使用GEOquery下载GEO数据

最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。

首先假设我们想要下载的数据是GSE77445，这是一批DNA甲基化数据，我们可以在R语言中安装GEOquery之后，载入R包，然后直接输入：

Data <- getGEO("GSE77445",destdir="./")

我也没有太多研究，但是上述代码中，前一个参数就是你想要下载的GSE编号，后一个参数不能省略，是你指定的文件下载保存的路径。GEOquery其实也就是自动把文件下载下来，然后进行载入分析而已。

在命令输入之后，会自动开始下载一些Seriers数据（比如GSE77445_series_matrix.txt.gz），我也不知道为什么为什么它会自动下载这个文件。然后理论上程序会自动进行处理。整个过程非常漫长，估计要将近一个小时的样子，这还只是一个300M不到的小数据集。

然后如果顺利的话，你这一行命令可以顺利跑完，你会得到处理好的Data，但是这个数据还是一个S4结构体，并不是我们想要的矩阵研究形式。所以你可以用下面的代码获得相应的矩阵和样本数据：