画生存曲线

library("FactoMineR")

library("factoextra")



library(GSEABase)

library(GSVA)

library(clusterProfiler)

library(genefu)

library(ggplot2)

library(ggpubr)

library(hgu133plus2.db)

library(limma)

library(org.Hs.eg.db)

library(pheatmap)


rm(list = ls())  ## 魔幻操作，一键清空~

options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型

# 注意查看下载文件的大小，检查数据 

f='GSE11121_eSet.Rdata'

# https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11121

library(GEOquery)

# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。

#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)

if(!file.exists(f)){
  
  gset <- getGEO('GSE11121', destdir=".",
                 
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 
                 getGPL = F)       ## 平台文件
  
  save(gset,file=f)   ## 保存到本地
  
}

load('GSE11121_eSet.Rdata')  ## 载入数据

class(gset)  #查看数据类型

length(gset)  #

class(gset[[1]])
#查看数据集的相关信息
gset





# 因为这个GEO数据集只有一个GPL平台，所以下载到的是一个含有一个元素的list

a=gset[[1]] #

dat=exprs(a) #a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数

dim(dat)#看一下dat这个矩阵的维度

# GPL6244

dat[1:4,1:4] #查看dat这个矩阵的1至4行和1至4列，逗号前为行，逗号后为列
#数据的处理
dat=log2(dat+0.1)

boxplot(dat,las=2)

pd=pData(a) #通过查看说明书知道取对象a里的临床信息用pData

## 挑选一些感兴趣的