对于一些常用的R语言的算法包的归纳(修改)

基于R,仅供自食。

相信自己,每天多学一点。

(part2来源:https://blog.csdn.net/LW_GHY/article/details/56501063)


part1:

连续因变量的预测:
stats包
lm函数,实现多元线性回归

stats包
glm函数,实现广义线性回归

stats包
nls函数,实现非线性最小二乘回归

rpart包
rpart函数,基于CART算法的分类回归树模型

RWeka包
M5P函数,模型树算法,集线性回归和CART算法的优点

adabag包
bagging函数,基于rpart算法的集成算法

adabag包
boosting函数,基于rpart算法的集成算法

randomForest包
randomForest函数,基于rpart算法的集成算法

e1071包
svm函数,支持向量机算法

kernlab包
ksvm函数,基于核函数的支持向量机

nnet包
nnet函数,单隐藏层的神经网络算法

neuralnet包
neuralnet函数,多隐藏层多节点的神经网络算法

RSNNS包
mlp函数,多层感知器神经网络

RSNNS包

rbf函数,基于径向基函数的神经网络








离散因变量的分类:
stats包
glm函数,实现Logistic回归,选择logit连接函数

stats包
knn函数,k最近邻算法

kknn包
kknn函数,加权的k最近邻算法

rpart包
rpart函数,基于CART算法的分类回归树模型

adabag包
bagging函数,基于rpart算法的集成算法

adabag包
boosting函数,基于rpart算法的集成算法

randomForest包
randomForest函数,基于rpart算法的集成算法

party包
ctree函数,条件分类树算法

RWeka包
OneR函数,一维的学习规则算法

RWeka包
JPip函数,多维的学习规则算法

RWeka包
J48函数,基于C4.5算法的决策树

C50包
C5.0函数,基于C5.0算法的决策树

e1071包
svm函数,支持向量机算法

kernlab包
ksvm函数,基于核函数的支持向量机

e1071包
naiveBayes函数,贝叶斯分类器算法

klaR包
NaiveBayes函数,贝叶斯分类器算分

MASS包
lda函数,线性判别分析

MASS包
qda函数,二次判别分析

nnet包
nnet函数,单隐藏层的神经网络算法

RSNNS包
mlp函数,多层感知器神经网络

RSNNS包

rbf函数,基于径向基函数的神经网络





聚类:
Nbclust包
Nbclust函数可以确定应该聚为几类

stats包
kmeans函数,k均值聚类算法

cluster包
pam函数,k中心点聚类算法

stats包
hclust函数,层次聚类算法

fpc包
dbscan函数,密度聚类算法

fpc包
kmeansruns函数,相比于kmeans函数更加稳定,而且还可以估计聚为几类

fpc包
pamk函数,相比于pam函数,可以给出参考的聚类个数

mclust包

Mclust函数,期望最大(EM)算法



关联规则:
arules包
apriori函数,Apriori关联规则算法








part2:


1.集成开发环境


RStudio - 一个非常强大高效的图形界面开发环境,可以在Windows, Mac, 和Linux运行. 官网:http://www.rstudio.org/
Emacs + ESS - ESS是一个emacs文本编辑器的一个统计分析的插件. 官网:http://ess.r-project.org/
Sublime Text + R-Box - 一个在Sublime 2/3中使用R语言编程的插件. 官网:http://github.com/randy3k/R-Box/
TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2的插件. 官网:https://github.com/textmate/r.tmbundle
StatET - 一个基于Eclipse的R语言IDE. 官网:http://www.walware.de/goto/statet
Revolution R Enterprise - 专注于大数据,大规模多处理器的功能,可以对学术用户免费提供和商业使用. 官网:http://www.revolutionanalytics.com/get-revolution-r-enterprise
R Commander - 一个包括基本图形用户界面的R包. 官网:http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
IRkernel - Jupyter的R语言内核. 官网:https://github.com/IRkernel/IRkernel
Deducer - 一个菜单驱动的数据分析的GUI工具,类似电子表格数据编辑器. 官网:http://www.deducer.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.DeducerManual?from=Main.HomePage
Radiant - 一个使用R语言,独立的基于浏览器接口的业务分析平台,基于Shiny. 官网:http://vnijs.github.io/radiant/
Vim-R - Vim中R语言插件. 官网:https://github.com/vim-scripts/Vim-R-plugin
Nvim-R - Neovim中R语言插件. 官网:https://github.com/jalvesaq/Nvim-R
JASP - 一个完整的贝叶斯和概念论相关方法的R包,和使用SPSS非常相似。 官网:https://jasp-stats.org/
Bio7 - 一个包括创建,科学图像分析和统计分析的IDE. 官网:http://www.bio7.org/
RTVS - Visual Studio中R开发工具. 官网:http://microsoft.github.io/RTVS-docs/

2.语法


magrittr - 一个R语言高效的管道操作包. 官网:https://github.com/smbache/magrittr
pipeR - 多泛型管道的实现. 官网:https://github.com/renkun-ken/pipeR
lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配. 官网:https://github.com/zatonovo/lambda.r
purrr - 一个高级函数编程语言包. 官网:https://github.com/hadley/purrr

3.数据操作


dplyr - 快速数据操作和数据库查询. 官网:https://github.com/hadley/dplyr
data.table - 使用短小灵活的语法操作数据. 官网:https://github.com/Rdatatable/data.table
reshape2 - 灵活的数据排列,聚合处理. 官网:https://github.com/hadley/reshape
readr - 一个快速简单的读取表格数据到R中的包. 官网:​https://github.com/hadley/readr
haven - 对导入SPSS,STATA和SAS的文件进行改进. 官网:https://github.com/hadley/haven
tidyr - 方便对数据进行整理、传播和收集. 官网:https://github.com/hadley/tidyr
broom - 将统计分析对象转换成整齐的数据框(一种数据组织和呈现的方式). 官网:https://github.com/dgrtwo/broom
rlist - 一个操作非规范化数据的工具箱. 官网:https://github.com/renkun-ken/rlist
jsonlite - 一个快速解析JSON文件的包. 官网:https://github.com/jeroenooms/jsonlite
ff - 设计用来存储大型数据集的数据结构. 官网:http://ff.r-forge.r-project.org/
lubridate - 一组日期和时间函数. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/lubridate/index.html
stringi - 基于ICU的字符串处理方案. 官网:http://www.rexamine.com/resources/stringi/
stringr - 基于stringi之上的对字符串处理API. 官网:https://github.com/hadley/stringr
bigmemory - 提供共享内存和内存映射矩阵,同时也包提供额外的工具,包括线性模型.(biglm) 和随机森林 (bigrf). 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/index.html
fuzzyjoin - 使用不精确匹配的方式连接表数据. 官网:https://github.com/dgrtwo/fuzzyjoin
tidyverse - 简单从tidyverse下载和安装包. 官网:​https://github.com/hadley/tidyverse

4.图形显示


ggplot2 - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐. 官网:​https://github.com/hadley/ggplot2
ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可). 官网:​https://github.com/sinhrks/ggfortify
ggrepel - 排除重叠的文本标签. 官网:​https://github.com/slowkow/ggrepel
ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计. 官网:​https://github.com/hrbrmstr/ggalt
ggtree - 可视化和注释的系统树. 官网:​https://github.com/GuangchuangYu/ggtree
ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子. 官网:​https://ggplot2-exts.github.io/ggiraph.html
lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统. 官网:​http://lattice.r-forge.r-project.org/
corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法. 官网:​https://github.com/taiyun/corrplot
rgl - R中3D可视化系统. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgl/index.html
Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Cairo/index.html
extrafont - 在R中图像中使用字体的工具. 官网:​https://github.com/wch/extrafont
showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体. 官网:​https://github.com/yixuan/showtext
animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具. 官网:​http://yihui.name/animation/
gganimate - 用ggplot2创建简单的动画. 官网:​https://github.com/dgrtwo/gganimate
misc3d - 强大的3D绘图工具. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/misc3d/index.html
xkcd - 在图表中使用xkcd风格. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/xkcd/index.html
imager - 一个基于CImg库的图像处理包. 官网:http://dahtah.github.io/imager/

5.HTML部件


d3heatmap - 使用D3绘制互动的热图. 官网:https://github.com/rstudio/d3heatmap
DataTables - 将R矩阵或数据框作为交互的HTML表. 官网:http://rstudio.github.io/DT/
DiagrammeR - 在R中创建JS图表和流程图. 官网:​https://github.com/rich-iannone/DiagrammeR
dygraphs - 在R中绘制时间序列数据图形. 官网:​https://github.com/rstudio/dygraphs
formattable - 可格式化的数据结构. 官网:​http://renkun.me/formattable/
ggvis - R中交互式的图形处理语法. 官网:​https://github.com/rstudio/ggvis
Leaflet - 一个非常流行的交互式地图JavaScript组件. 官网:​http://rstudio.github.io/leaflet/
MetricsGraphics - 可以轻松创建D3散点图、折线图和直方图. 官网:​http://hrbrmstr.github.io/metricsgraphics/
networkD3 - D3 JavaScriptR网络图. 官网:​http://christophergandrud.github.io/networkD3/
scatterD3 - D3 互动散点图. 官网:​https://github.com/juba/scatterD3
plotly - 使用plot.ly进行交互式ggplot2和Shiny绘图. 官网:​https://github.com/ropensci/plotly
rCharts - 交互式JS绘图. 官网:​https://github.com/ramnathv/rCharts
rbokeh - Bokeh的R接口. 官网:​http://hafen.github.io/rbokeh/
threejs - 交互式3D散点图和地球仪. 官网:​https://github.com/bwlewis/rthreejs
timevis - 创建完全交互式的时间轴可视化图形. 官网:​https://github.com/daattali/timevis
visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化. 官网:​https://github.com/datastorm-open/visNetwork

6.复用组件研究


knitr - R中简单的动态报表生成工具. 官网:​http://yihui.name/knitr/
xtable - 将表格导出到LaTeX或者HTML. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
rapport - 一个R模版系统. 官网:​http://rapport-package.info/#intro
rmarkdown - R动态文档工具. 官网:http://rmarkdown.rstudio.com/
slidify - 创建和发布漂亮的html5展示效果. 官网:​https://github.com/ramnathv/slidify
Sweave - 使用R创建LaTeX报表的R包. 官网:​https://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/
texreg - 在LaTex和HTML中格式化统计模型. 官网:​http://www.philipleifeld.de/software/texreg/texreg.html
checkpoint - 从检查点快照服务器安装包. 官网:​https://github.com/RevolutionAnalytics/checkpoint
brew - 报告模板的生成框架.可以和knitr合并. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/brew/index.html
ReporteRs - 一个生成微软Word, PowerPoint和HTML报表的R包. 官网:​http://davidgohel.github.io/ReporteRs/index.html
bookdown - 使用R Markdown编写书籍. 官网:​https://bookdown.org/
ezknitr - 避免使用'knitr'带来的工作目录的痛苦. 官网:​https://github.com/daattali/ezknitr

7.Web技术和服务


Web Technologies List - 关于如何使用R和网络的相关信息. 官网:​https://github.com/ropensci/webservices
shiny - 使用R创建简单的Web交互应用. 官网:​https://github.com/rstudio/shiny
RCurl - 常规的网络客户端接口 (HTTP/FTP/...) . 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html
httr - 使用更加友好的RCurl封装. 官网:​https://github.com/hadley/httr
httpuv - HTTP和WebSocket服务程序. 官网:​https://github.com/rstudio/httpuv
XML - R中生成和解析XML的工具. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html
rvest - 简单的web信息抓取,使用CSSSelect 和 XPath 语法. 官网:​https://github.com/hadley/rvest
OpenCPU - HTTP API. 官网:​https://www.opencpu.org/
Rfacebook - Facebook API. 官网:​https://github.com/pablobarbera/Rfacebook
RSiteCatalyst - Adobe 分析服务的R语言客户端. 官网:​https://github.com/randyzwitch/RSiteCatalyst
plumber - 一个将现有的R代码转换为API的包. 官网:​https://github.com/trestletech/plumber

8.并行计算


parallel - R语言高性能的并行计算平台. multicore and snow. 官网:​http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html
Rmpi - Rmpi对MPI APIS提供了一个包装过的接口,它也提供一个交互式的R环境. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/index.html
foreach - 使用并行来执行循环. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/foreach/index.html
SparkR - R for Spark. 官网:​https://github.com/amplab-extras/SparkR-pkg
DistributedR - 一个来自惠普Vertica Analytics团队的可伸缩的高性能平台. 官网:​https://github.com/vertica/DistributedR
ddR - 提供分布式数据结构,简化了R中的分布式计算. 官网:​https://github.com/vertica/ddR
sparklyr - 来自RStudio的Spark接口. 官网:​http://spark.rstudio.com/


9.高性能


Rcpp - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行. 官网:​http://rcpp.org/
Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标. 官网:​https://github.com/Rcpp11/Rcpp11
compiler - 使用JIT提高R代码的速度. 官网:​http://spark.rstudio.com/

10.语言API


rJava - R语言对JAVA接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/
jvmr - 集成了R, Java, and Scala. 官网:​https://github.com/cran/jvmr
rJython - R语言对Python/Jython的接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rJython/index.html
rPython - 允许R调用Python. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rPython/index.html
runr - 在R中运行Julia和Bash. 官网:​https://github.com/yihui/runr
RJulia - R中调用Julia. 官网:​https://github.com/armgong/RJulia
RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器. 官网:​https://sites.google.com/a/ddahl.org/rinruby-users/
R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/R.matlab/index.html
RcppOctave -Octave and Matlab的接口. 官网:​https://github.com/renozao/RcppOctave
RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R. 官网:​http://www.omegahat.org/RSPerl/
V8 - 嵌入JavaScript引擎. 官网:​https://github.com/jeroenooms/V8
htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法. 官网:​http://www.htmlwidgets.org/
rpy2 - Python对R的接口. 官网:​http://rpy.sourceforge.net/

11.数据库管理


RODBC - R中ODBC数据库范围. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/
DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口. 官网:​https://github.com/rstats-db/DBI
elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器. 官网:​https://github.com/ropensci/elastic
mongolite - R中Mongo客户端. 官网:​https://github.com/jeroenooms/mongolite
RMySQL - R语言的MySQL数据库接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/
ROracle - R中Oracle数据库的接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ROracle/index.html
RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口. 官网:​https://code.google.com/p/rpostgresql/
RSQLite - R语言SQLite数据库接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/
RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/
rmongodb - R中MongoDB驱动. 官网:​https://github.com/mongosoup/rmongodb
rredis - R中Redis驱动. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rredis/
RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA),提供了最多的基本功能. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RCassandra/index.html
RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算. 官网:​https://github.com/nexr/RHive
RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动. 官网:​https://github.com/nicolewhite/Rneo4j

12.机器学习


AnomalyDetection - 来自Twitter的AnomalyDetection R包. 官网:​https://github.com/twitter/AnomalyDetection
ahaz - 半参数添加风险回归的正则化. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ahaz/index.html
arules - 挖掘关联规则和频繁项集. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/arules/index.html
bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bigrf/index.html
bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下). 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bigRR/index.html
bmrm - 风险最小化方案的正规化方法. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bmrm/index.html
Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装 . 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Boruta/index.html
BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相] 官网:​https://github.com/twitter/BreakoutDetection
bst - 梯度增加. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bst/index.html
CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断. 官网:​https://github.com/google/CausalImpact
C50 - C5.0决策树和基于规则的模型. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/C50/index.html
caret - 分类和回归训练. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html
Clever Algorithms For Machine Learning
CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/CORElearn/index.html
CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/CoxBoost/index.html
Cubist - 规则和基于实例的回归建模. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Cubist/index.html
e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html
earth - 多元自适应回归模型. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/earth/index.html
elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/elasticnet/index.html
ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/ElemStatLearn/index.html
evtree - 全局最优树的进化学习. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/evtree/index.html
forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/forecast/index.html
forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/forecastHybrid/index.html
FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/FSelector/index.html
frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/frbs/index.html
GAMBoost -  基于广义线性和加法模型. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/GAMBoost/index.html
gamboostLSS - GAMLSS方法的改善. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/gamboostLSS/index.html
gbm - 改善广义线性模型. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/gbm/index.html
glmnet - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/glmnet/index.html
glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/glmpath/index.html
GMMBoost - 广义混合模型. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/GMMBoost/index.html
grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/grplasso/index.html
grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/grpreg/index.html
h2o - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/h2o/index.html
hda - 异方差判别分析. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/hda/index.html
ipred - 预测器改进. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ipred/index.html
kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/kernlab/index.html
klaR - 分类和可视化. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/klaR/index.html
kohonen - 监督和非监督自组织映射. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/kohonen/
lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/lars/index.html
lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/lasso2/index.html
LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/LiblineaR/index.html
lme4 - Mixed-effects models. 官网:​https://github.com/lme4/lme4
LogicReg - 逻辑回归模型. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/LogicReg/index.html
maptree - 映射、修剪和图形树模型. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/maptree/index.html
mboost - Model-Based Boosting. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mboost/index.html
Machine Learning For Hackers
mvpart - Multivariate partitioning. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mvpart/index.html
MXNet - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R. 官网:​https://github.com/dmlc/mxnet/tree/master/R-package
ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ncvreg/index.html
nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/nnet/index.html
oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/oblique.tree/index.html
pamr - Pam: 小矩阵预测分析. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/pamr/index.html
party - A Laboratory for Recursive Partytioning. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/party/index.html
partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/partykit/index.html
penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalized/index.html
penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedLDA/index.html
penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedSVM/index.html
quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/quantregForest/index.html
randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/index.html
randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC). 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/randomForestSRC/index.html
rattle - 图形界面式的数据挖掘工具. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rattle/index.html
rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rda/index.html
rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rdetools/index.html
REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/REEMtree/index.html
relaxo - Relaxed Lasso. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/relaxo/index.html
rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgenoud/index.html
rgp - R基因编程框架. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgp/index.html
Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Rmalschains/index.html
rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机). 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rminer/index.html
ROCR - 可视化评分分类器的性能. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ROCR/index.html
RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RoughSets/index.html
rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rpart/index.html
RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RPMM/index.html
RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS). 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RSNNS/index.html
Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/Rsomoclu/index.html
RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件). 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/index.html
RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RXshrink/index.html
sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/sda/index.html
SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/SDDA/index.html
SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages. 官网:​https://github.com/ecpolley/SuperLearner
svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/svmpath/index.html
tgp - Bayesian treed Gaussian process models. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tgp/index.html
tree - 分类和回归树. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/tree/index.html
varSelRF - 使用随机森林进行变量选择. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/varSelRF/index.html
xgboost - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance. 官网:​https://github.com/tqchen/xgboost/tree/master/R-package

13.自然语言处理


text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings. 官网:​https://github.com/dselivanov/text2vec
tm - 一个全面的文本挖掘框架. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tm/index.html
openNLP - Apache OpenNLP工具接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/openNLP/index.html
koRpus - 一个文本分析的R包. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/koRpus/index.html
zipfR - 词频分布统计模型. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/zipfR/index.html
NLP - 基本自然语言处理功能. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/NLP/index.html
LDAvis - 主题模型的交互式可视化. 官网:​https://github.com/cpsievert/LDAvis
topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)). 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/topicmodels/index.html
syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/syuzhet/index.html
SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library. 官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/SnowballC/index.html
quanteda - 文本数据的定量分析. 官网:​https://github.com/kbenoit/quanteda
Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源. 官网:​https://github.com/trinker/topicmodels_learning
NLP for - NLP related resources in R. @Chinese. 官网:​https://github.com/BZRLC/R-notes/blob/master/NLP/readme.md

14.贝叶斯


coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html
mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC). 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mcmc/index.html
MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC). 官网:​http://mcmcpack.berkeley.edu/
R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/R2WinBUGS/index.html
BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/BRugs/index.html
rjags - JAGS MCMC组件的R接口. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rjags/index.html
rstan - Stan MCMC软件的R接口. 官网:​http://mc-stan.org/interfaces/rstan.html

15.最优化


minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation. 官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/minqa/index.html
nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包. 官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/nloptr/index.html
lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口. 官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/lpSolve/index.html

16.金融


quantmod - 定量金融模型和交易框架. 官网:​http://www.quantmod.com/
TTR - 技术交易规相关的数据和功能函数. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/TTR/index.html
PerformanceAnalytics - 计量经济学性能和风险分析工具. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/PerformanceAnalytics/index.html
zoo - S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/zoo/index.html
xts - 可扩展的时间序列. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/xts/index.html
tseries - 金融时间序列分析和计算. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tseries/index.html
fAssets - 金融资产分析和建模. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/fAssets/index.html

17.生物信息学


Bioconductor - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具. 官网:http://www.bioconductor.org/
genetics - 处理基因数据的R包. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/genetics/index.html
gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/gap/index.html
ape - 分子系统学和进化分析. 官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html
pheatmap - 一个使用简单的热图工具. 官网:http://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html
ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data. 官网:​https://github.com/daattali/ddpcr

18.网络分析


Network Analysis List - 网络分析相关资源. 官网:​https://github.com/briatte/awesome-network-analysis
igraph - 一个网络分析工具集合. 官网:http://igraph.org/r/
network - 一个操作数据关系的基本工具. 官网:https://cran.r-project.org/web/packages/network/index.html
sna - 基本的网络测量和可视化工具. 官网:https://cran.r-project.org/web/packages/sna/index.html
netdiffuseR - 网络扩散的分析工具. 官网:https://github.com/USCCANA/netdiffuseR
networkDynamic - 支持动态和时序网络. 官网:https://cran.r-project.org/web/packages/networkDynamic/
ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/ndtv/
statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具. 官网:​http://statnet.org/
ergm - 指数随机图模型. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/ergm/index.html
latentnet - Latent position and cluster models for network objects. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/latentnet/index.html
tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks. 官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/tnet/index.html
rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma. 官网:​https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/wiki/Home
visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化. 官网:​https://github.com/datastorm-open/visNetwork

19.R 开发


Package Development List - 提高整体开发能力的包. 官网:​https://github.com/ropensci/PackageDevelopment
devtools - 然R开发人员的生活变得更简单的工具. 官网:​https://github.com/hadley/devtools
testthat - 一个R包测试工具. 官网:​https://github.com/hadley/testthat
R6 - simpler, faster, lighter-weight alternative to R's built-in classes. 官网:​https://github.com/wch/R6
pryr - Make it easier to understand what's going on in R. 官网:​https://github.com/hadley/pryr
roxygen - 在函数定义中描述说明. 官网:​https://github.com/klutometis/roxygen
lineprof - R中在线分析结果可视化. 官网:​https://github.com/hadley/lineprof
packrat - 让R项目更加简单,便携和可重构的工具. 官网:​https://github.com/rstudio/packrat
installr - R中按照软件的相关函数(Windows平台). 官网:​https://github.com/talgalili/installr/
import - R的导入机制. 官网:​https://github.com/smbache/import/
modules - 另外一个R模块系统(Python风格). 官网:​https://github.com/klmr/modules
Rocker - R configurations for Docker. 官网:https://github.com/rocker-org
RStudio Addins - RStudio插件列表. 官网:​https://github.com/daattali/rstudio-addins
drat - Creation and use of R repositories on 使用R在GitHub或其他平台创建和使用仓储. 官网:https://github.com/eddelbuettel/drat
covr - Test coverage for your R package and (optionally) upload the results to coveralls or codecov. 官网:https://github.com/jimhester/covr
lintr - R静态代码分析. 官网:https://github.com/jimhester/lintr
staticdocs - 为一个R包生成静态html文档. 官网:https://github.com/hadley/staticdocs

20.日志


futile.logger - R中类似log4j的日志记录包. 官网:https://github.com/zatonovo/futile.logger
log4r - R中的log4j接口. 官网:https://github.com/johnmyleswhite/log4r
logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包. 官网:https://cran.r-project.org/web/packages/logging/index.html

21.数据包


engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年). 官网:https://github.com/jalapic/engsoccerdata
gapminder - 从Gapminder摘录的数据集. 官网:http://github.com/jennybc/gapminder

22.其他工具


git2r - 在R中使用git. 官网:https://github.com/ropensci/git2r

23.其他编译器


CXXR - Refactorising R into C++. 官网:https://www.cs.kent.ac.uk/projects/cxxr/
fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal. 官网:https://bitbucket.org/allr/fastr/wiki/Home
incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit. 官网:https://github.com/incanter/incanter
pqR - 一个更快的R实现. 官网:http://www.pqr-project.org/
renjin - 一个基于JVM的R编译器. 官网:http://www.renjin.org/
rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R. 官网:https://github.com/rho-devel/rho
riposte - 一个R快速编译和JIT工具. 官网:https://github.com/jtalbot/riposte
RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open). 官网:https://mran.revolutionanalytics.com/open/
TERR - R的TIBCO企业运行环境. 官网:http://spotfire.tibco.com/discover-spotfire/what-does-spotfire-do/predictive-analytics/tibco-enterprise-runtime-for-r-terr





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Nicky_1218

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