生信技能树生信入门班【Day4】-R语言的可视化（做图）

文件读取

read.delim()

delim可以读取.gz格式文件？是这个意思吗？

delim默认分隔符是制表符tab 

很多时候read.delim的作用比read.table要好用很多

read.delim可以替代read.table，学习read.table的作用是能看懂别人的代码

read_edit_write.R

R语言中和Excel中打开的有区别

（1）[1,1]出现一个“x”字符

（2）列名改了，“-”号在R语言中读取出来变成了“.” ——因为“-”在R语言中是一个特殊字符，所以在R里自动给改成了非特殊字符的“.”

不是所有数据框都能把第一列设置为行名的

当行名中有重复的就不能设置行名

数据框导出

csv格式导出：write.csv()

write.csv(ex2,file="example.ccsv")

txt格式导出

write.txt()

不同的用于读取/导出文件的R包

base包

reader

data.table

rio

常用可视化R包和函数

作图：base、ggplot2、ggpubr

拼图：par里的mfrow、grid.arrange、cowplot、patchwork

导出：经典导出三段论方法、ggsave、eoffice-topptx

base包

高级绘图函数

低级绘图函数：不能单独出现但是能在高级图的基础上添加东西

ggplot2语法

画图的目的是展示自己的数据（本质就是所有数据科学，代码只是工具）

入门级绘图模版

属性设置

几何对象

位置调整

坐标系

主题

入门级绘图模版

ggplot（data=<DATA>)+
<GEO_FUNCTION>(mapping=aes(<MAPPINGS>))
#MAPPING映射，图片和数据是怎么关联起来的

特殊语法：列名不带引号且没$符号，函数之间的连接要加加号“+”

属性的设置

1️⃣手动设置 

color\size\shape\alpha\fill 

手动设置需要设置为有意义的值？ 颜色：字符串、blue、red 大小：单位mm 形状：数字编号表示shape="1"空心圆、 “16"黑色实心圆、“21”红色实心圆等等

2️⃣映射默认设置

按照数据框的某一列来定义图的某个属性，比如颜色、形状等

color = "species" 按照species定义图的属性

但是我没说让他用红绿蓝三种颜色啊？我怎么自定义这种颜色默认？

Q1-怎么自行指定映射的具体颜色？

        手动构建颜色映射

ggplot


    color= Species））+
scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))

    color= Species））+
scale_color_brewer(platte="set1")

#配色R包scale_color_brewer,最常用的是scale_color_platteer_d()用十六进制颜色编码考虑的