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RSS订阅原创 Python读取MRI图像(.nii.gz)以及存储一个新的.nii.gz的方法
https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html
2022-04-08 15:40:08
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原创 TensorRT 3D反卷积不支持非对称padding
转trt模型时报错： ASSERT(begPadding == endPadding && “TensorRT does not support asymmetrical padding for 3D deconvolutions!”, ErrorCode::kUNSUPPORTED_NODE);原因：TensorRT目前还不支持3D反卷积非对称padding解决方法：找到源码TensorRT/parsers/onnx/builtin_op_importers.cpp文件，找到Con
2022-01-26 16:32:31
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原创 TensorRT动态卷积转置（ConvTranspose）自定义op（动态反卷积/权重动态反卷积）
随着算法模型的不断演变，常规的模型结构已经不能满足算法人员的需求，于是衍生出形色各异的op，比如动态卷积转置，即前向传播过程中，weight也会随着输入的不同而发生改变。声明：所谓动态卷积转置指在前向传播过程中weight发生变化此处的动态卷积转置只是笔者对该op的一种称呼本文ConvTranspose只支持2D目前发现只在TensorRT中存在动态的问题，其他如onnx、OpenVINO不存在该问题动态卷积转置大概长下面这个样子。其中input是输入，weight也是输入。weight根据前
2022-01-10 11:39:50
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原创 TensorRT动态卷积自定义op（多输入卷积/权重动态卷积）
随着算法模型的不断演变，常规的模型结构已经不能满足算法人员的需求，于是衍生出形色各异的op，比如动态卷积，即前向传播过程中，weight也会随着输入的不同而发生改变。声明：所谓动态卷积指在前向传播过程中weight发生变化此处的动态卷积只是笔者对该op的一种称呼TensorRT通过ConvMultiInput来实现这种卷积（多输入卷积），但是只支持INT8显式量化目前发现只在TensorRT中存在动态的问题，其他如onnx、OpenVINO不存在该问题动态卷积大概长下面这个样子。其中inpu
2022-01-06 17:38:51
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原创 解决TensorRT报错：Assertion Error in trtSmToCask: 0 (Unsupported SM.)
错误信息：E20211126 11:55:13.654 140412916315904 tensorrt.cpp:10] …/rtSafe/cuda/caskUtils.cpp (98) - Assertion Error in trtSmToCask: 0 (Unsupported SM.)原因：TensorRT版本与cuda或者cudnn版本不匹配，如笔者的TensorRT版本为7.2.1，而cuda为最新的11.5版本，其中cuda版本过高无法适配：解决：重装cuda或者TensorRT
2021-11-27 10:01:58
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原创 TensorRT动态输入尺寸下的自定义op巨坑
首先，关于自定义插件基本问题，这里我就不再赘述了如何写一个插件：参考此处如何在python 或 C++中使用自定义插件：参考此处自定义op需要编写：getOutputDimensions，我们会根据inputs来推断output dimensions，如：nvinfer1::DimsExprs DReflectPadPlugin::getOutputDimensions(int outputIndex, const nvinfer1::DimsExprs *inputs, int nbInputs,
2021-11-19 17:06:41
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原创 onnx转TensorRT推理自定义插件（op）的方式，Python&C++
首先，无论是python还是C++，我们都要写一个自己的plugin，一般的不支持op网上都有参考的版本，写plugin的参考教程：如何写好一个opC++实现和使用过程：下载TensorRT官网源码， 进入plugin可以看到许多已经定义好的插件可以参考，照着写就行，以ScatterND为例。先写好自己的plugin，如名为：myplugin注意：此处plugin代码里面不能包含REGISTER_TENSORRT_PLUGIN(MyPluginCreator)代码，不然会导致重复注册的问题。在p
2021-11-08 15:19:45
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原创 基于python实现onnx转TensorRT自定义op
TensorRT源码上提供了一些python的samples，但是说好的提供onnx_packnet这个sample是onnx2trt自定义op的示例，但却没有写完整，不熟悉的人很难看懂。但其实Python版本的onnx2trt自定义op很简单，过程如下：找到一个需要自定义op的C++插件（或者自己写）如：grid_sampler使用cmake将上述grid_sampler相关文件生成C++库文件libtensorrtplugins.so在Python文件的最开头加上一句：ctypes.CDLL("
2021-09-15 21:47:32
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原创 clang-tidy静态语义检查，安装、使用、检查项注解
clang-tidy是非常不错的静态语义检查项，很多人会使用它来做一些简单的语义检查。安装clang-tidy：apt-get install clang-tidy使用clang-tidy的方式是：clang-tidy --checks='Checks' test.cpp -- -I ./src/ -x c++其中–checks=可以写‘*’，表示对所有clang-tidy检查项进行检查，上面‘Checks’是指定检查.clang-tidy文件里的检查项（下面介绍）；test.cpp是
2021-08-17 14:22:21
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原创 clang-tidy找不到c++头文件，报错clang-diagnostic-error
error: ‘memory’ file not found [clang-diagnostic-error]需要指定编译环境解决方法：在尾部加-- -x c++来指定c++编译器（默认应该是gcc）clang-tidy --checks='*' test.h -- -x c++
2021-08-09 20:16:13
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原创 使用python进行onnx转trt（TensorRT）模型，简单有效
运行环境python 3.6.9tensorrt 7.1.3.4简单代码实现import tensorrt as trtimport sysimport osTRT_LOGGER = trt.Logger(trt.Logger.WARNING)EXPLICIT_BATCH = 1 << (int)(trt.NetworkDefinitionCreationFlag.EXPLICIT_BATCH)def printShape(engine): for i in r.
2021-07-24 10:08:30
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原创 docker run时报Unable to find image ‘***********:latest‘ locally错误
我用下面的命令创建容器：docker run -it nvcr.io/nvidia/tensorrt /bin/bash报错：Unable to find image ‘nvcr.io/nvidia/tensorrt:latest’ locallydocker: Error response from daemon: manifest for nvcr.io/nvidia/tensorrt:latest not found: manifest unknown: manifest unknown.
2021-07-06 10:37:46
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原创 openvino运行CMake时找不到InferenceEngineConfig.cmake，TBBConfig.cmake，ngraphConfig.cmake三个文件
运行时报错：CMake Error at common/utils/CMakeLists.txt:15 (find_package):By not providing “FindInferenceEngine.cmake” in CMAKE_MODULE_PATH thisproject has asked CMake to find a package configuration file provided by“InferenceEngine”, but CMake did not find o
2021-07-01 16:01:02
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原创 Linux(Ubuntu)安装ONNXRuntime C++ API
安装python3apt-get install python3安装pip3apt-get install python3-pippip3 install --upgrade pip安装依赖pip3 install --upgrade setuptoolspip3 install --upgrade wheelpip3 install numpy安装cmakeapt-get install cmake下载onnxruntime（建议按照官方文档直接clone，.
2021-05-13 11:38:14
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原创 打包python
做个记号pyinstaller --paths D:/python/Lib/site-packages/PyQt5/Qt/bin --hidden-import=h5py.defs --hidden-import=h5py.utils --hidden-import=h5py.h5ac --hidden-import=h5py._proxy -F -c removal.py
2019-11-29 22:08:09
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原创 解决python打包No module named 'h5py.defs'的问题
http://www.voidcn.com/article/p-sfkywxvj-bpc.htmlImportError: No module named ‘h5py.defs’在生成exe时加上一段–hidden-import=h5py.defs，就能搞定了。pyinstaller --hidden-import=h5py.defs --hidden-import=h5py.utils...
2019-11-29 21:36:10
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原创 python(pycharm)如何安装skimage？
在pycharm上面安装skimage失败，可以尝试安装scikit-image，如果不行，那就用pip安装。pip install scikit-image还是不行的话，尝试用pip install --user scikit-image
2019-09-05 14:13:37
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原创 在keras中批量训练tfrecord数据（使用深度学习训练DMRI/DTI数据）
很多时候我们的数据是tfrecord格式的，或者由于数据本身太过复杂并且过于庞大，我们需要将数据转换成tfrecord格式并以batch的形式进行读取来节省大量的时间。于是，在keras下，我们如何训练来自tfrecord的数据呢？
2019-05-29 13:12:50
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原创 DTI（dwi）使用FSL做预处理及做TBSS处理流程（fsleyes查看结果）
预处理刚开始我用的数据初始文件是多个dcm格式的文件，当时我从格式转换、提取b0、 波脑、涡流、计算张量下来是没有问题的。后来我用dwi的文件（包含四维的.nii.gz、bvec、bval文件），用上面的流程发现中间有个文件生成不了，于是又找了别的方法才搞定。不过结果都是一样的，反正就是生成FA嘛。1.处理dcm格式文件格式转换： dcm2nii *.dcm提取b0： fslro...
2019-05-04 11:05:00
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原创 DPARSF关键字含义
官网教程这里先贴上官网上的指南，等我跑完流程再来挨个解释哈。以下是在MATLAB上安装好的DPARSF，另外安装了REST和SPM12。
2019-01-05 10:10:37
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