学习amber软件md的输入文件参数

详细的参数信息介绍可以查看官方手册

nstlim和dt

nstlim会告诉模拟引擎我们这个模拟要跑多少步

dt会告诉模拟引擎我们这个模拟每步的步长值是多少，单位是ps

关于单位换算：1ns=1000ps=1000000fs

例如：

nstlim=25000000,dt=0.002,

这里0.002等于2fs，等于10^-6ns，这里的步数总共是25*10^6步，总共模拟的分子实际运动时间就是：

10^-6ns * 25*10^6steps =50ns

dt参数选择根据设置的SHAKE algorithm和模拟的温度进行修改

当温度>300K时，原子的运动动能也会变高，速度变快，这时dt就要变小，防止原子位移过大发生碰撞。

当我们设置SHAKE algorithm时（ntb=2,btc=2,ntf=2）,最大的dt=0.002

ntpr、ntwx和ntwr

ntpr设置隔多少步将能量信息输出到*.out文件

ntpr=500000

每隔5*10^5步，也就是1ns将模拟的能量变化信息输出到out文件

ntwx设置隔多少步将坐标帧写入到重启文件，-r参数指定输出的重启文件

ntwr设置隔多少步将坐标帧写入到轨迹文件，我们通过-x参数指定轨迹文件

ntt 

这个变量设置使用哪一个恒温器（thermostat）

ntt=3,ig=-1

使用Langevin thermostat，使用这个算法需要指定ig随机种子，官推ig=-1

ntp

这个变量控制模拟的压力算法

ntp=1

若是我们想要压力维持在常压，我们应该设置ntp=1，这个模拟是在一个截断八面体（truncated octahedron）的盒子里，默认是算法是Berendsen barostat

ntp=2

要是我们的模拟是在一个正交盒子（orthogonal box）里，应该设置ntp=2

参考链接：3.2 Running MD with pmemd