倪桦-CSDN博客

原创 R-建模(广义)线性(加性、混合)模型

利用R语言建模(广义)线性(加性、混合)模型

2024-09-04 11:13:17 912

原创 Seurat v4 与 v5 数据整合工作流的技术差异说明

随着近年来 Seurat 团队的不断更新，该分析框架已经发展到了 v5 版本。相较于之前的版本，Seurat v5 在数据结构和分析方法上都进行了许多重要的调整和改进。本帖收集了一些资料特别对新旧版本的数据整合工作流之间的一些差异进行了汇总。

2024-09-04 11:11:32 1006

原创 Seurat 与 Leiden 算法的无缝集成：对比 Louvain 效率测试

本文记录了在Win10系统在Rstudio平台中使用 reticulate 为 Seurat::FindClusters 链接Python 环境下的 Leidenalg 算法进行聚类的实现过程，并探讨了在Seurat和Scanpy流程框架下，Louvain和Leiden算法在处理10万细胞样本量的表达谱矩阵时的速度表现。

2024-09-04 11:09:51 999

原创 RunPrestoAll：Seurat差异基因分析加速利器！

差异基因表达分析旨在识别不同细胞群体之间的基因表达水平差异，从而揭示细胞群体之间的功能和特征。Seurat 提供了一个 FindAllMarkers 方法用于在单细胞RNA测序数据中寻找差异表达基因。然而，对于大型数据集的DE分析，使用Seurat软件包的FindAllMarkers方法在数据集的全部细胞上执行DE搜索将变得非常缓慢。本文评测了不同DE搜索方法的速度与可靠性。

2024-09-04 11:08:48 1024

Spateo 提供了创新性方法来使用细胞核染色图像或 RNA 信号来实现单细胞分割。当使用高分辨率空间转录组学分析时，例如 BGI 的 Stereo-seq，每个细胞都被许多像素格捕获（对于 Stereo-seq，大约 400 个）。这使我们能够从相邻的像素格聚合 UMI 以执行单细胞分割，最终产生细胞 x 基因的RNA表达矩阵，就像单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 分析一样。...

2022-08-04 16:12:27 1683 2

原创 Spateo进行bin50空间转录组数据分析

spateo 软件BIN50数据分析流程指南

2022-08-04 15:37:06 3748 5

原创 Spateo软件安装记录

spateo 空间转录组时空建模软件在线和离线安装教程

2022-08-04 15:04:31 1646

原创 Linux下conda环境安装指定版本GCC编译器编译phylocom-4.2软件记录

Linux下conda环境配置不同的版本GCC编译器套件，gcc编译器版本问题导致的-fno-plt参数异常解决，gcc库缺失问题"cannot find -lgcc_s"解决。

2022-07-20 22:05:30 3632

原创 ggplot-geom_point 散点图添加聚类标签

本篇分享在ggplot的散点聚类图中，为每个类群添加标签Label的方法，方法通过kmeans方法计算每个簇的中心，给每个簇的中心点添加Class_label实现每个簇的标签标记。

2022-07-07 18:19:39 1693

原创 R语言-data.table包用来加速大型数据集的加载和运算

R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点是快。它内部处理的步骤进行了程序上的优化，使用多线程，还有很多C编写的函数，大大加快数据运行速度。尤其当对一两百万甚至更大数据集进行修改或运算时，由于data.table直接对数据本身做运算，不创建副本，因此相较于基本的data.frame格式，data.table在面对大型数据集时，进行聚合排序以及分组运算的性能非常高！............

2022-07-07 00:48:49 1608

原创从稀疏矩阵构建adata对象

python从稀疏矩阵构建adata对象

2022-07-01 22:24:03 735

原创 conda 写出环境yaml配置文件用于新设备部署环境

conda 写出环境yaml配置文件用于新设备部署环境

2022-07-01 22:22:47 719

原创 Seurat对象数据结构整理-1

Seurat对象数据结构整理-1

2022-07-01 22:21:49 7199

原创 Linux 下用R语言打开hdf5(.h5)文件异常的解决方案

Error in H5File.open(filename, mode, file_create_pl, file_access_pl) :

2022-07-01 22:18:08 3543

原创 R语言apply()族函数概要，用来替代经典循环结构提高遍历效率

R语言apply()族函数概要，用来替代经典循环结构提高遍历效率

2022-07-01 22:14:37 738

原创 scanpy合并多个adata数据集和根据条件进行随机抽取细胞

scanpy合并adata数据和根据条件进行随机抽取细胞

2022-07-01 22:14:03 1509

原创 R、python、shell语言下的目录文件的搜索增删查操作

R、python、shell语言下的目录文件的搜索增删查操作

2022-07-01 22:09:26 256

原创差异基因通路富集分析的统计学假设

单细胞转录谱可以根据基因表达水平进行差异分析，通过差异分析，我们可以知道不同分群之间是否存在差异，以及存在显著表达量差异的基因集(DEG,在单细胞Seurat分析流程中，通过Seurat::FindAllMarkers()方法计算得到簇间的过表达差异基因)。进一步，探究这些DEG是由哪些生物学过程介导的，我们的实验处理影响了哪些生物学过程。理解这些DEG所代表的生物学意义的最佳途径就是基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)。...

2022-06-29 21:39:05 1171