基于ImageJ的GCaMP实验视频自动化工作流（一）：FFmpeg批量视频格式转换（MOV/MP4转AVI）

引言

在神经生物学实验中，我们经常需要处理大量实验视频。例如在 GCaMP 动态成像实验中，记录的视频数据往往数量庞大，每次手动处理耗时费力，还容易出错。之前我使用 ImageJ 的 Time Series Analyzer V3 插件处理视频，但每次导入视频、粘贴数据、修改参数都需要手动完成，效率非常低。

此外，直接用 ImageJ 或其他工具导出 .tif 文件时，文件体积非常大，占用大量存储空间和处理时间。为了解决这些问题，我决定利用 FFmpeg 将实验视频批量转码成质量稍低但足够清晰的 .avi 格式，并通过 Python 脚本实现文件夹内所有视频的自动化处理。

为了让实验室的同事也能方便使用这个工具，我还利用 PyInstaller 将脚本打包成一个 .exe 文件，这样就不用每次打开终端运行了，直接点击即可完成视频批量处理。

工具准备

1. FFmpeg 下载与安装

FFmpeg 是一个开源的多媒体处理工具，可以高效地转换视频格式、调整帧率、压缩文件

•  FFmpeg官网下载
• 下载后将 ffmpeg 添加到系统环境变量，确保可以在命令行中直接调用。

实现过程

1. 批量转码的 Python 脚本

以下是实现批量处理 .mov 和 .mp4 视频的完整 Python 脚本。代码主要功能包括：

• 遍历指定文