用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用，包括转录因子结合位点、染色质修饰区域等，从而揭示基因表达调控和表观遗传机制。ChIP-seq 是研究基因调控和表观遗传学的重要工具，为揭示基因组功能提供了强有力的支持。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Cut&Run与Cut&Tag]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144515894</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144515894</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Tue, 17 Dec 2024 08:00:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[Cut&Run（Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease）和Cut&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）是两种用于研究基因组蛋白-DNA相互作用的技术。Cut&Run是一种基于抗体的技术，用于研究转录因子、核小体及其他染色质相关蛋白与DNA的结合。Cut&Run和Cut&Tag以其高灵敏度、低背景和灵活性，推动了表观遗传学研究的发展，为解析基因调控网络和染色质状态提供了强有力的工具。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PRO-seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144490514</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144490514</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Mon, 16 Dec 2024 08:00:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[PRO-seq是一种高分辨率、高灵敏度的技术，可在基因组范围内直接检测活跃的RNA聚合酶动态分布。尽管实验复杂且对样本量有一定要求，但它在转录调控、基因表达、药物筛选等领域具有广泛的应用潜力。以下是。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[DNA甲基化测序分析]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144435311</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144435311</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Fri, 13 Dec 2024 08:00:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[进一步使用 R 可视化甲基化热图或基因组分布。​​​​​​​。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Cut&Tag-Seq]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144405635</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144405635</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Thu, 12 Dec 2024 08:00:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[（Cleavage Under Targets and Tagmentation Sequencing）是一种结合抗体标记、限制性酶切和高通量测序的表观基因组学技术，用于检测染色质修饰和蛋白质-DNA相互作用。Cut&Tag-Seq基于目标蛋白特异性抗体的结合，通过将DNA片段化并直接准备测序文库，实现蛋白质结合位点或表观修饰的高分辨率检测。Cut&Tag-Seq的出现为表观遗传学研究提供了革命性的工具，其高效、低背景和广泛适用性使其成为研究染色质状态和基因调控机制的首选方法之一。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[病原组学检测]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144383705</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144383705</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Wed, 11 Dec 2024 08:00:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[（Pathogenomics Testing）是通过分析微生物基因组（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫等病原体）来了解其基因组成、遗传变异、进化关系和病原性等方面的信息的方法。病原组学检测是现代分子生物学研究的重要工具，它为快速、准确地识别病原体、了解其流行性和传播途径，以及制定有效的治疗和预防策略提供了有力支持。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[转座子测序]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144326027</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144326027</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Sun, 08 Dec 2024 14:56:22 +0800</pubDate><description><![CDATA[转座子测序是一种强大的功能基因组学工具，能够在全基因组范围内高效筛选与特定条件或表型相关的重要基因。随着测序技术和生物信息学的不断进步，Tn-seq将在基因功能研究、生物医学和农业领域发挥更大的作用。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[靶向测序分析]]></title><link>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144189349</link><guid>https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144189349</guid><author>Da_gan</author><pubDate>Mon, 02 Dec 2024 15:24:32 +0800</pubDate><description><![CDATA[相比全基因组测序（WGS），靶向测序数据量更小，但灵敏度更高，适合深入研究特定区域的遗传变异。靶向测序的分析流程包括数据预处理、变异检测、注释及后续分析，每一步都需要严格按照实验和生物信息学标准进行操作。靶向测序是一种高效、灵活的工具，在基因组医学和基础研究中具有不可替代的作用。：根据实验需求，选择特定的基因组区域（如癌症相关基因或已知疾病易感区域）。以下是一个完整的靶向测序分析流程的代码框架，使用常用的生物信息学工具（如。：检测目标区域的突变（如SNP、插入缺失、拷贝数变异等）。]]></description><category></category></item></channel></rss>