生物化学 单个基因生物信息学分析笔记

于 2023-01-03 10:00:00 发布
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分类专栏： 深度学习 文章标签： 人工智能
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单个基因生物信息学分析
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01基因结构预测和功能注释

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  • 选择基因文件及物种
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  • 预测结果
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02蛋白结构域预测

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03同源基因分析

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04多序列比对

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05蛋白二级三级结构预测

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06蛋白特性分析

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07跨膜结构分析

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08信号肽分析

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09亚细胞定位预测

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10启动子分析

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11调控目的基因的miRNA预测

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12基因表达分析

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2024.06.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十一章 分子水平的系统发生和进化 第二部分）【AI测试版】
06-05 304
在这部分内容的学习中，我对分子进化的机制有了更深刻的理解。突变、自然选择和有性生殖是推动生物进化的三大动力。同时，我也认识到了在实际应用中，我们需要考虑分子时钟假说的局限性，并结合其他证据来综合评估物种的进化关系。通过对这些进化机制的深入理解，我们可以更好地解释生物多样性的产生和物种适应性的形成。此外，这些知识对于保护生物多样性、理解疾病的遗传基础以及开发新的生物技术都具有重要的意义。
单个基因生物信息学分析视频教程-完整版.zip
03-19
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单基因gsea_文献学习生信—单基因SYT16分析
weixin_39688875的博客
11-21 1017
Pesist, and anything is within your reach.SYT16是LGG预后标志物与免疫浸润相关背景：胶质瘤是致命脑肿瘤。低级别脑肿瘤是胶质瘤中最常见的类型。在低级别胶质瘤中，免疫浸润微环境与总生存期相关。SYT16基因在肿瘤中的作用尚未见到明确报道。我们评估了TCGA中SYT16在LGG中的作用。方法：应用GEPIA数据库分析SYT16基因表达情况以及与生...
2 theme y轴_单基因生信分析2下游分析
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01-11 855
前期小王子已经更过单基因生信分析--差异分析&生存分析，今天，小王子跟大家一起学习如何进行下游挖掘，也就是本期主打的单基因下游富集通路，以下以TCGA数据库中的LIHC数据为例，跳跃的部分大家可以结合着前期推送一起看。一、整理基因表达数据：将TCGA中的LIHC基因表达数据整理成如下形式的数据：######整理基因表达数据######rm(list = ls())library(...
单基因gsea_【9月11日直播答疑】基于疾病的单基因进行生信分析软件GSEA
weixin_39577052的博客
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肿瘤/非肿瘤/单基因/单细胞/非编码：史上最全生信分析攻略！！！
庐州月光的博客
11-03 7255
解读生信之美，探讨每篇文献背后的逻辑非肿瘤专栏：条条大路通罗马1.4+非肿瘤生信分析+铁死亡/焦亡/自噬/代谢/免疫的万能钥匙短评：适合一些热门机制如铁死亡/焦亡/自噬等在非肿瘤疾病中的研...
生物系统的并发约束过程演算：建模、验证与分析 - 理论计算机科学电子笔记117-137
理论计算机科学电子笔记171（2007）117-137www.elsevier.com/locate/entcs分析生物系统的尤利亚和我一起去，乔戈A。 P'ereza，CamiloRueda a和FrankD. 瓦伦西亚b队a哥伦比亚卡利哈韦里亚纳庞蒂菲西亚大学计算机科学...
生物化学随机π演算中多反应物反应建模的特性和实例分析
理论计算机科学电子笔记171（2007）55-67www.elsevier.com/locate/entcs生物学定量模型汇刊Federica Ciocchettaa，1和Corrado Priamib，2a特伦托大学信息和通信学院意大利特伦托b特伦托大学信息和通信学院微软研究院...
【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第14-16讲 真核生物基因表达调控
abdslfwoeugp
05-29 9917
第14-16讲 真核生物基因表达调控
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可在www.sciencedirect.com在线获取理论计算机科学电子笔记299（2013）61-67www.elsevier.com/locate/entcs一个基于Web的针对特定领域生物模型的综合平台1M. Klemen nt，D. S. D.D.A. Pejznoch，L.内德巴尔捷克...
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20+工具，0-9分期刊《生信期刊推荐+SCI写作工具》免费领扫描下方二维码免费领取☟☟☟挑圈联靠解读3+单基因套路文章大家好，我是我科。今天给大家带来的一篇单基因分析套路的文献拆解，这篇文章2020年发表于International Immunopharmacology，影响因子3.361。题目是SYT16 is a prognostic biomarker and correlate...
tcga数据下载_单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题
weixin_39779928的博客
11-19 1911
文章发布于简书博客：柳叶刀与小鼠标（单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题）原因在平常科研工作中，经常有师兄师姐师弟师妹问我：我现在有一个单基因，我该怎么开展生信研究？出现这个问题的原因是：（1）目前生信研究火热也逐渐受到认可（2）许多医学生在开展实验研究的同时，如果结合生信，则自己的结论和工作量更加吸引到编辑和手审稿人（3）现有的geo、TCGA或者其他免费公开数据库确实是很多...
生信分析R语言助力作图----单基因批量相关性分析
leianuo123的博客
10-17 1万+
单基因批量相关性分析 嘻嘻嘻~~~，晚上秒变生信分析小白，一个游走在生物学和计算机变成之间的小白，享受着里面的快乐和痛苦。不停的挣扎，不停的成长，多学习，多尝试，一定会有意想不到的收获。加油!!! 首先，需要先说明的是本作图经验，完全模仿于果子学生信的一篇博文，所以先把链接丢在这里啦，自己写这篇博文，也完全是为了记录这个操作过程，好在下次需要的时候，更好的去回忆。话不多说，开始表演。 https:...
单基因gsea_一个低调奢华有内涵的单基因分析思路
weixin_39815879的博客
11-21 1868
许久没有推出单基因分析思路了，很多粉丝常常会问到特定的单基因可以做什么思路，根据小编的经验来看单基因的思路是比较少的，很多都是发现调控轴然后做实验验证就完活了。因为研究的单一，能做的生信分析真的是很少很少，是真的不好分析，许多时候小编也是对此黔驴技穷，但是单基因分析接收率是真的高，因为专一嘛。今天的思路还挺别出心裁的，根据研究单个基因的互作基因来展开分析，小凳子搬好，开讲了。“免疫检测位...
单基因gsea_单基因纯生信分析系列 5+单基因突变新思路1
weixin_39756416的博客
10-28 1303
各位小伙伴们好呀，虽然马上放长假了，但是今儿也是要认真工作的一天吆！小编今天给大家带来了一篇九月份刚刚发表在EBioMedicine(IF=5.736)杂志有关突变的文章。目前，TP53与KRAS/ATM/EGFR/STK11的共突变已被证实对免疫检查点抑制剂的反应具有预测价值，但该研究发现并非所有的TP53突变(主要指错义和无义突变)都能有效预测肺腺癌患者(LUAD)对ICIs的治疗效果。下面我...
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Phd丨jay的博客
06-09 2万+
1.  BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.  miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org/3.  PlantCARE（启动子元件分析网站）：    http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/4.  W...
Diffusion扩散模型简述 + 代码demo
ResumeProject的博客
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扩散模型是一种生成模型 GAN FLOW VAE 需要用到的概率事实： 条件概率 马尔科夫链的转移公式 高斯分布的KL散度公式 KL(P,Q)=logσ2σ1+σ2+(μ1−μ2)22σ22−12(其中P.Q为一维高斯分布) KL(P,Q)=log\frac{\sigma_2}{\sigma_1}+\frac{\sigma^2+(\mu_1-\mu_2)^2}{2\sigma_2^2} -\frac12 { \tiny(其中P.Q为一维高斯分布)}KL(P,Q)=logσ1​σ2​​+2σ22​σ2+(μ
WideResNet(宽残差网络)介绍与代码
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《Wide Residual Networks》        深度残差网络被证明能够扩展到数千层并且仍然具有改进的性能。然而，每提高== 1%== 的准确率都会使层数增加近一倍，因此训练非常深的残差网络存在特征重用减少的问题，这使得这些网络的训练速度非常慢。为了解决这些问题，在本文中，我们对 ResNet 块的架构进行了详细的实验研究，在此基础上我们提出了一种新颖的架构，我们减少了深度和增加残差网络的宽度。我们将由此产生的网络结构称为宽
IGV基因组浏览器：生物信息学的强大工具
资源摘要信息:"IGV是生物信息学领域中的一款重要基因组浏览工具。该工具专为处理和分析基因组学研究中的高通量测序数据而设计，能够以直观的方式展示出复杂的数据结果。IGV支持多种数据格式，其中最常见的是BAM、VCF...
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