生信技能2 - Shell脚本传递参数解析与python程序实现交互

在生信分析流程搭建的时候，我们会用到Shell、python、R等多种语言，多种语言之间（比如Shell与python间）传递参数需要通过解析参数获得传入参数的值，这种方式在流程搭建的过程中非常常见，也是生信工程师必须掌握的知识点。

本案例是通过Shell脚本获取参数，解析后传递给python的.py程序，python程序获取传入参数后再进行解析（下一篇文章会介绍python的参数解析），从而执行一个或多个python程序。

step01: 编写参数解析代码

vi parser.sh # 创建脚本
chmod +x parser.sh

#################以下为脚本内容##################
!/usr/bin/bash
# 处理参数，规范化参数